Во время устроенного при смещении Дмитрия побоища толпа убила почти три тысячи поляков, съехавшихся на свадебные торжества в Москву. «А которых Господь Бог сохранил, тех совсем обобрали. Из тех, что в живых остались, много было раненых, поколотых. Притеснения и жестокости свирепые и неслыханные! — рассказывает один из поляков, переживших жуткую ночь. — Над бездыханными трупами измывались. Кололи, пороли, четвертовали, жир из них вытапливали, в болото, в гноище, в воду метали и совершали всяческие убийства… Около полудня этот дебош унялся. Несколько раз снова возникали стычки и нашим чинились жестокие притеснения и мучения. Более всего нашим вреда творили чернецы и попы в мужичьей одежде, ибо и сами убивали, и чернь приводили, приказывая нас бить, говоря, что „литва“ приехала нашу веру рушить и истреблять… В тот же день по улицам лежали нагие тела убитых с ужасными ранами, вплоть до утра, когда их похоронили всех в могилах под Москвой, других в болотах и гноищах погребли, а некоторых в воду пометали».

Это была вторая Варфоломеевская ночь, похожая на парижское побоище даже в деталях. Накануне восстания дома, в которых жили поляки, пометили мелом. Многие из убитых были людьми знатными. Большое польское посольство, находившееся в то время в Москве, пощадили, но дипломатов и их свиту ограбили и посадили под арест. О сближении нового русского властителя с Польшей отныне не могло идти и речи.

Ивангородский воевода Салтыков, еще недавно так ревностно отстаивавший честь царя Дмитрия, передал в Нарву радостное известие, что на российский трон взошел настоящий царь Василий, а мошенник папист убит.

Однако спокойного царствования у царя Василия не получилось. Не успел развеяться дым от выстрела пушки с прахом Дмитрия, как в России заговорили о его чудесном спасении. «Тот, кого бояре выдавали за убитого Дмитрия, был другим человеком!» — шептали в Москве, передавая из уст в уста рассказ поляка Хвалибога, лакея Дмитрия, уверявшего, что он не узнал своего господина в человеке, труп которого был выставлен на Лобном месте. Бояре представили народу тело низенького толстого человека с начисто выбритой головой и волосатой грудью, царь же был худощав, выше ростом, носил локоны до ушей по моде европейских студентов, и на груди у него не было волос.

Шутовская маска, которой прикрыли обезображенное побоями лицо Дмитрия, теперь оказалась главным аргументом в пользу чудесного спасения царя. «Зачем закрыли лицо царя, если подмены не было! Недаром бояре сожгли тело человека, которого они выдавали за Дмитрия, — они боялись, что их уличат в обмане», — слух полз по базарам и кабакам русской столицы, и шпионы нового царя ничего не могли с этим поделать. Схватит стража одного смутьяна, а на его месте тут же появляются двое других! Казни и пытки лишь убеждали чернь в боярском заговоре. Царь Василий Шуйский, носивший обидное прозвище Шубник из-за развернутого в его вотчинах выгодного шубного производства, не знал, что предпринять для успокоения страны. Он запутался в интригах, пробивая себе путь к престолу. «Царь Василий изолгался!» — говорили в Москве, вспоминая, как Шуйский, возглавлявший в свое время комиссию по расследованию обстоятельств гибели царевича Дмитрия в Угличе, уверял, что мальчик погиб, напоровшись на собственный нож. Затем, когда из Польши пошел на Москву победоносный претендент на престол, объявивший себя Дмитрием, Шуйский объявил, что истинный царевич спасся и лично выехал встречать польского ставленника в Тулу, готовя его торжественное вступление в Москву.

Народ мог бы простить Шуйскому прежний обман, если бы его выбрал в цари Собор, представлявший всю страну. Но кучка бояр, решившая сделать Шуйского царем, боялась проиграть и потому торопилась с утверждением его на троне. Даже среди московских бояр единства по поводу кандидатуры Шуйского не было. За депутатами в другие российские города посылать не стали. Еще не стерлась с деревянных московских мостовых кровь убитых поляков, как Шуйского провозгласила царем толпа его московских сторонников. «Другого царя князя Василия Ивановича Шуйского избрали. На этом избрании было очень мало бояр и народа; без позволения всех избрав, царя сразу представили миру», — сообщает дневниковая запись одного из поляков, находившегося в те дни в Москве. Тот же автор так рассказывает о действе, с помощью которого новый царь решил окончательно развеять слухи о спасении Дмитрия. В Углич послали комиссию, которая разыскала могилу погибшего два десятка лет назад царевича, и мощи торжественно привезли в Москву, объявив Дмитрия святым. Главным доказательством «мученичества» царевича, приблизившего его к Богу, считалась нетленность тела — и потому останки Дмитрия подменили: «…здесь бьш свежий труп. С великим обрядом проводили тело в церковь, в которой хоронят московских царей. Там надолго встали. Торжество, церемония, крестный ход со звонами возвещали о больших чудесах, творившихся около того тела. Наняли мужика, который притворился слепым, как мы узнали об этом, и когда его подвели к гробу, прозрел. Но другим — хромым, немощным — никому не помогало. Эти уловки и плутовство, которыми чернь ослепляли, продолжались до следующего дня».

Тех, кто сомневался в истинности организованных чудес, ждало суровое наказание. Патриарх объявил об отлучении от церкви особенно злостных скептиков, а колеблющимся было предложено для чтения наскоро составленное житие нового святого, в котором говорилось, что неповинным страданием убиенный царевич стяжал себе нетление и дар чудес.

Москва окончательно хоронила Дмитрия, а на южных окраинах России происходило его новое рождение. Многие города не признали власть Шуйского, отказавшись верить в смерть первого Лжедмитрия. Спасшегося царя еще никто не видел, но его именем уже начался захват территорий, верных Шуйскому. Волна восстания пошла из Северской области, пограничной с Польшей. Во главе многотысячного разношерстного войска, состоявшего из запорожских и донских казаков, беглых крестьян и мелких помещиков, встал Иван Болотников, бывший боярский холоп, испытавший и седло казачьего коня, и скамью турецкой галеры. Он объявил себя воеводой царя Дмитрия и двинул свою армию на Москву. «Убивайте бояр и дворян, берите себе их жен и дочерей!» — эти воззвания Болотникова к крестьянам и городской бедноте срабатывали лучше всяких петард, открывая перед ним ворота крепостей. Взяв город, воеводы Болотникова устраивали «народный суд» над приверженцами Шуйского. Их затаскивали на колокольни и спрашивали собравшихся внизу горожан: «Судить или миловать?» Чаще всего разъяренные массы орали «Судить», и тогда несчастного тут же сбрасывали вниз, к ногам толпы.

С лета 1606 года Карл IX забрасывал Василия Шуйского предложениями о помощи против восставших, но Москва поначалу вообще отрицала факт беспорядков в государстве. Шуйский сообщал шведскому королю, что его армия вышла в поход против татар. Когда царским войскам удалось одержать несколько побед над Болотниковым, к Василию Шуйскому вернулось свойственное московским царям высокомерие. Он приказал воеводе в Кореле (Кексгольме) князю Мосальскому писать в Выборг, для передачи Карлу IX: «Великому государю нашему помощи никакой ни от кого не надобно, против всех своих недругов стоять может без вас и просить помощи ни у кого не станет, кроме Бога».

Однако пренебрежительный тон царского ответа не мог обмануть Карла IX. Наместники в Нарве и Выборге сообщали о бурлении в приграничных русских районах, о том, что важные крепости, в том числе Корела и Орешек (Нотебург), не признают Шуйского царем, сохраняя верность Дмитрию. Повсюду рыскали шайки конных казаков, грабивших всех без разбора и присягавших то Шуйскому, то Дмитрию из соображений собственной выгоды. Конечно, дела царя обстояли совсем не так хорошо, как он пытался это представить. От письма к письму тон посланий Карла IX Шуйскому становился все более угрожающим. Он предлагал срочно организовать встречу комиссаров в пограничной деревне Систербэк для обсуждения ратификации Тявзинского мира, в противном случае Карл будет искать примирения с поляками и начнет захватывать русские территории. «Не выбирайте слов, добиваясь своего», — инструктировал король своих представителей, считая, что своим обычным вежливым стилем общения дипломаты лишь испортят важное дело. Комиссары получили инструкцию требовать у русских на переговорах все важные приграничные крепости: Нотебург, Кексгольм, Ям, Копорье, Ивангород и Колахус. Впрочем, если бы русские сочли эти притязания чрезмерными, можно было уступить, согласившись лишь на ратификацию мирного договора. С начала августа 1606 года шведские комиссары кормили комаров в лесной глуши на берегу быстрой и узкой реки Сестры, ожидая прибытия русских посланцев. Прошел месяц, начался второй, наступили осенние холода, полились дожди — вести переговоры было не с кем. Царь явно уходил от ответа, сообщая, что прибытие его представителей задерживается из-за моровой язвы в России. По той же причине он не мог отпустить домой находившееся в Москве шведское посольство. Карл IX был уверен, что эпидемия в России утихнет, как только царь убедится в серьезности его угроз. В Выборг стали стягиваться войска, которым было приказано неожиданным броском захватить Кексгольм или Нотебург в качестве залога для переговоров с Россией. Если представится случай, следовало взять и куда более серьезный куш — мощную Ивангородскую крепость. Здесь Карл возлагал надежды на вербовку ивангородского воеводы князя Салтыкова, тайного противника Шуйского.