Там же, на Сахалине, Ювачев влюбился в Марию Антоновну Кржижевскую, приехавшую добровольно работать на остров и желавшую «умереть с каторжными». Она работала акушеркой и фельдшерицей, а затем стала официальной заведующей метеорологической станцией, на которой Ювачев работал. «Мне кажется, я любил ее и любил искренно, даже страстно», — записал он вскоре после того, как она скончалась от чахотки.
В 1895 году ему разрешили уехать с острова — это был первый случай освобождения с Сахалина политического заключенного. Ювачев переезжает во Владивосток, где живет два года. В 1897 году он возвращается в Европейскую Россию, живет сначала в Любани, затем получает разрешение переехать в Санкт-Петербург. В 1899 году ему окончательно возвращают все гражданские права.
С 1897 года Ювачев начал сотрудничать в журнале «Исторический вестник». В первых семи книгах этого журнала за 1900 год публикуются его воспоминания «Восемь лет на Сахалине» (в 1901 году книга вышла отдельным изданием). Побывал он и в паломничестве в Палестине, очерки о котором публикуются в «Историческом вестнике» в 1902 году (отдельное издание — 1904 год). За свои научные труды И. П. Ювачев был избран членом-корреспондентом Главной физической обсерватории Академии наук.
И. П. Ювачев был человеком чрезвычайно интересным, притягивавшим к себе людей. В январе 1901 года, когда он находился в Ташкенте, с ним познакомился путешествующий Максимилиан Волошин. Восхищенный личностью Ювачева, Волошин 17 января пишет матери: «Он какой-то совсем удивительный человек — примиренный, ровный — в типе Достоевского и религиозный. Статьи его очень стоит прочесть. Он тут тоже „техником“ и на изысканиях. Мы с ним видимся почти каждый день и ведем бесконечные разговоры». 4 февраля он снова пишет матери о Ювачеве: «Я приеду с Ювачевым и он остановится на несколько дней в Москве, и я вас тогда непременно познакомлю с ним. Он удивительно интересный и удивительно хороший человек. В нем какая-то удивительная уравновешенность и примиренность, которая особенно поражает после его рассказов о тех ужасах, которые он переиспытал за 4 года в Шлиссельбурге и за 8 лет на каторге. Положим, он сам не любит это говорить и говорит очень редко об этом. Он глубоко религиозен, до экстаза, но и это в нем как-то очень уравновешенно и не поражает. Вообще это очень интересный и симпатичный человек во всех отношениях, и мне ужасно интересно, какое впечатление произведет он на вас».
В феврале того же 1901 года И. П. Ювачев вместе с М. Волошиным выехал из Ташкента и через Самарканд, Ашхабад, Красноводск, Баку прибыл в Тифлис. Проехав по Военно-Грузинской дороге, они 4 марта приехали в Москву, где Волошину нужно было, в частности, получить свои документы в канцелярии университета.
В 1902 году Ювачев знакомится с Надеждой Ивановной Колюбакиной, которой тогда было 33 года. Судя по всему, знакомство это произошло при посредничестве княжны М. М. Дондуковой-Корсаковой, с которой он, видимо, познакомился еще в Шлиссельбурге. Княжна давно занималась благотворительностью — в частности, она посещала Петропавловскую и Шлиссельбургскую крепости, где помогала узникам деньгами, продуктами, вещами, поддерживала их дух, ходатайствовала за них перед начальством. Она входила в Санкт-Петербургский дамский благотворительно-тюремный комитет, под патронажем которого существовало «Убежище принцессы Ольденбургской» для женщин, освободившихся из тюремного заключения. В этом убежище Надежда Ивановна тогда работала заведующей прачечной (позже она стала заведовать всем заведением). Через год, 16 апреля 1903 года, состоялось ее венчание с Иваном Павловичем.
Уже в январе 1904 года рождается их первый сын, которого назвали Павлом. Прожил он только один месяц. В его смерти Надежда Ивановна винила себя. «Мне трудно быть покойной, — писала она мужу, — зная, что я сама сгубила нашего крошку, не могу примириться с этой мыслию».
С 1903 года Иван Павлович устраивается на службу в Управление государственными сберегательными кассами. Работа была связана с ревизиями, а следовательно — и с многочисленными поездками. Вот почему родившийся в декабре 1905 года второй сын Даниил видел отца весьма нечасто. Даже имя, которое следовало дать сыну, Ювачев диктовал по телефону. Вторая жена Хармса Марина Малич впоследствии вспоминала со слов мужа: «Даня рассказывал мне такую историю. Отец его был приглашен на финку[1] к Толстым. Мать Дани ‹…› была на сносях, ждала ребенка. Иван Павлович позвонил ей по телефону из Ясной Поляны и кричал довольно громко, потому что такие были телефоны и только так его было слышно. Он сказал: „Будь осторожнее, роды уже близко. Ты разрешишься 30 декабря. И родится мальчик. Назовем его Даниилом“. Жена что-то возражала. Но он ее оборвал: „Никаких разговоров! Он будет Даниил. Я сказал“».
В своем дневнике он так записал причины выбора имени: «Пришел батюшка и стали решать вопрос, как назвать сына. Сообща решили назвать Даниилом. Во 1) сегодня память Даниила, 2) 12 дней тому назад в 6-м часу видел во сне его, 3) по имени его „Суд Божий“[2] можно назвать и свои личные страдания 14 дней и „революцию России“ 4) самый дорогой пророк для меня, из которого я строю свою философию…» Позже в семье Ювачевых родились еще две дочери, одна из которых, Елизавета, прожила долгую жизнь (1909–1992), а другая — Наталья — умерла в детстве (1912–1916 или 1917).
Пятого (18) января Даниил был крещен в церкви собора Пресвятой Богородицы при «Убежище принцессы Ольденбургской». Крестными были его дядя Петр Павлович Ювачев и тетя Наталья Ивановна (сестра Надежды Ивановны).
Мать и отец Даниила постоянно переписывались, когда отец был в поездках, и по этим письмам мы можем получить некоторое представление о том, как Даниил рос и воспитывался. 13 декабря Надежда Ивановна пишет мужу: «Сегодня получили 3 твоих письма, от 10 и 11, и открытку. Данюк в восторге, все время носит это письмо и всем читает, но никто ничего не понимает». 16 июня 1910 года: «Даня всем рассказывает, что у него папа студент и учит гимнастике, откуда он это взял, неизвестно, вообще врет много».
Достаточно рано Даниил познакомился с православной символикой. 4 февраля 1907 года его мать сообщала: «Научился он креститься и все крестится и кланяется», а 22 октября 1910 года: «Сегодня был молебен. Данила все время стоял, молился и, когда клал земной поклон, то руки на полу складывал так, как делаешь это ты, и следил, чтобы и все так делали».
Отец давал советы по воспитанию сына в письмах. Сам он был аскетом, питался очень скромно, не любил никаких излишеств и обычно довольствовался самым малым — это была привычка еще со времен заключения. Сына он тоже советовал воспитывать в строгости, однако мать не очень старалась выполнять эти указания. Она очень любила Даню и порой баловала его.
Рос он способным ребенком. Достаточно рано научился читать (ему не было еще и пяти лет). 18 октября 1910 года Надежда Ивановна писала мужу, что сын «ужасно занят книгами, теперь это его более всего занимает, но я не позволяю ему много читать, а то по ночам во сне все болтает, если ему много читать. Наизусть катает целые рассказы». 1 ноября 1910 года она продолжает эту тему: «Данилка страшно увлекается опять книгами и даже просит меня ничего ему на именины не дарить, кроме книг». Видимо, поэтому в 1912 году она отвечает Ивану Павловичу на его пожелания интенсивнее развивать сына: «Развивать Даню нечего, он для своих лет развит слишком много. Занимается прекрасно, с таким вниманием, глаз не поднимет, пока идет урок, на что-либо, не касающееся урока, так чего еще от него ты хочешь?» Особенно интересно ее письмо мужу от 27 июня 1911 года, в котором она сообщает, что сын «все время строит какие-то машины, водопроводы, фантазия у него так разыгрывается, что он без конца рассказывает, какая для чего у него машина состроена». Вероятно, любовь Ювачева-Хармса к созданию не имеющих явного прикладного смысла «сооружений», о которой писали впоследствии многие знавшие его мемуаристы, закладывалась именно в первое десятилетие его жизни.