Но сам Магмет-Аминь возбудил против себя негодование вельмож казанских разного рода насилиями. В мае 1496 года он известил великого князя, что идет на него шибанский царь Мамук с большою силою, а внутри Казани измена: сносятся с неприятелем князья Калимет, Урак, Садырь и Агиш. Иоанн велел идти к нему на помощь воеводе своему, князю Семену Ряполовскому, с детьми боярскими московского двора и понизовых городов; когда Калимет с товарищами узнали о приближении московского войска, то выбежали из Казани к Мамуку, который также испугался и ушел домой. Но только что московское войско успело возвратиться, как недовольные казанцы дали об этом знать Мамуку, и тот явился под Казанью с большою силою ногайскою и князьями казанскими; Магмет-Аминь, боясь измены, выбежал из Казани с женою и верными князьями и приехал в Москву, где великий князь держал его в чести. Мамук вошел в Казань без сопротивления, но начал царствование тем, что схватил своих старых доброжелателей, Калимета с товарищами, ограбил купцов и всех земских людей. Князей он скоро выпустил и пошел с ними осаждать Арский город; но арские князья города своего ему не сдали и бились крепко; в то же время и князья казанские убежали из его стана в Казань, укрепили город, не пустили в него Мамука и послали в Москву бить челом великому князю, чтоб простил их за измену и пожаловал, не присылал бы к ним прежнего хана Магмет-Аминя, потому что от него большое насилие и бесчестие женам их. Великий князь исполнил их просьбу и вместо Магмет-Аминя послал в Казань младшего брата его, также сына Ибрагимова от Нурсалтан, Абдыл-Летифа, недавно приехавшего служить ему из Крыма и получившего в кормление Звенигород со всеми пошлинами. Князья Семен Холмской и Федор Палецкий посадили Летифа на царство и привели к присяге (шерти) за великого князя всех князей казанских, уланов и земских людей по их вере. Магмет-Аминю вместо Казани дали Каширу, Серпухов, Хотунь со всеми пошлинами; но он и здесь нрава своего не переменил, жил с насильством и алчно ко многим, по словам летописца.

Летиф недолго царствовал. Как видно, тот же самый князь Калимет, который был во главе недовольных Магмет-Аминем, потом оказался опасен Мамуку и был им схвачен, теперь не мог ужиться и с Летифом и действовал против него обвинениями в Москве; в январе 1502 года великий князь отправил в Казань князя Василия Ноздреватого и Ивана Телешова с приказом схватить Летифа за его неправду; Летиф был схвачен, привезен в Москву и сослан в заточенье на Белоозеро. По другим же известиям, Летиф был схвачен Калиметом, приехавшим для того из Москвы. Московский посол в Крыму объявил Менгли-Гирею о винах Летифа в неопределенных выражениях: «Великий князь его пожаловал, посадил на Казани, а он ему начал лгать, ни в каких делах управы не чинил, да и до земли Казанской стал быть лих». На место Летифа посажен был опять Магмет-Аминь, который не забыл, что Калимет был главным виновником его прежнего изгнания из Казани; может быть, Калимет своим поведением и своими отношениями к Москве убедил хана, что им двоим нельзя быть вместе в Казани. Магмет-Аминь убил Калимета, «держа гнев на великого князя», по словам летописца. По другим известиям, этот гнев еще более был воспламенен новою женою Магмет-Аминя, вдовою прежнего, царя казанского, Алегама, на которой великий князь позволил жениться: будучи научаема вельможами, она день и ночь шептала хану, чтоб отложился от Москвы. Весною 1505 года Магмет-Аминь прислал в Москву одного из своих князей с грамотою о каких-то делах; как видно, грамота заключала в себе жалобы, потому что великий князь отправил в Казань своего посла сказать хану, чтобы он всем тем речам не потакал. Этот отказ в удовлетворении жалоб послужил Магмет-Аминю поводом к отложению от Москвы: посол великокняжеский был схвачен вместе с русскими купцами, приехавшими на ярмарку 24 июня, некоторые из них были убиты, другие ограблены и отосланы к ногаям, после чего Магмет-Аминь подходил к Нижнему Новгороду, который был спасен искусством и храбростью пленных стрельцов литовских, взятых на Ведроше и сосланных в Нижний. Скоро последовавшая за тем смерть великого князя дала хану возможность наслаждаться своим торжеством безнаказанно.

Прочнее, чем на низовьях Камы, утвердилось русское владычество в верхних ее частях. Мы видели, что еще в княжение Димитрия Донского св. Стефан крестил часть народонаселения Пермской земли, именно зырян; из описаний этого события видно, что последние еще прежде были подчинены великим князьям московским: св. Стефан является ходатаем за новообращенных перед правительством; дело Стефана в Перми довершено было одним из преемников его: под 1462 годом встречаем известие, что епископ пермский Иона крестил Великую Пермь и князя ее, поставил церкви, игуменов и священников. В каком отношении находилась эта Великая Пермь и князь ее к Москве, мы не знаем; новгородцы даже в Шелонском договоре включили Пермь в число своих владений, но тотчас по заключении этого договора, в 1472 году, великий князь послал воеводу князя Федора Пестрого на пермяков за их неисправление; 26 июня пришла в Москву весть, что Пестрый завоевал Пермскую землю; с устья Черной реки воевода плыл на плотах с лошадьми до городка Анфаловского; здесь сошел с плотов и отправился на лошадях в верхнюю землю, к городку Искору, отпустивши отряд под начальством Нелидова в нижнюю землю, на Урос, Чердынь и Почку, где владел князь Михаил. Не доходя до Искора, на реке Колве, Пестрый встретил пермскую рать, разбил ее, взял в плен воеводу Качаима. Отсюда русские пошли к Искору, взяли его, взяли и другие городки и пожгли; Нелидов делал то же в нижней земле. Пришедши на место, где река Почка впадает в Колву, Пестрый сождался со всеми своими отрядами, срубил городок, сел в нем и привел всю землю за великого князя, к которому отправил пленного князя Михаила с воеводами его и добычу – шестнадцать сороков соболей, шубу соболью, двадцать девять с половиною поставов сукна, три панциря, шлем и две сабли булатные. После, впрочем, во все продолжение княжения Иоаннова в Перми оставались туземные князья; последним из них был Матвей Михайлович, вероятно сын упомянутого выше Михаила; этого Матвея великий князь свел с Великой Перми в 1505 году и послал туда первого русского наместника, князя Василия Ковра.

Новгородцы и Югру причисляли к своим волостям; но мы видели, как непрочно было там их владычество. В 1465 году Иоанн велел устюжанину Василию Скрябе воевать Югорскую землю; с ним пошли охочие люди, пошел также князь Василий Ермолаич Вымский с вымичами и вычегжанами. Выведши много полона, они привели Югорскую землю за великого князя, двоих князей доставили в Москву, где великий князь пожаловал их опять югорским княжением и отпустил домой, наложивши дань. Давно уже вогуличи нападали на русские владения в Перми; мы видели, что епископ Питирим, один из преемников св. Стефана, пал их жертвою. В 1467 году 120 человек вятчан вместе с пермяками воевали вогуличей и взяли в плен князя их Асыку. В 1481 году вогуличи напали на Великую Пермь, проникли до Чердыни, но здесь настигли их устюжане под начальством Андрея Мишнева и побили. Асыка каким-то образом успел освободиться из плена, и в 1483 году великий князь послал на него воевод – князя Федора Курбского Черного и Салтыка Травина с устюжанами, вологжанами, вычегжанами, вымичами, сысоличами, пермяками. На устье Полыми встретили они вогуличей и разбили с потерею только семи человек своих, отсюда пошли вниз по Тавде, мимо Тюмени в Сибирскую землю, дорогою воевали, добра и пленных взяли много; от Сибири пошли вниз по Иртышу, с Иртыша на Обь, в Югорскую землю, где взяли в плен большого ее князя Молдана и других, и возвратились в Устюг 1 октября, вышедши оттуда 9 мая. В 1485 году по старанию пермского епископа Филофея князья югорские, кодские – Молдан, отпущенный из плена с детьми, да трое других – заключили мир под владычним городом Усть-Вымским с князьями вымскими – Петром и Федором, с вычегодским сотником и с владычним слугою, клялись лиха не мыслить и не нападать на пермских людей, а пред великим князем вести себя исправно; для подкрепления клятвы пили воду с золота, по своему обычаю. В последний год XV века был последний поход на Югорскую землю, на вогуличей, ходили воеводы: князь Семен Курбский, Петр Ушатый и Заболоцкий-Бражник с 5000 устюжан, двинян, вятчан; разными реками и волоками достигли Печоры, построили на берегу крепость и отсюда отправились за Уральские горы, которые перешли с большим трудом.