Два года спустя Ф. Н. Романов снова был вовлечен в местнический спор Ноготкова-Оболенского. Правда, не прямо, а косвенно. Князь бил челом не на него, а на своего сородича князя А. Репнина, тоже из Оболенских, и его сослуживца князя И. В. Сицкого. Оба они — третьи воеводы «на берегу», но первый — в передовом полку, второй — в правой руке. Родич Ноготкова князь Репнин оказался ниже по чести князя Сицкого, но не бил на него челом и тем самым допустил местническую «потерьку» для всех Оболенских. Сделал-де это по дружбе с этим самым Сицким и угождая Ф. Н. Романову. Все они трое — великие друзья, как братья. И то "воровское нечелобитье» Репнина Романов умыслил, чтобы сделать «поруху и укор в отечестве» всему роду Оболенских. По просьбе Ноготкова царь велел его челобитье записать в "разрядную книгу», отметив, что Репнин не бил челом на Сицкого по дружбе и виноват в том он один, а роду Оболенских в том порухи в отечестве никому нет.

Все эти местнические свары, уколы, можно полагать, не принесли особых переживаний боярину Федору. За ними последовали события куда более неприятные. Кончина царя Федора, тихого и благонравного, восшествие на престол Годунова привели вскоре к изменению в расстановке политических сил, симпатий и антипатий. Началась, как всегда в таких случаях, борьба разных группировок за власть и влияние. Победа Бориса, при поддержке «великой государыни» Ирины Федоровны, его сестры, вдовы усопшего монарха, и патриарха Иова, его же ставленника, неизбежно столкнула нового царя с придворной знатью, более «породной» и не менее честолюбивой, чем он. Не последнее место в этой среде занимал и Ф. Н. Романов, двоюродный брат царя Федора. Поначалу царь Борис отмечал Федора Никитича среди других вельмож. Поговаривали при этом, что он дал ему страшную клятву в том, что боярин будет при нем братом и помощником в управлении государством. Но добавляли, что делал это Годунов с той целью, чтобы Романовы сами не помышляли о царском троне. К тому же ходили слухи о том, что царь Федор, умирая, выразил желание, чтобы именно они унаследовали престол; называл как будто при этом имя боярина Федора Никитича.

Соответствовало ли все это истине — никто не ведает. Во всяком случае, Годунов видел в боярине Федоре Никитиче и его родне опасных соперников. И недвусмысленно это показал. Известно, что при всех своих способностях и уме царь отличался мнительностью, подозрительностью, склонностью к доносчикам, ведунам, чародеям. Получил он донос и на Романовых: второй Бартенев, холоп и казначей брата боярина Федора — Александра Никитича Романова, пробрался однажды тайком к ближайшему родственнику царя дворецкому Семену Годунову, и оба они, по указанию самого правителя, разложили по мешкам какие-то коренья, и слуга-предатель подбросил их в кладовую своего господина. Потом донес об «отравном зелье», и царь тут же послал для обыска одного из Салтыковых. Тот «нашел" мешки, доставил их к патриарху на двор. При многих собравшихся людях коренья высыпали на всеобщее обозрение. Привели и Федора Никитича с братьями. Поднялся в толпе сильный шум; аки звери лютые, „пыхали“ бояре на Романовых, и они не могли, из-за многоголосия, криков, ничего сказать в свое оправдание. Их самих, родственников, друзей (Черкасских, Перниных, Сицких, Шестуновых и других) взяли под стражу. Романовых и одного из Черкасских — князя Ивана Борисовича, их племянника, даже пытали, и не единожды. То же — и с их „людьми“, которых принуждали наговаривать на своих владельцев; но они, к их чести, оказались стойкими. В июне 1601 года бояре вынесли приговор; Федора Никитича постригли, и инок Филарет, как теперь его стали именовать, последовал в ссылку — далекий северный Антониево-Сийский монастырь; его жену Аксинью (Ксению) Ивановну — в один из заонежских погостов; она стала инокиней Марфой. Сослали в разные места ее мать, тещу Филарета, четырех братьев последнего: Александра, Михаила, Ивана и Василия. Дети Федора Никитича, пятилетний Михаил и маленькая его сестрица, с тетушкой Настасьей Никитичной Черкасской и женой Александра Никитича Романова оказались на Белоозере. Та же судьба постигла других родственников и приятелей.

Из пяти братьев Романовых выжили только двое: Филарет и Иван; остальные умерли в ссылке. Один из братьев, Василий, оказавшийся в Яренске, говорил приставу Некрасову, сильно его притеснявшему:

— Погибли мы напрасно, без вины к государю, в наносе от своей же братии (от бояр. — В.Б). Они на нас наносили, сами не зная, что делают. И сами они помрут скоро, прежде нас.

Пророчество Василия Никитича Романова сбылось не полностью. Брат его Федор пережил некоторых недоброжелателей из бояр. Но Василий долго не прожил, Уже в Пелыме, куда ему разрешили переехать — к брату Ивану, он снова, уже перед кончиной, спорил с приставом. Тот упрекал его и всех Романовых:

— Кому Божиим милосердием, постом, молитвою и милостынею Бог дал царство; а вы, злодеи, изменники, хотели царство достать ведовством и кореньем.

Василий Романов не без ехидства ответил:

— Не то милостыня, что мечут по улицам; добра та милостыня: дать десною рукою, а шуйца не ведала бы.

Используя мудрый завет Христов (при подаче милостыни пусть-де левая рука не ведает, что делает правая), князь Василий намекал на обстоятельства избрания Годунова царем: по некоторым преданиям, московский люд приставы «неволею» гнали по улицам к Новодевичьему монастырю, где находились Ирина и Борис Годуновы. Здесь их принуждали, «чтоб с великим кричанием вопили и слезы точили. Смеху достойно! Как слезам быть, когда сердце дерзновения не имеет? Вместо слез глаза слюнями мочили". Тех, которые не хотели молить царицу Ирину (дать согласие на провозглашение царем ее брата), „били без милости“.

Ивана Романова вскоре отправили на службу в Нижний Новгород; детей Филарета — в Юрьев-Польский уезд, где у него имелась родовая вотчина. Сам опальный инок вел себя в ссылке непокорно, даже вызывающе. Своему приставу Богдану Воейкову, с которым постоянно враждовал, не раз говорил «встречно»:

— Государь меня пожаловал, велел мне вольность дать; и мне бы стоять на крылосе.

— Не годится со мною в келье жить малому (молодому человеку, не посвященному в иноческий чин, «бельцу».-В. Б.); чтобы государь меня, богомольца своего, пожаловал, велел у меня в келье старцу жить. А бельцу с чернецом в одной келье жить непригоже.

Но слова о «малом» — попытка Филарета не избавиться от него, а, наоборот, оставить у себя: говорил же он так потому, что, очевидно, пристав и, может быть, монастырские власти в ответ на его просьбы делали все наоборот. По словам пристава, «он малого очень любит, хочет душу за него выронить». Сам же «малый» на все выпытывания Воейкова (о чем-де с ним говорит старец Филарет, упоминает ли своих друзей?) отвечал:.

— Отнюдь со мной старец ничего не говорит.

Рассерженный пристав доносил в Москву царю: «Малый с твоим государевым изменником душа в душу», и посему, мол, не стоит его держать в келье Филарета. Старец без обиняков говорил церберу о боярах-ненавистниках:

— Бояре мне великие недруги. Они искали голов наших, а иные научали на нас говорить людей наших; я сам видал это не однажды.

— Не станет их ни с какое дело, нет у них разумного. Один из них разумен Богдан Вельский, к посольским и ко всяким делам очень досуж.

Филарет, выбитый из привычной жизненной колеи, лишенный многого, к чему привык, особенно тосковал по детям и жене:

— Малые мои детки! Маленьки, бедные, остались, кому их кормить и поить? Так ли им будет теперь, как им при мне было? А жена моя бедная! Жива ли уже? Чай, она туда завезена, куда и слух никакой не зайдет! Мне уж что надобно? Беда на меня жена да дети: как их вспомнишь, так точно рогатиной в сердце толкает. Много они мне мешают: дай, Господи, слышать, чтоб их ранее Бог прибрал; я бы тому обрадовался. И жена, чай, тому рада, чтоб им Бог дал смерть. А мне бы уже не мешали — я бы стал помышлять одною своею душою.

Человек, как видно, сердобольный, чадолюбивый, ценивший жену, он, несмотря на свой стойкий характер, испытывал иногда, судя по приведенным словам, чувство горечи, даже обреченности.