Примерно в это же время Коммунистическая партия обращается с письмом к коммунистам Красной Армии. В подготовке письма принимал участие В. И. Ленин. Центральный Комитет партии категорически предписывал всем членам партии — комиссарам, командирам, красноармейцам общими энергичными усилиями вызвать необходимый и скорый перелом в ходе боевых действий и настроении личного состава частей.

Центральный Комитет вменял в обязанность всем членам партии установить на фронте подлинную революционную диктатуру, отвечающую размерам опасности, угрожающей социалистическому Отечеству.

Армейские коммунисты горячо откликнулись на призыв партии. Они развернули большую политическую и организаторскую работу, благодаря чему создавались благоприятные условия для успешной борьбы с контрреволюцией и шпионажем в армии.

Непосредственные обязанности по борьбе со шпионажем в Красной Армии лежали на органах Военного контроля, а по искоренению контрреволюции — на военных чрезвычайных комиссиях. Такое разграничение функций оправдывало себя, пока речь шла о немецком военном шпионаже, выступавшем какое-то время в качестве военного средства кайзеровской армии, а внутренняя контрреволюция не набрала еще силы и часто действовала открыто. Однако вскоре после образования этих органов обстановка стала быстро меняться. Усиление накала классовой борьбы внутри нашего общества и расширение вооруженной иностранной интервенции вызвали существенные изменения в методах подрывной работы в армии. Наряду с открытыми контрреволюционными выступлениями все больший удельный вес приобретают тайные подрывные действия. Поскольку каждая открытая контрреволюционная вспышка в Красной Армии, как правило, быстра гасла, не достигая цели, контрреволюционеры меняют приемы подрывной работы. Во-первых, они теперь более тщательно и кропотливо готовят каждое открытое выступление. Во-вторых, чаще, чем это было до сих пор, подрывные элементы прибегают к нанесению вреда Красной Армии скрытно, исподтишка. Растет число случаев выведения из строя боевой техники, задержек доставки полевым частям продовольствия, боеприпасов, оружия. В бою контрреволюционеры пытаются посеять панику, внести дезорганизацию в управление войсками.

Контрреволюционные действия против Красной Армии в этот период характеризуются также большей степенью объединенности. От разобщенных, организационно не связанных выступлений контрреволюция начинает переходить к широко разветвленным и организационно объединенным действиям. Отдельные звенья контрреволюционных выступлений по замыслу их инициаторов и вдохновителей должны были объединиться в одну цепь, чтобы парализовать действия Красной Армии, а в конечном счете вновь сковать по рукам и ногам поднявшийся на революционную борьбу трудовой народ России.

Изменился и характер военного шпионажа. Из чисто военного средства, каким он обычно выступал в войнах между капиталистическими и иными социально однородными государствами, шпионаж в условиях гражданской войны в России превращается в одну из форм подрывной деятельности международной и внутренней контрреволюции. Какие бы сведения о Вооруженных Силах молодой Советской республики ни попадали в военную разведку буржуазной армии, они неизменно оказывались у командования интервенционистских войск и белогвардейских банд.

Внутренняя контрреволюция, проникнутая лютой ненавистью к Советской власти, охотно шла на то, чтобы добывать и передавать иностранным разведкам шпионские сведения о Красной Армии. Чувство классовой ненависти к восставшему пролетариату брало верх над патриотизмом, гражданственностью. Грани между контрреволюционерами и шпионами стирались.

В этих новых условиях существование двух органов, из которых один (Военный контроль) занимался борьбой со шпионажем, а другой (военные чрезвычайные комиссии) вел борьбу с контрреволюцией, не оправдывало себя. Если учесть также, что над этими двумя органами не было единого отраслевого органа управления, то станет понятным ненужный параллелизм в их работе.

Все это потребовало организационного объединения Военного контроля и военных чрезвычайных комиссий в одну систему. Было и еще одно немаловажное обстоятельство, настоятельно требовавшее объединения, а именно — засоренность кадров органов Военного контроля враждебными элементами. Определенная тенденция к этому была объективно заложена еще в момент создания Военного контроля, частично укомплектованного кадрами старой контрразведки. Конечно, не все желающие и не сразу принимались на работу в органы Военного контроля. Перед поступлением туда они, как и другие бывшие офицеры, проходили предварительную проверку, фильтрацию.

Однако некоторые из бывших царских военных контрразведчиков, враждебно настроенных к Советской власти, просочились в органы Военного контроля. Число таких людей в связи с проведением мобилизации старых офицеров к осени 1918 года возросло. Отдельные из этих контрреволюционно настроенных и активно действующих против Советской власти офицеров проникали на ответственные посты в Военный контроль. Это значительно повышало их общественную опасность.

Так, на руководящей работе в Военном контроле оказался некий Бирзе. Будучи анархистом, он поддерживал преступную связь с монархистом Бредисом. Бредис, в свою очередь, был активным членом деятельной и широко разветвленной савинковской организации «Союз защиты родины и свободы». В «Союзе» он возглавлял отдел контрразведки.

Весьма симптоматичные факты выявились при проверках Восточного фронта в связи с падением Казани и Симбирска и при рассмотрении дел Военного контроля Южного фронта. Так, во главе Военного контроля Восточного фронта в июне — июле 1918 года оказался контрреволюционер Фаерман. Выяснилось, что до назначения на этот пост он арестовывался Петроградским Военно-революционным комитетом за взяточничество и расхищение народного имущества. Оказалось также, что офицеры Величко и Духно, помогавшие противнику при захвате Казани и перешедшие на его сторону, были ставленниками Фаермана. Были засорены органы Военного контроля Южного фронта. Военному контролю здесь, в частности, была поручена организация переправы коммунистов, направлявшихся на оккупированную немцами Украину для организации подпольной работы. Многие из этих посланников партии были арестованы на демаркационной линии между Российской республикой и Украиной и расстреляны. Вина в этом некоторых сотрудников органов Военного контроля, бывших офицеров, очевидна.

После того как в ходе проверки вскрылись и были доказаны эти и некоторые другие факты, в ноябре 1918 года Военный контроль Южного фронта был слит с фронтовой ЧК. Слиянию предшествовала чистка Военного контроля от пробравшихся туда враждебных элементов. Образовавшийся новый орган был назван Особым отделом.

Двойственность аппарата по охране государственной безопасности Красной Армии не могла быть терпима и на других фронтах, и в Красной Армии в целом. С предложением ликвидировать двойственность аппарата по охране государственной безопасности Красной Армии обратился во ВЦИК, СНК, Реввоенсовет и ВЧК член ВЦИК В. Э. Кингисепп, прикомандированный в то время к ВЧК.