Новгородцы начали переговоры с великим князем, еще не зная о другом своем несчастье: в Двинской области воевода их, князь Василий Шуйский, имея двенадцатитысячный отряд войска, встретился на берегах Двины с устюжским великокняжеским воеводою Образцом и вятчанами, у которых было менее 4000 войска: жаркая битва продолжалась целый день, секлись, схватывая друг друга за руки; двинский знаменщик был убит, знамя подхватил другой, убит был и этот, подхватил и третий, наконец убили и третьего, знамя перешло в руки москвичей, и двиняне дрогнули; князь Шуйский спасся бегством, раненый; новгородский летописец складывает вину поражения на двинян, говорит, что они не тянули по князе Шуйском. С другой стороны, вологодский воевода князя Андрея Васильевича Меньшого повоевал Кокшенгу. Заключая договор по старине, Иоанн возвратил Новгороду его заволоцкие владения, но при этом был сделан строгий перебор, и новгородцы должны были отдать все волости великокняжеские и ростовских князей, захваченные ими прежде и в последнюю войну. Таким образом, многие волости разделились пополам между Москвою и Новгородом, например Емец, Матигоры, Кур-остров, Чухчелема, Ухть-остров, Лисичь-остров; другие, которые прежде мы видели за Новгородом, отошли все к Москве без раздела, например Колмогоры, Ненокса, Уна и проч. Вся земля Новгородская, говорит летописец, до самого моря была пожжена и попленена, потому что опустошали ее не одни те войска, которые были с великим князем или его братьями, но изо всех земель московских ходили толпы за добычею в новгородские волости. Беды не прекратились и по отходе великокняжеских войск: жители Русы, бежавшие в Новгород во время войны, теперь отправились домой по Ильменю; но поднялась страшная буря и потопила их: погибло 90 учанов и 60 малых судов, в одном месте нашли 120 трупов. И не тут только природа объявила себя против Новгорода, за Москву; опасения, что трудно будет идти под Новгород летом по причине многих вод и болот, на этот раз не оправдались; как нарочно, лето было знойное, от мая до сентября не упало ни капли дождя; не было нигде преграды московским ратникам, которые гнали скот по болотам и местам, прежде непроходимым.

1 сентября возвратился Иоанн в Москву: того же 1471 года в декабре приехал туда нареченный владыка новгородский Феофил и был посвящен; Феофил просил свободы новгородским пленникам, и великий князь исполнил его просьбу; отправил и наместников своих в Новгород по-прежнему. Казалось, что все уладилось, но так могло казаться только: долговременное отсутствие великих князей, долговременная невозможность для них заниматься внутренними делами Новгорода ослабили, привели в забвение, но не уничтожили прав их здесь; теперь же великий князь московский получил возможность дать силу этим правам. При ослаблении власти княжеской вследствие постоянной борьбы многих князей-соперников образовались стороны, также постоянно боровшиеся между собою; богатый боярин, имевший средства платить многочисленным вечникам, мог отважиться на все, мог отважиться вооруженною рукою мстить за свои оскорбления; иногда целые улицы, целые концы враждовали друг с другом, стоя за то или другое лицо, за того или другого чиновника гражданского; сила решала спор; предводитель восторжествовавшей стороны достигал должности посадника и в этом звании позволял себе мстить тем гражданам, тем улицам, тем концам, которые были против него. Что оставалось побежденным и слабым? Молчать и ждать благоприятных обстоятельств, ждать усиления своей стороны, которое подаст им возможность собраться на вече, низложить соперников и поступить с ними по их же примеру. В таком состоянии находились дела, когда великий князь был далеко, а наместников мало слушались. Но теперь, когда великий князь хотел и мог восстановить свое старинное значение верховного судьи, теперь стороне угнетенной не нужно было долго дожидаться удобного случая к низложению врагов своих: она могла отдать свое дело на решение великого князя. Посадник степенный Василий Ананьин с 18 другими боярами своей стороны, наехавши с многочисленным отрядом на две улицы, Славкову и Никитину, людей переграбил и перебил, многих даже до смерти, имения взял на тысячу рублей. В то же время староста Федоровской улицы Памфил вместе с двумя боярами, которые участвовали и в нападении на две упомянутые улицы, ударил на двор двух братьев, бояр Полинарьиных, людей у них перебил, имения пограбил на 500 рублей. Любопытно, что между виновниками этих насилий встречаем имена известных врагов Москвы: это обстоятельство может навести на мысль, что здесь действовали также и причины политические, что на эту борьбу должно смотреть как на продолжение борьбы двух сторон – литовской и московской. В нападении на Славкову и Никитину улицы участвовали: Селезневы – Матвей и Яков, которых брат Василий был казнен вместе с Димитрием Борецким; Андрей Телятев и Моисей Федоров; Павел Телятев и Яков Федоров были также схвачены в Шелонской битве и отосланы в Коломну; Афанасьевы, которых Иоанн, как увидим впоследствии, считал самыми жаркими приверженцами Литвы; наконец, в числе вельмож, на которых были поданы жалобы и которые были обвинены Иоанном, видим Федора Исакова Борецкого. Но если сообщники степенного посадника Ананьина были приверженцами Литвы, то можно заключить, что и сам посадник не был доброжелателем Москвы. Как бы то ни было, обиженные посадником и его товарищами послали жаловаться на них в Москву. Псковский летописец говорит, что житые и младшие люди сами призвали великого князя, потому что обижали их посадник и великие бояре, не знавшие над собою суда; но мы не можем принять этого известия без ограничения: кроме борьбы сословий тут мы видим и борьбу сторон, ибо между врагами Ананьина и товарищей его встречаем не одних житых и младших граждан, но также бояр Полинарьиных.

22 октября 1475 года Иоанн выехал из Москвы в Новгород, миром, но со многими людьми; в Вышнем Волочке встретил его посол от владыки Феофила с дарами, но тут же встретили его и жалобщики, какой-то Кузьма Яковлев с товарищами; отсюда до самого Новгорода по всем станциям встречали его новгородские чиновники с подарками, начиная от подвойского до посадников, и между ними опять жалобники многие. За 90 верст до города встретил князя владыка Феофил, воевода новгородский, князь Василий Васильевич Шуйский и посадник степенный Ананьин со многими другими духовными, боярами и житыми людьми: владыка поднес две бочки вина, все остальные – по меху вина, и все были угощены обедом. Проведя месяц в дороге, 21 ноября Иоанн въехал в Новгород, встреченный посадниками, житыми людьми, множеством народа, и стал на Городище; владыка прислал двух чиновников своих распоряжаться доставкою съестных припасов ко двору великокняжескому; но великий князь не велел брать от них кормов и осердился на владыку, зачем прислал людей непригожих к делу, незначительных; владыка просил прощения чрез бояр, велел отпускать припасы наместнику своему, и тогда великий князь нелюбье отложил и пожаловал, велел брать кормы; владыка в день приезда бил челом Иоанну, звал его к себе обедать; но великий князь не пожаловал, не поехал и на другой день позвал к себе на обед владыку, посадника степенного, старых посадников, тысяцких и многих знатных людей; в тот же день нашло к нему множество жалобников, новгородцев и уездных людей; одни пришли просить приставов, чтобы не быть ограбленными от ратников, пришедших с великим князем, другие пришли с жалобами на свою же братию, новгородцев. «Потому что, – говорит летописец, – земля эта давно уже в своей воле жила, о великих князьях небрегла и не слушала их, и много зла было в ней: убийства, грабежи, домам разорение напрасное; кто кого мог, тот того и обижал».

23 ноября въехал Иоанн в город (крепость), где был встречен владыкою со всем духовенством, как приказал сам великий князь. В этот день он слушал обедню у св. Софии и обедал у владыки, причем получил дары: три постава сукон, 100 корабельников (червонцев), зуб рыбий да на проводях две бочки вина. На другой день пошли к великому князю с челобитьем, дарами и жалобами разные люди, а на третий явились главные жалобщики – две улицы, Славкова и Никитина, да братья Полинарьины – и жаловались в присутствии владыки, старых посадников, других бояр и житых людей. Иоанн сказал владыке и посадникам: «Ты, богомолец наш, и вы, посадники, объявите отчине нашей, Великому Новгороду, чтобы дали на этих обидчиков своих приставов, как я дал на них своих, потому что я хочу дело рассмотреть; и ты бы, богомолец мой, и вы, посадники, тогда у меня были: хочется мне обиженным управу дать». Новгородцы дали своих приставов, и в воскресенье 26 ноября обидчики и обиженные все стали перед великим князем на Городище в присутствии Феофила и старых посадников; начался суд, и было решено, что жалобы справедливы. Тогда великий князь велел взять обвиненных, главных посадить за приставами, товарищей их отдать на поруку крепкую, в 1500 рублях; архиепископ взял их на поруку. В то же время Иоанн выслал от себя вон и велел схватить Ивана Афанасьева с сыном за то, что советовали Новгороду отдаться за короля.