По свидетельству псковского летописца, число московского войска, загородившего дорогу Ахмату в первое его нашествие, простиралось до 180000, растянутых на полутораста верстах; число войска, посланного на защиту Пскова от немцев в 1481 году, простиралось до 20000; новгородской силы во время Шелонского боя было 40000; столько же было московского войска на Ведрошской битве, если верить Стрыйковскому. Войска ходили по-прежнему сухим путем и по рекам: так, в 1470 году войска, назначенные в поход на Казань, плыли из разных мест к Нижнему реками Москвою, Клязьмою, Окою и Волгою; под 1467 годом встречаем известие, что войска отправились на Черемис из Галича 6 декабря и пошли лесами, без пути в жестокие морозы. Относительно продовольствия войск во время похода встречаем следующие известия: при описании похода на Казань князя Стриги-Оболенского в 1467 году говорится, что войска возвратились без успеха, истомленные, потому что осень была холодная и дождливая, корму начало недоставать, так что многие ратные люди в постные дни ели мясо, лошади мерли с голоду; во время второго похода Иоанна III на Новгород великий князь тверской присылал сына боярского отдавать кормы по отчине своей; потом уже, находясь под Новгородом, Иоанн велел всем воеводам посылать за кормом половину людей, а другую половину оставлять у себя; наконец, до нас дошли грамоты Иоанна III, по которым запрещалось полкам, идущим в поход, останавливаться брать кормы, подводы и проводников по волостям, принадлежащим Троицкому Сергиеву монастырю. Из всего этого видим, что войска брали съестные припасы по местам, по которым проходили. Из оружия упоминается огнестрельное – пушки, тюфяки и пищали. При описании войн псковичей с немцами мы уже видели, что немцы брали верх своим нарядом или артиллериею; при осаде городов псковские пушки действовали не очень удачно: так, при осаде Нейгаузена псковичи били городок пушками, пустили в него большою пушкою, но колода у нее вся изломалась, и железа около разорвались, что заставило снять осаду. Войска по-прежнему состояли из пяти частей: большого полка, правой и левой руки, передового и сторожевого полков. Еще сохранялся старый обычай браниться перед битвою: пред началом Шелонского сражения «новгородцы по оной стране реки Шелони ездяще, и гордящеся, и словеса хулные износяще на воевод великого князя, еще же окаяннии и на самого государя великого князя словеса некая хулная глаголаху, яко пси лаяху». Мы видели, что казанский поход 1469 года не удался от недостатка единства в движениях, от недостатка подчиненности. Для введения последней великий князь должен был прибегнуть к строгим мерам: когда сын его, князь Димитрий, возвратясь из Смоленского похода, пожаловался отцу, что многие дети боярские без его ведома отъезжали в волости на грабеж, его не слушались, то Иоанн велел этих ослушников схватить, бить кнутом на торгу и многих в тюрьму бросить. Уже встречаем известие и о местничестве как явлении, препятствовавшем успеху военных действий; при описании Казанского похода архангельская летопись говорит: «А воеводы судовой рати нелюбье держали между собою, друг под другом идти не хотели». Привыкши защищаться от немцев в крепких стенах своего города и потом, после ухода неприятеля, мстить ему вторжением в его землю немногочисленными отрядами для опустошения, псковичи, как видно, не любили или не умели сражаться правильным строем; об этом можно заключить из следующего летописного рассказа: «Погнались воеводы великого князя и псковичи и нагнали немцев в Очеровах на Могильнике; немцы обоз (кош) свой поставили поодаль от себя и сказали: „Когда Русь ударится на кош, то мы воспользуемся этим и выйдем из Псковской земли; если же ударится на нас, то тут нам сложить свои головы“». Псковичи первые ударились на кош, за ними москвичи и начали между собою драться за немецкое добро, чудь, находившуюся при обозе, всю перебили; немцы в это время напали на москвичей и псковичей, и была с ними сеча, но небольшая. Князь псковский Иван Горбатый начал загонять псковичей, чтоб не ехали по одиначке, и они все по закустовью, и начали ему псковичи прозвища давать – опремом и кормихном. При осаде городов били пушками, стреляли стрелами, приметывали примет; первым делом осажденных было сжечь этот примет.

Ахмат в оба нашествия свои не заставал Иоанна врасплох, что, вероятно, было следствием бдительности русских сторожевых отрядов, высылаемых в степи; Иоанн жаловался Казимиру, что русские люди ездили на поле оберегать христианство от бусурманства, а литовские люди напали на них из Мценска, Брянска и других мест; потом жаловался, что литовцы перебили московских сторожей на Донце, сторожей-алексинцев, сторожей на Шате.

Относительно состояния дружины, или военного служилого сословия, в Руси Юго-Западной мы узнаем, что здесь в описываемое время название дворянин, уже получает важное значение, какого в Московской Руси не имеет: так, в жалованной грамоте великого князя Александра 1499 года дворянином называется знаменитый князь Василий Глинский. От описываемого времени дошел до нас большой ряд жалованных великокняжеских грамот князьям, панам, боярам на временные владения, или на хлебокормления, и на вечные владения городскими местами и селениями; в грамотах обыкновенно говорится, что имения эти даются самому пожалованному, его жене, детям, будущим потомкам, вечно и непорушно, с пашенными землями, бортными, подлазными, с сеножатьми, с озерами и реками, с бобровыми гонами, езами, перевесьями, болоньями, ловами, с данями грошовыми и медовыми, со всякими входами, приходами и платами (уплатами), с землями пустовскими, с млынами (мельницами) и с их вымалками, ставами и ставищами, с рыбниками, с речками и потоками их, с колодезями, с борами, лесами, гаями (рощами), дубравами и хворостниками, с лядами и лядищами, с данями куничными илисичными, со всяким правом и панством, с мытами, явками, капыцинами, со всеми боярами и их имениями, с слугами путными и даньниками, с слободичами, что на воле сидят, с людьми тяглыми, с куничниками, лейтами, конокормцами. В Киевской области княжата и панята, хотевшие ехать в чужие края, должны были сказаться королю или его наместнику и, когда устроят в своем имении службу так, как бы она была при них самих, тогда могут ехать, если только земской службы не будет; но в неприятельскую землю ехать не могут. Киевлянин, по королевским грамотам, пользовался тою же честью, как литвин, ничем перед последним не понижался; волости киевские держали только киевляне, но киевлянам король раздавал городки, кому хотел; князья, паны и бояре литовские, владевшие имениями в Киевской земле, обязаны были служить с этих имений вместе с киевлянами сами, своими головами. Урядники коронные не имели права судить слуг и людей княжеских, панских и боярских. В уставной Волынской грамоте говорится, что староста не смел срамить злыми словами князей, панов и земян, не смел казнить их и сажать в башню; но если кто из них провинится, то староста извещает короля и поступает с преступником по королевскому наказу; если обвиненный потребует суда королевского, то староста отпускает его к королю, назначивши срок, когда он обязан стать перед последним; князя, пана и земянина староста или наместник один не судит, но имеет при себе князей, панов и земян.

Думают, что относительно управления при Иоанне III последовал переход от прежнего управления посредством только известных лиц к управлению посредством известных присутственных мест, или приказов; думают, что при Иоанне III несомненно должны были существовать приказы: Разрядный, Холопий, Житный, Новгородский. Но ни в одном памятнике, дошедшем до нас от княжения Иоанна III, не упоминается о приказах; и если некоторые приказы должны были явиться непременно при Иоанне III, то не понимаем, почему некоторые из них не могли явиться ранее, если уже не хотим обращать внимания на молчание источников; не знаем, почему, например, Разрядный, Холопий приказы не могли явиться ранее? По некоторым известиям, Иоанну приписывается разделение России на три части: Владимирскую, Новгородскую и Рязанскую – и образование для каждой из них отдельного приказа под названием трети. Но с этим известием мы не можем согласиться, ибо Рязанское Великое княжество не было присоединено еще при Иоанне.