Помощник начальника канцелярии военного министра генерал Лисенко заявил, что он не признает революционного правительства и не желает с ним иметь никакого дела. При канцелярии военного министра 13 ноября 1917 года проходили собрания, направленные против Советского правительства. Аппарат старого военного министерства практически отказался подчиняться Наркомвоену.

Не лучше обстояло дело и в ставке. Начальник штаба верховного главнокомандующего генерал Н. Н. Духонин, самовольно объявивший, себя после бегства Керенского главнокомандующим, отказался выполнить приказ Советского правительства обратиться к военным властям неприятельских армий с предложением приостановить военные действия. Вскоре после этого начальник Генерального штаба генерал В. В. Марушевский вступил в преступные связи с Духониным.

Отдельные чиновники военного министерства и ставки вели открытую контрреволюционную агитацию и пропаганду. Используя свое должностное положение, они пытались сорвать снабжение армии и красногвардейских отрядов, вызвать в их рядах брожение и недовольство. Известен, например, факт, когда работники органов военного снабжения и железнодорожных учреждений дважды гоняли эшелон с продовольствием для красногвардейских отрядов и населения из Саратова в Петроград и обратно, но так и не доставили его по назначению.

Контрреволюционеры и саботажники, засевшие в военном министерстве и ставке, предпринимали попытки использовать армию в вооруженной борьбе против Советской власти. Уже на второй день после штурма Зимнего была перехвачена телеграмма Духонина, в которой командующим всех фронтов приказывалось двинуть войска на Петроград.

Для борьбы с большевиками ставка мобилизовала отдельные ударные батальоны и донское казачество. Саботаж перерастал в открытую контрреволюцию. Лишь разгром отрядов Краснова и бегство Керенского из Гатчины заставили Духонина и других офицеров ставки на время отказаться от открытого «крестового похода» против большевиков.

Настало время пресечь саботаж старого аппарата высших органов военного управления. Вопрос о военном министерстве был вынесен на обсуждение Совета Народных Комиссаров. Совнарком 19 ноября 1917 года постановил немедленно начать чистку всех управлений военного ведомства.

Генералов Маниковского и Марушевского было решено арестовать. Несколько раньше по решению следственной, комиссии Петроградского ВРК были арестованы помощник начальника канцелярии военного министра генерал Лисенко, а также некоторые ответственные военные чиновники. Наркомвоену было предложено вызвать в Петроград для замещения военных должностей надежных офицеров из верных Советской власти частей. Осуществлять непосредственный контроль за деятельностью военного министерства, а также за ходом реорганизации его отдельных звеньев Совнарком поручил членам коллегии Наркомвоена Б. В. Леграну, К. А. Мехоношину и Э. М. Склянскому.

В соответствии с решением Совнаркома во главе сохраняемых и продолжающих функционировать отделов и управлений военного ведомства Наркомвоен поставил комиссаров.

Принимаются также меры по очищению ставки от саботажников. За контрреволюционную деятельность и отказ выполнять приказы Советского правительства Духонин отстраняется от командования и объявляется вне закона. Верховным главнокомандующим назначается бывший прапорщик 7-го финляндского полка Н. В. Крыленко. С восемью эшелонами солдат, матросов и красногвардейцев он вскоре отбыл к месту дислокации мятежной ставки — в Могилев. Прослышав о решениях Совнаркома и передвижении революционных эшелонов, многие контрреволюционно настроенные офицеры стали покидать ставку. Благодаря решительным действиям Н. В. Крыленко сопротивление ставки было сломлено почти без кровопролития.

Постепенно заменялась саботирующая старая командная верхушка военных округов, отстранялись командующие, назначенные еще царем или Временным правительством. Возглавлять округа стали коллегии. Командующими округами назначались офицеры-большевики.

Чистка органов военного управления от саботажников и других контрреволюционных элементов проводилась преданными революции матросами, солдатами и офицерами под руководством и контролем Совнаркома и лично В. И. Ленина. В частности, В. И. Ленин утвердил приказ по Московскому военному округу об увольнении с военной службы контрреволюционно настроенных генералов и офицеров из штаба округа и о назначении на высшие командные должности в штабе большевиков, а также сочувствующих Советской власти офицеров и наиболее грамотных солдат.

В результате всех этих мероприятий и повседневного руководства и помощи со стороны ЦК партии и лично В. И. Ленина Наркомвоену удалось в сравнительно короткий срок сломить саботаж старого чиновничества, создать ряд новых органов военного управления и подчинить себе центральный аппарат военного и военно-морского министерств, управления воздушным флотом.

Убедившись, что вооруженными выступлениями отдельных воинских частей и саботажем военного чиновничества достичь цели не удастся, контрреволюция стала создавать крупные белогвардейские воинские формирования, белые армии и организовывать широкую сеть тайных заговоров. Генералы Дутов, Каледин, Корнилов и Краснов сколачивают на Дону, Кубани и в других местах юга России белогвардейские полки. Внешние и внутренние враги Советской власти основные надежды возлагают теперь на царских офицеров. Взоры контрреволюции вновь обращаются к старой русской армии. В офицерском корпусе активизируется агентура враждебных Советской власти партий и разведок Антанты, вербуется пополнение для белых армий.

Уставшие от войны солдатские массы стремились домой, к семьям, к полученной от новой власти земле. И одной из форм подрыва боеспособности армии, и в особенности верных Советской власти воинских частей, становится организация контрреволюцией дезертирства.

Так, бывший командир 1-й латышской стрелковой бригады полковник Гоппер, бежавший из армии еще накануне Октябрьской революции, организовывал дезертирство офицеров из полков, оставшихся верными революции и выполнявших ответственные задания Советского правительства. Впоследствии он писал, что в первый день ноября явился в Валку, где дислоцировался штаб 12-й армии, и заручился поддержкой командующего армией генерала Я. Д. Юзефовича. Юзефович обещал Гопперу, что добьется согласия штаба Северного фронта на уход офицеров из латышских полков. С согласия командира запасного латышского полка полковника Франсиса в каждый действующий полк посылается офицер для организации дезертирства.

Генерал сдержал слово. Всем офицерам-дезертирам были выданы штабом армии и Северного фронта соответствующие удостоверения. В одних говорилось, что их владельцы увольняются в запас, в других — что они направляются для дальнейшего прохождения службы в иные округа. Некоторые из освобождаемых таким образом от военной службы офицеров действительно возвращались домой, меняли образ жизни. Однако большая часть дезертировавших становилась под белые знамена, вливалась в ряды тех, кто готовился к борьбе с Советской властью.

В Москве, Петрограде в других городах России контрреволюционное офицерство все активнее организует тайные сборища. В них участвуют генералы Краснов, Алексеев и многие другие офицеры и генералы. На своих совещаниях офицеры обсуждают планы активных контрреволюционных действий. Был составлен, например, план перебазирования офицеров из Центра России на окраины. Из крупных промышленных городов европейской части страны военнослужащие потекли в трех главных направлениях — в Архангельск, на Дон, в Сибирь (Новониколаевск). Провозглашалось движение «Российской Вандеи» по опыту реакционного французского дворянства и духовенства, организовавших при помощи Англии в департаменте Вандея ряд мятежей. Скрыть от Советской власти перемещение многих сотен офицеров было трудно, но нелегко было и воспрепятствовать ему.

Другой формой подрыва военной мощи Советского государства было расхищение оружия и военного имущества. Так, царские офицеры Колпашников и Верблюнский пытались переправить из Петрограда в Ростов-на-Дону к генералу Каледину эшелон автомашин. Предотвращена эта диверсия была благодаря бдительности железнодорожников Николаевской дороги. 8 декабря 1917 года они сообщили, что на железнодорожных путях сформирован и готов к отправке какой-то подозрительный поезд с 80 автомашинами фирм «Форд» и «Тальбот». Вскоре удалось выяснить, что этот эшелон сформирован Колпашниковым и Верблюнским по заданию американских офицеров, полковника Андерсена и майора Пэркинса, для отправки на Дон. Из показаний арестованных офицеров стала очевидна и роль в этом деле посольства США в Петрограде во главе с послом Фрэнсисом. Посольство выдало офицерам документ о том, что эшелон якобы следует в Румынию. На допросе уличенный доказательствами Колпашников вынужден был рассказать, для кого в действительности, предназначался эшелон.