Строительство полностью самостоятельного, не приписанного даже к патриаршей кафедре Иверского монастыря, завершилось открытием в нем типографии. Нарушив монополию государева Печатного двора, Иверская печатня начала большими тиражами издавать церковно-служебную литературу, ориентируясь на читательский спрос и планируя экономический эффект. Даже потеряв московскую кафедру, Никон имел возможность издавать здесь книги по своему вкусу, продолжая, несмотря на недовольство правительства, именовать себя в них святейшим патриархом.
Иверский монастырь был задуман как символ единения русского, украинского и греческого православия. На это указывали собранные в нем святыни, об этом говорил и состав братии, куда Никон пригласил с православного Востока греческих монахов, из Киева — ученых книжников и музыкантов, соединив их с россиянами. Однако это был лишь первый, пробный шаг патриарха.
Среди сел, купленных в Иверский монастырь, было расположенное недалеко от Москвы Воскресенское. Приезжая сюда наблюдать за хозяйством, патриарх думал, что там неплохо построить монастырь, чтобы жить в кельях, а не в крестьянских домах. За мыслью последовало дело: близ реки Истры поднялись к небу маковки монастырской церкви, выросли кельи. На освящение храма Никон пригласил царя Алексея Михайловича. Тот написал с обратной дороги в Москву, что сам Бог благоволил назначить это место к созданию монастыря, "понеже прекрасно, подобно Иерусалиму". Как святыню, спрятал патриарх царское послание в серебряный ковчег и велел вечно хранить в алтаре, а монастырь, почитая царскую волю, назвал Воскресенским Новым Иерусалимом. И не просто назвал, но послал Арсения Суханова в старый Иерусалим сделать план храма Воскресения, возведенного императрицей Еленой над Голгофой и иными великими святынями.
По этому плану патриарх велел возвести в Воскресенском монастыре храм, подобный иерусалимскому, но больше и величественнее. Как Россия являлась Новым Израилем, землей обетованной, надеждой мира, так Новый Иерусалим, по мысли патриарха, должен был стать духовным центром мирового православия. Православные всех стран и народов собирались под сень Воскресенского монастыря. Строительство грандиозного храма должно было стать делом всенародным, Новый Иерусалим — богатейшей обителью в православном мире. В то же время Никон не забывал, что Воскресенский монастырь, вместе с Крестным и Иверским, является его личным владением. Для укрепления экономической мощи этого острова духовной власти патриарх приписал к нему четырнадцать монастырей и пустыней разных епархий с их землями, угодьями, крестьянами и казной; сюда были отданы земли и крестьяне Коломенской епархии и доходы с пятидесяти приходских церквей. В Москве патриарх пожертвовал монастырю церковь Вознесения на Панех с землей и лавками, которые обеспечивали московское подворье новой обители. Не жалея денег, покупал Никон земли с крестьянами, округляя владения личного удела [25].
В патриаршем уделе господствовала монастырская власть и монастырский суд, подотчетные только Никону. Он проверял счета и руководил хозяйством, набирал иноков, посвящал в дьяконы, иеромонахи и архимандриты, ставил в церкви священников и весь причт, распределял налоги на крестьян, творил суд и расправу, распоряжался доходами. Также на всех землях патриаршей кафедры Никон взял в свои руки суд, отрицая право судить духовных лиц в Монастырском приказе [26]. И в делах епархиального управления его светские чиновники ставились над духовенством, всюду осуществляя волю архипастыря.
Не только в церковных владениях, по всей Руси был он тогда великим государем. Это сказка, будто царь Алексей Михайлович придумал имя Новый Иерусалим — монастырь и храм были задуманы патриархом. Так было и с титулом великого государя (а не господина) святейшего патриарха Московского и всея Руси — царь лишь спустя два года по утверждении Никона на престоле стал называть его так, как давно величали настоятели монастырей, архиереи и Земский собор. Приписывая царю свои замыслы, Никон все более сосредоточивал власть самодержца в своих руках. Без его совета царь не предпринимал ни одного важного шага. На Земском соборе 1653 г. патриарх настаивал на принятии Украины в подданство и объявлении войны Речи Посполитой. По его совету Алексей Михайлович сам возглавил армию, а затем вступил в войну со Швецией. Никон жертвовал на "свою" войну немалые суммы, собирал с монастырей и архиереев хлеб и подводы, организовал производство пищалей и бердышей, снаряжал воинов.
Патриарх советовал государю сосредоточить силы на минском и виленском направлениях, развивать наступление на Варшаву и Краков, направить войска на Стокгольм. Никон сам вел переписку с воеводами, слушавшимися его не меньше, чем царя. "Никон, Божиею милостию великий господин и государь", — писал он к иноземным владыкам и духовным лицам. Когда царь отлучался из Москвы в действующую армию, патриарх de facto заменял его на посту главы государства. Он требовал к докладу бояр и приказных дьяков, вникал в делопроизводство центральных учреждении и посылал в них указы, вершил суд и расправу. Никон был главным хранителем царской семьи, которую дважды спас от гибели во время эпидемий. Он прокладывал дороги в объезд зараженных местностей, устраивал заставы и карантины, организовывал дезинфекцию, делал все, чтобы остановить распространение моровой язвы.
Одержав обещанные Никоном победы, несказанно радуясь спасению семьи от эпидемии, уничтожившей значительную часть населения Москвы, Алексей Михайлович почитал Никона как ангела Божия, хранителя его дома, видел в патриархе как бы второе "я", второго великого государя, надежного соправителя. Никон с полным правом заявлял в предисловии к "Служебнику" 1655 г., что Бог даровал России два великих дара — царя и патриарха, которыми строится Церковь и государство. "Следует всем православным народам восхвалить и прославить Бога, яко избрал в начальство и помощь людям сию премудрую двоицу: великого государя царя Алексея Михайловича и великого государя святейшего Никона патриарха, которые праведно преданные им грады украшают и суд праведный творят, всем сущим под ними так же творить повелевая".
Жил царь в Москве или уезжал, оставляя боярина-наместника, наблюдателем над всеми делами был Никон. Решения Боярской думы не принимались иначе, как с его совета, после доклада приказного судьи или дьяка. После утреннего заседания в Думе, услышав звон колокола, возвещавшего об окончании патриаршей службы, сановники толпились у дверей нового каменного дворца Никона. Иноземные духовные лица проходили мимо думных людей, неторопливо беседовали с Никоном и выходили от него. Наконец служитель приглашал того или иного сановника к докладу. Думец входил, сняв шапку и сгибаясь в земном поклоне. Патриарх не оборачивался прежде, чем кончит читать про себя "Достойно есть", возведя очи к иконам, садился в кресло и благословлял пришедшего, который вновь кланялся до земли. Стоя перед патриархом, бояре, имевшие право сидеть с покрытой головой в присутствии царя, докладывали ему текущие дела и получали распоряжения. По окончании приема владыка вновь обращался к иконам и читал молитву, затем благословлял и отпускал посетителя. Никон видел, каких усилий стоит боярам, привыкшим свободно держаться с царем, это показное смирение, и намеренно унижал их, стремясь вытравить греховную гордыню. Он не забывал обид и не прощал малейшего неповиновения. Как было не трепетать перед человеком, который мог заявить, что "ему и царская помощь негодна и не надобна, я на нее плюю и сморкаю!". Не только Никона, но и посланников его страшились больше, чем царских. Величие патриарха казалось неоспоримым.
Круто установил Никон свою власть среди архиереев Русской церкви. Воспитание в трепете перед патриаршим саном начиналось на крыльце его дворца, где митрополиты и архиепископы, архимандриты и игумены, невзирая на погоду, по два и три часа дожидались приема. Никон не считал нужным их выслушивать. Он, не стесняясь в выражениях, делал разносы и давал указания, обязательные для исполнения. И приезжие архиереи не могли считать себя в безопасности от гнева Никона. Он запретил Сербскому архиепископу Гавриилу по традиции именоваться патриархом и кричал на него, архиерей был даже избит патриаршими крестьянами. Русские архиереи поставлялись в сан не иначе, как обещав ни единого дела не решать без патриаршего ведома, под угрозой "лишения без всякого слова всего священного сана". "Отец отцов", "крайний святитель" вводил систему жесткого подчинения, не доверяя способностям и честности своих ставленников, которых среди высших иерархов было большинство. Российские архиереи, считал он, были виновны в тяжком положении Церкви, до вмешательства Никона прислуживавшей властям. Сколько ни бейся с ними — один стар и глуп, другой вообще не ведает, почему он человек. Лишь боясь патриарха, архиереи будут блюсти священное достоинство, не кланяясь и не ища чести у царя и князей.