Вместо ответа великий князь велел воеводам своим придвинуться к Новгороду, занять Городище и подгородные монастыри и, получив весть, что приказание его исполнено, велел сказать послам: «Сами вы знаете, что посылали к нам Назара Подвойского и Захара, вечевого дьяка, и назвали нас, великих князей, себе государями; мы, великие князья, по вашей присылке и челобитью послали бояр спросить вас: Какого нашего государства хотите? И вы заперлись, что послов с тем не посылывали, и говорили, что мы вас притесняем. Но кроме того, что вы объявили нас лжецами, много и других ваших к нам неисправлений и нечести. Мы сперва поудержались, ожидая вашего обращения, посылали к вам с увещаниями; но вы не послушались и потому стали нам как чужие. Вы теперь поставили речь о боярах новгородских, на которых я положил опалу, просили, чтоб я их пожаловал, отпустил; но вы хорошо знаете, что на них бил мне челом весь Великий Новгород как на грабителей, проливавших кровь христианскую. Я, обыскавши владыкою, посадниками и всем Новгородом, нашел, что много зла делается от них нашей отчине, и хотел их казнить; но ты же, владыка, и вы, наша отчина, просили меня за них, и я их помиловал, казнить не велел, а теперь вы о тех же виноватых речь вставляете, чего вам делать не годилось, и после того как нам вас жаловать? Князь великий вам говорит: „Захочет Великий Новгород бить нам челом, и он знает, как ему нам, великим князьям, челом бить“».

Послы отправились назад, в Новгород, а следом за ними двинулся туда и великий князь Ильменем по льду; 27 ноября стал он под городом; в тот же и следующие дни подошли и все другие полки; 30 ноября Иоанн велел воеводам отпустить половину войска за кормами, с тем чтоб через десять дней все были в сборе под Новгородом, послал торопить и псковскую рать. Новгородцам стало очень тяжко, потому что неприятель расположился в их посадах и монастырях, обхвативши город с обеих сторон. Несмотря на то, они сначала сели все в осаде, устроивши себе по обе стороны Волхова и через самую реку на судах стену деревянную. Иоанн видел, что они укрепились хорошо, что если пойти под стену, то с обеих сторон головы станут падать, и потому не хотел брать города приступом, а решился стоять под ним до тех пор, пока голод и теснота заставят осажденных покориться. Чтоб в собственных полках при этом не было ни в чем недостатка, он приказал псковичам прислать муки пшеничной, рыбы, меду, выслать купцов своих со всяким другим товаром, что и было исполнено. В Новгороде между тем народ стал волноваться: одни хотели биться с великим князем, а другие покориться ему, и последних оказалось больше, чем первых. Вследствие этого 4 декабря явился в московском стане опять владыка Феофил с посадниками и житыми; послы били челом, чтоб государь пожаловал, указал своей отчине, как бог положит ему на сердце свою отчину жаловать. Ответ был прежний: «Захочет наша отчина бить нам челом, и она знает, как бить челом». Послы отправились назад, в город, и на другой день возвратились с повинною, что действительно Новгород посылал в Москву Назара да Захара называть великого князя государем и потом заперся. «Если так, – велел отвечать им Иоанн, – если ты, владыка, и вся наша отчина, Великий Новгород, сказались перед нами виноватыми и спрашиваете, как нашему государству быть в нашей отчине, Новгороде, то объявляем, что хотим такого же государства и в Новгороде, какое в Москве». Послы просили, чтоб великий князь отпустил их в город подумать, и дано им два дня на размышление. 7 декабря послы возвратились с новыми просьбами, с новыми уступками: чтоб великий князь велел своему наместнику судить с посадником; чтоб брал каждый год дань со всех волостей новгородских по полугривне с сохи; чтоб держал пригороды новгородские своими наместниками, а суд был бы по старине; чтоб не было вывода и позвов из Новгородской земли; чтоб государь не вступался в боярские земли; чтоб новгородцам не было службы в Низовую землю, чтоб защищали они только свои рубежи. Великий князь велел отвечать им: «Сказано вам, что хотим государства в Великом Новгороде такого же, какое у пас государство в Низовой земле на Москве; а вы теперь сами мне указываете, как нашему государству у вас быть: какое же после этого будет мое государство?» Послы отвечали: «Мы не указываем и государству великих князей урока не кладем; но пожаловали бы государи свою отчину, объявили Великому Новгороду, как их государству в нем быть, потому что Великий Новгород низовского обычая не знает, не знает, как наши государи великие князья держат свое государство в Низовской земле». «Государство наше таково, – был ответ, – вечевому колоколу в Новгороде не быть; посаднику не быть, а государство все нам держать; волостями, селами нам владеть, как владеем в Низовой земле, чтоб было на чем нам быть в нашей отчине, а которые земли наши за вами, и вы их нам отдайте; вывода не бойтесь, в боярские вотчины не вступаемся, а суду быть по старине, как в земле суд стоит».

Шесть дней думали новгородцы об этом государстве; наконец 14 декабря владыка с посадниками явился и объявил, что вечевой колокол и посадника новгородцы отложили, только бы государь не выводил их, в вотчины их, земли, воды и в имущества не вступался, позвы отложил и службы им в Низовую землю не наряжал. Великий князь всем этим их пожаловал. Тогда они стали бить челом, чтоб государь дал крепость своей отчине, Великому Новгороду, крест бы целовал, и получили в ответ: «Не быть моему целованию»; просили, чтоб бояре целовали крест, – и в том получили отказ; просили, чтоб по крайней мере будущий наместник присягнул, – отказано и в этом; наконец, просили, чтоб великий князь позволил им возвратиться в город и опять подумать, – и этого позволения не дано. Прошло тринадцать дней, прошел праздник Рождества Христова, владыка с посадниками все жил в стане московском, а между тем последний служивый князь новгородский, Василий Васильевич Шуйский, сложил к новгородцам крестное целование на имя великого князя; и новгородцы из страха перед последним не смели ни слова молвить Шуйскому, который безопасно оставался у них после того два дня. Наконец 29 декабря владыка и другие послы сказали боярам московским: «Если государь не жалует, креста не целует и опасной грамоты нам не дает, то пусть сам объявит нам свое жалованье, без боярских высылок». Иоанн велел им войти к себе и сказал: «Просили вы, чтоб вывода, позва на суд и службы в Низовую землю не было, чтоб я в имения и отчины людские не вступался и чтоб суд был по старине, всем этим я вас, свою отчину, жалую». Послы поклонились и вышли. Но скоро нагнали их бояре и начали говорить: «Великий князь велел вам сказать: Великий Новгород должен дать нам волости и села, без того нам нельзя держать государства своего в Великом Новгороде». Послы отвечали: «Скажем об этом Новгороду». Новгород предложил две волости: Луки Великие и Ржеву Пустую; великий князь не взял; предложили десять волостей – не взяли и их; тогда послы сказали, чтоб сам великий князь назначил, сколько ему надобно, волостей; Иоанн назначил половину волостей владычных и монастырских и все новоторжские, чьи бы ни были. Новгородцы согласились, но просили, чтоб половина монастырских волостей была взята только у шести богатых монастырей, у остальных же, бедных, малоземельных, не брать. Великий князь исполнил их просьбу; пожаловал и владыку: вместо половины волостей взял у него только десять. Затем начались переговоры о дани: сначала великий князь хотел брать по полугривне с обжи: новгородскую обжу составлял один человек, пашущий на одной лошади; три обжи составляли соху; пашущий на трех лошадях и сам-третей составлял также соху. Но владыка от всего города стал бить челом, чтоб великий князь смиловался, брал бы по семи денег с трех обжей один раз в год; Иоанн согласился брать, однажды в год по полугривне с сохи со всех волостей новгородских, на Двине и в Заволочье, на всяком, кто пашет землю, на ключниках, старостах и холопях одерноватых. Владыка просил также, чтобы великий князь не посылал по новгородским волостям своих писцов и даньщиков, потому что это тяжко будет христианству: положил бы государь это дело на новгородскую душу; новгородцы скажут сами, сколько у кого будет сох, сами соберут дань и отдадут по крестному целованию, без хитрости тому, кому великие князья прикажут; а кто утаит хотя одну обжу и будет уличен, того пришлют к государям на казнь. Иоанн исполнил и эту просьбу, после чего велел очистить для себя двор Ярославов и объявить новгородцам присяжную запись, на которой они должны были целовать ему крест. 13 января 1478 года пришел к великому князю владыка со многими боярами, житыми, купцами и принес присяжную запись; писал ее дьяк владычний, подписал владыка собственною рукою и печать свою приложил, приложили по печати и со всех пяти концов. В тот же день в стане целовали крест на этой записи многие бояре, житые и купцы перед боярами великокняжескими, которые заставили их также обещаться на словах не мстить псковичам за помощь их Москве, не мстить тем боярам и женам их и детям, которые служат великому князю, отказаться от пригородов, Двинской области и Заволочья. Присягнувши, новгородцы просили бояр, чтобы Иоанн сказал им всем вслух свое милостивое слово, и слово это было им сказано: «Даст бог, вперед тебя, своего богомольца, и отчину нашу, Великий Новгород, хотим жаловать». 15 января приехал в Новгород князь Иван Юрьевич Патрикеев с четырьмя другими московскими боярами и созвал весь Новгород в палату, а не на площадь, потому что с этого дня веча уже не было более в Новгороде; Патрикеев начал говорить: «Князь великий Иван Васильевич всея Руси, государь наш, тебе, своему богомольцу владыке, и своей отчине, Великому Новгороду, говорит так: ты, наш богомолец, и вся паша отчина, Великий Новгород, били челом нашим братьям, чтобы я пожаловал, смиловался, нелюбье с сердца отложил; и я, князь великий для братьев своих, пожаловал вас, нелюбье отложил. И ты бы, богомолец наш, и отчина наша, на чем добили нам челом, и грамоту записали, и крест целовали, то бы все исполняли; а мы вас вперед хотим жаловать по вашему исправлению к нам». После этой речи московские бояре стали приводить лучших новгородцев к присяге на владычном дворе, а по концам посланы были для этого дети боярские и дьяки; целовали крест все, не исключая жен и людей боярских; тут, при крестном целовании, взята была и грамота, которую новгородцы написали и укрепили между собою за 58 печатями. 18 января били челом великому князю в службу бояре новгородские и все дети боярские и житые люди. 20 января отправлена была в Москву грамота, что великий князь отчину свою, Великий Новгород, привел во всю свою волю и учинился на нем государем, как и на Москве. Наместниками в Новгороде были назначены князь Иван Васильевич Стрига да брат его, Ярослав, Оболенские, а через несколько дней приданы были к ним еще двое наместников. Оболенские поместились на дворе Ярославовом, сам же великий князь продолжал жить в стане и два раза только въезжал в Новгород для слушания обедни у св. Софии, потому что в городе был мор. Перед отъездом Иоанн велел схватить старосту купеческого Марка Панфильева, боярыню Марфу Борецкую со внуком ее Василием Федоровым, еще пятерых новгородцев и отвезти их в Москву, имение отписать на себя; забраны были и все договоры, когда-либо заключенные новгородцами с князьями литовскими. 17 февраля тронулся Иоанн из стана, 5 марта приехал в Москву; за ним привезли из Новгорода вечевой колокол и подняли на колокольню на площади кремлевской звонить вместе с другими колоколами.