После своего ареста в 1953 году Берия признал, что действительно «в отношении Мерецкова, Ванникова и других применялись беспощадные избиения»: «Это была настоящая мясорубка, и таким путем вымогались клеветнические показания. Нарком госбезопасности СССР Меркулов играл главную роль, и у меня нет сомнений, что он лично применял пытки… Mjie вспоминается, что, говоря со мной о деле Мерецкова, Ванникова и других, Меркулов преподносил это с позиций достижений, что он раскрыл подпольное правительство, организованное чуть ли не Гитлером».

Следствие торопилось завершить дело с «изменниками», и поэтому на арестованных оказывалось такое жесткое физическое воздействие. Зверски избитые жертвы «признали» в конце концов (кроме Локтионова) то, чего от них добивались. Оставалось уточнить некоторые детали и оформить материалы в суд.

18 августа заместитель наркома внутренних дел СССР комиссар госбезопасности 3-го ранга Б.3. Кобулов утвердил постановление о продлении срока следствия по делу Мерецкова до 23 сентября 1941 года. В постановлении отмечалось, что по обвинению в принадлежности к антисоветской военно-заговорщической организации и сотрудничестве с германской разведкой Мерецков «виновным себя признал» и «изобличается» показаниями ряда заговорщиков, в связи с чем необходимо продолжить с ним следственные действия для выявления его «антисоветско-шпионских» связей. Кирилла Афанасьевича ожидало продолжение достаточно пристрастных (судя по уже сделанному им «признанию») «следственных» действий и неминуемый расстрельный приговор.

До того как Мерецков попал на Лубянку, были арестованы: 7 июня — нарком вооружения Б.Л. Ванников, командующий ПВО РККА генерал-полковник Г.М. Штерн; 8 июня — помощник начальника Генштаба по авиации генерал-лейтенант Я.В. Смушкевич; 19 июня — командующий Прибалтийским Особым военным округом генерал-полковник А.Д. Локтионов. Подверглись арестам и другие военные руководители различных рангов. Большинство — известные в стране военачальники.

Например, Борис Львович Ванников, талантливый военный инженер, возглавлявший с 1939 года Народный комиссариат оборонной промышленности страны, затем вооружения СССР. С назначением Ванникова на эту должность в короткое время был создан и принят на вооружение целый ряд новых первоклассных образцов оружия и боевой техники. В будущем генерал-полковник инженерно-технической службы Ванников станет трижды Героем Социалистического Труда, лауреатом Сталинских премий.

Выделялся среди высших командиров Красной армии и Григорий Михайлович Штерн. Главный военный советник при республиканском правительстве во время национально-революционной войны в Испании… В 1938 году — начальник штаба Дальневосточного фронта, руководил боевыми действиями против японцев во время вооруженного конфликта в районе озера Хасан… После хасанских событий сменил опального маршала В.К. Блюхера на посту командующего 1-й Особой Дальневосточной армией… В 1939-м возглавлял фронтовую группу в районе реки Халхин-Гол. В 30-е годы «Правда» писала о нем: «Выдающийся военачальник, талантливый ученик тов. Ворошилова. Один из замечательных военных деятелей нашей партии — он являет собой образец мужественного большевика, боевого руководителя войск…» В апреле 1941 года Штерн был назначен начальником Управления ПВО РККА.

Яков Владимирович Смушкевич — первый в СССР дважды Герой Советского Союза. Первую звезду он получил в 1937 году за Испанию, вторую — в 1939-м за Халкин-Гол. Он командовал авиацией, действовавшей против японских войск. Это были небывалые по масштабам того времени и ожесточенности воздушные сражения. Летчики в боях с японскими асами неизменно одерживали блестящие победы. В 1939 году Смушкевич становится начальником ВВС Красной армии, в 1940-м — помощником начальника Генерального штаба РККА по авиации.

Локтионов Александр Дмитриевич с 1930-х годов на высоких командных должностях. В 1937-м был назначен командующим войсками Среднеазиатского военного округа и в том же году стал начальником ВВС РККА — заместителем наркома обороны СССР по авиации. С 1940 года возглавлял Прибалтийский Особый военный округ, проводил в предвоенные годы большую работу по повышению боевой готовности войск…

Кирилл Афанасьевич хорошо знал этих людей, они вместе воевали в Испании, потом он постоянно находился с ними в контакте по службе. Он близко к сердцу воспринял случившееся с ними, переживал за них, с тревогой вслушивался в сообщения о новых арестах.

В последние недели Мерецков жил в ожидании надвигающейся опасности. По ночам все чаще в памяти всплывали неприятные картины прошлого. Вот одна из них. В начале апреля 1941 года проходило заседание Главного военного совета РККА. В числе других вопросов обсуждалось положение в авиации, в частности речь шла о большой аварийности. Слово было предоставлено П.В. Рычагову. Кириллу Афанасьевичу запало в память тогда, как вышел к трибуне Павел Рычагов — бравый тридцатилетний генерал-лейтенант авиации, скуластый, с шевелюрой черных волос, в ладной гимнастерке. Заговорил четко, но было заметно, что волнуется. Разошелся. Обращаясь к членам Главного военного совета, выпалил:

— Аварийность и будет большая, потому что вы заставляе те нас летать на гробах!

Это заявление для всех было совершенно неожиданным. Рычагов сделал паузу. Наступила абсолютная тишина. Все ждали, как поведет себя Сталин.

Он некоторое время молчал, а затем сказал Рычагову медленно, тихо, с характерной интонацией:

— Вы не должны были так говорить. — И сразу же, не повышая голоса: — Заседание закрывается…

Выходя из зала, кто-то из генералов проронил, ни к кому не обращаясь: «Вынес себе приговор». Мерецков подумал: «Сталин не простит Павлу этих слов».

12 апреля 1941 года Рычагов был снят с занимаемой должности.

…Находившемуся уже в камере внутренней тюрьмы на Лубянке Мерецкову не было известно, что в ночь на 24 июня вслед за ним в тюремный застенок попал и Павел Рычагов.

В июне 1937 года в Советском Союзе прокатился первый вал репрессий в армии, под который попали Маршал Советского Союза М.Н. Тухачевский, командармы 1-го ранга И.П. Уборевич и И.Э. Якир, армейский комиссар 1-го ранга Я.Б. Гамарник, командармы 2-го ранга А.И. Корк, Р.П. Эй-деман, Б.М. Фельдман, В.М. Примаков, комкор В.К. Путна. За первым большим валом до самого конца 1939 года шли последующие волны репрессий, которые унесли жизни многих выдающихся, заслуженных военачальников. Среди них командующий Особой Краснознаменной Дальневосточной армией В.К. Блюхер, 1-й заместитель наркома обороны СССР А.И. Егоров, заместитель наркома обороны Союза ССР И.Ф. Федько, заместитель наркома обороны СССР и начальник Военно-Морских Сил В.М. Орлов, заместитель начальника Генерального штаба РККА В.Н. Левичев, начальник Управления боевой подготовки РККА Н.Д. Каширин, начальник ВВС РККА Я.И. Алкснис, начальник Главного управления погранвойск Н.К. Кручинкин, начальник Разведывательного управления РККА Я.К. Берзин, начальник Управления ПВО страны А.И. Седякин, начальник Академии Генштаба РККА Д.А. Кучинский, начальник штаба ВВС РККА В.К. Лавров, командующий авиацией Особого назначения В.В. Хрипин; командующие войсками военных округов: Белорусским — И.П. Белов, Ленинградским — П.Е. Дыбенко, Уральским — Я.П. Гайлит, Северо-Кавказским — С.Е. Грибов, Среднеазиатским — И.К. Грязнов, Закавказским — Н.В. Куйбышев, Забайкальским — М.Д. Великанов; командир 4-го казачьего корпуса И.Д. Косогов, член Военного совета авиации Особого назначения И.М. Гринберг, член Военного совета Тихоокеанского флота Г.С. Окунев. Всех перечислить невозможно…

И вот наступил июнь 1941 года. Снова репрессии против военных. Теперь очередными «заговорщиками» объявлялись уцелевшие после массового уничтожения высших командных кадров Красной армии видные военачальники. Новыми «врагами народа» оказались: Ванников, Мерецков, Смушкевич, Штерн, Локтионов, Рычагов, Савченко, Склизков, Арженухин, Сакриер, Проскуров и другие.