3 февраля была царская свадьба; 12 апреля вспыхнул сильный пожар в Москве; 20 числа – другой; 3 июня упал большой колокол – благовестник; 21 – новый страшный пожар, какого еще никогда не бывало в Москве; загорелась церковь Воздвижения на Арбате при сильной буре; огонь потек, как молния, спалил на запад все, вплоть до Москвы-реки у Семчинского сельца; потом буря обратилась на Кремль, вспыхнул верх Успенского собора, крыши на царском дворе, казенный двор, Благовещенский собор; сгорела Оружейная палата с оружием, Постельная палата с казною, двор митрополичий, по каменным церквам сгорели иконостасы и людское добро, которое продолжали и в это время прятать по церквам. В Успенском соборе уцелел иконостас и все сосуды церковные; митрополит Макарий едва не задохся от дыма в соборе, он вышел из него, неся образ богородицы, написанный митрополитом Петром, за ним шел протопоп и нес церковные правила. Макарий ушел было сначала на городскую стену, на тайник, проведенный к Москве-реке, но здесь не мог долго оставаться от дыма; его стали спускать с тайника на канате на взруб к реке, канат оборвался, и митрополит сильно расшибся, едва мог прийти в себя и был отвезен в Новоспасский монастырь. Кремлевские монастыри – Чудов и Вознесенский – сгорели; в Китае сгорели все лавки с товарами и все дворы, за городом – большой посад по Неглинной, Рождественка – до Никольского Драчевского монастыря; по Мясницкой пожар шел до церкви святого Флора, на Покровке – до церкви святого Василия, народу сгорело 1700 человек. Великий князь с женою, братом и боярами уехал в село Воробьево.

На другой день он поехал с боярами в Новоспасский монастырь навестить митрополита. Здесь царский духовник, благовещенский протопоп Федор Бармин, боярин князь Федор Скопин-Шуйский, Иван Петрович Челяднин начали говорить, что Москва сгорела волшебством: чародеи вынимали сердца человеческие, мочили их в воде, водою этою кропили по улицам – от этого Москва и сгорела. Царь велел разыскать дело; розыск произвели таким образом: 26 числа, в воскресенье, на пятый день после пожара, бояре приехали в Кремль, на площадь к Успенскому собору, собрали черных людей и начали спрашивать: кто зажигал Москву? В толпе закричали: «Княгиня Анна Глинская с своими детьми волхвовала: вынимала сердца человеческие, да клала в воду, да тою водою, ездя по Москве, кропила, оттого Москва и выгорела!» Черные люди говорили это потому, что Глинские были у государя в приближении и жаловании, от людей их черным людям насильство и грабеж, а Глинские людей своих не унимали. Конюший боярин, князь Михайла Васильевич Глинский, родной дядя царский, был в это время с матерью во Ржеве, полученном от царя в кормление; но брат его, князь Юрий, был в Москве и стоял вместе с боярами на Кремлевской площади. Услыхавши о себе и о матери своей такие речи в народе, он понял, что его может постигнуть, и ушел в Успенский собор, но бояре, злобясь на Глинских как на временщиков, напустили чернь: та бросилась в Успенский собор, убила Глинского, выволокла труп его из Кремля и положила перед торгом, где казнят преступников. Умертвивши Глинского, чернь бросилась на людей его, перебила их множество, разграбила двор; много погибло тут и неизвестных детей боярских из Северской страны, которых приняли за людей Глинского. Но одного Глинского было мало; на третий день после убиения князя Юрия толпы черни явились в селе Воробьеве у дворца царского с криком, чтоб государь выдал им бабку свою, княгиню Анну Глинскую, и сына ее, князя Михаила, которые будто спрятаны у него в покоях; Иоанн в ответ велел схватить крикунов и казнить; на остальных напал страх, и они разбежались по городам. Виновниками восстания против Глинских, главными наустителями черни летописец называет благовещенского протопопа Федора Бармина, князя Федора Шуйского-Скопина, князя Юрия Темкина, Ивана Петровича Челяднина, Григория Юрьевича Захарьина, Федора Нагого. В малолетство Иоанна Шуйские и приятели их сами управлялись с людьми, себе враждебными; по когда Иоанн вырос, когда казнь Андрея Шуйского, Кубенского, Воронцова показала им невозможность дальнейшего самоуправства, то они начали действовать против приближенных к царю людей – Глинских не непосредственно, а посредством народа. В восстании против Глинских мы видим главных советников Андрея Шуйского, которые после казни его были сосланы, но потом возвращены в Москву: князя Федора Шуйского-Скопина, князя Юрия Темкина; но они теперь уже так слабы, что но могут действовать одни и действуют в союзе с приближенными к Иоанну людьми, которые враждебно столкнулись с Глинскими в борьбе за влияние на волю молодого царя: Шуйский и Темкин действуют вместе с духовником царским, Барминым, и дядею царицы, Григорием Захарьиным.

Виновники событий 26 июня умели закрыть себя и достигли своей цели относительно Глинских: оставшийся в живых князь Михайла Васильевич Глинский не только потерял надежду восторжествовать над своими врагами, но даже отчаялся в собственной безопасности и вместе с приятелем своим, князем Турунтаем-Пронским, побежал в Литву; но беглецы были захвачены князем Петром Шуйским, посидели немного под стражею и были прощены, отданы на поруки, потому что вздумали бежать по неразумию, испугавшись судьбы князя Юрия Глинского. Могущество Глинских рушилось, но его не наследовали знатные, враги их: полною доверенностию Иоанна, могущественным влиянием на внутренние дела начинают пользоваться простой священник Благовещенского собора Сильвестр и ложничий царский Алексей Федоров Адашев, человек очень незначительного происхождения.

Сильные волнения, досады, поблажки чувственным, животным стремлениям и дурные примеры, которые видел Иоанн в детстве, бесспорно, имели пагубное влияние на его характер, произвели в нем, между прочим, раздражительность. Но эта самая раздражительность, впечатлительность, женственность природы Иоанна делали его способным и к скорому принятию доброго влияния, если это влияние шло от лица, имеющего нравственное достоинство, религиозное значение и неподозрительного для Иоанна. Пожар московский произвел на молодого царя сильное впечатление. Вот что сам царь писал об этом впечатлении собору, созванному для устройства церковного: «Нельзя ни описать, ни языком человеческим пересказать всего того, что я сделал дурного по грехам молодости моей. Прежде всего смирил меня бог, отнял у меня отца, а у вас пастыря и заступника; бояре и вельможи, показывая вид, что мне доброхотствуют, а на самом деле доискиваясь самовластия, в помрачении ума своего дерзнули схватить и умертвить братьев отца моего. По смерти матери моей бояре самовластно владели царством; по моим грехам, сиротству и молодости много людей погибло в междоусобной брани, а я возрастал в небрежении, без наставлений, навык злокозненным обычаям боярским и с того времени до сих пор сколько согрешил я перед богом и сколько казней послал на нас бог! Мы не раз покушались отомстить врагам своим, но все безуспешно; не понимал я, что господь наказывает меня великими казнями, и не покаялся, но сам угнетал бедных христиан всяким насилием. Господь наказывал меня за грехи то потопом, то мором, и все я не каялся, наконец бог наслал великие пожары, и вошел страх в душу мою и трепет в кости мои, смирился дух мой, умилился я и познал свои согрешения: выпросив прощенье у духовенства, дал прощение князьям и боярам». Курбский говорит, что во время народного возмущения против Глинских бог подал руку помощи земле христианской таким образом: пришел к Иоанну один муж, чином пресвитер, именем Сильвестр, пришлец из Новгорода Великого, стал претить ему от бога священными писаниями и строго заклинать его страшным божиим именем; кроме того, поведал ему о чудесах, о явлениях, как бы от бога происшедших; не знаю, прибавляет Курбский, правду ли он говорил о чудесах или выдумал, чтоб только напугать Иоанна для детских неистовых его нравов, и достиг своей цели: душу его исцелил и очистил, развращенный ум исправил с помощью Алексея Адашева, митрополита Макария и всех преподобных мужей, пресвитерством почтенных.