Для врачей Фридрих ввел строгие положения об обучении и пошлинах. Теперь они не имели право самостоятельно изготовлять лекарства, для этого было создано сословие аптекарей, которые подлежали такому же строгому надзору, как купцы или ремесленники. Жесткие постановления о наказаниях карали прелюбодеев, похитителей, сводников, игроков, богохульников и людей, изготовляющих магические зелья. Самым радикальным образом Фридрих обошелся с еретиками. Он решил, что вместе с величием Господа они оскорбляют величие императора, стоящего ближе всего к Создателю, практически идентичного со Всевышним. Под еретиками понимались не иноверцы (сарацины и евреи пользовались его особым покровительством), а враги государства, угрожающие официальной религии. Именно так следует понимать чудовищную иронию, сквозившую из эдикта о еретиках в Liber Augustalis, который позднее был еще более ужесточен и распространен на всю империю. Прежде всего Фридрих обратился против секты патарианцев, которая приобрела большой вес во второй половине 11 века в ломбардских городах, особенно в Милане. Республикански ориентированное народное движение с религиозными лозунгами боролось здесь против аристократии, городского клира и римско-германского императора, который хотел уничтожить независимость городских республик. Против этого активного массового движения и была направлена открытая антипатия Штауфена. Он умышленно говорил: как арианцы нарекли себя в честь Ария, а несторианцы – в честь Нестора, так патарианцы назвались в честь страстей святых мучеников (Passion). «Так повелеваем Мы по Нашему закону проклятых патарианцев смерти предать мученической, каковую сами избрали они себе: пусть выжгут им глаза, ибо они обречены приговору пламени. Пусть Нас никогда не мучает совесть, что Мы поступили согласно их собственным пожеланиям». Тот же, кто прятал или покровительствовал еретикам, лишался своего состояния.

Мысль, что «ломбардская чума» из свободной республиканской народной оппозиции может перебраться и в его сицилийское образцовое государство, заставила этого образованного латиниста прийти к такой этимологической параллели, о которой он сам никогда не задумывался. Еще в самом начале патарианцев ругали словом «pataria» («сброд») и в конце концов они взяли это ругательство в качестве почетного звания, как позднее нидерландские «бродяги». Как «патарианцы» могли, впрочем, преследоваться любые неугодные государству люди, против чего активно протестовал Папа Грегор IX.

К началу реформаторского движения в 11 веке папство стало союзником патарианцев в борьбе с секуляризованным городским клиром, а также за влияние на «церковь имперскую». Поэтому теперь эта война с еретиками – официально они должны были называться именно так – не могла пойти на пользу Ватикану, так как ломбардские города рассматривались как естественные помощники в борьбе против императора.

Еще менее должно было претить Грегору то, что Фридрих со своим законодательным трудом проводил в жизнь весьма действенную экономическую и финансовою политику. До него кроме норманнских предков образцы такого управления могли предъявить разве что английские короли. Сложная система налогов на доходы, на предметы потребления, налогов с оборота и поземельных налогов, таможенных сборов и прочих пошлин выкачивала из населения средства на содержание двора, постройку военных сооружений и роскошных замков, государственное управление, а также на борьбу против Ломбардской лиги и Ватикана. Эта война не на жизнь, а на смерть длилась не одно десятилетие. В начале 30-х годов, когда она только началась, Фридрих II считался самым богатым монархом в Европе со времен Карла Великого. Сицилийская казна создала в 1231 году монопольную торговую организацию. Государственные владения поставляли огромные излишки вина, хлопка, сахарного тростника и зерна, которое испокон веков было залогом богатства норманнских королей. Экспортировались также скобяные изделия и текстиль, прежде всего шелк. Его производство, наряду с добычей соли, было предоставлено евреям и являлось особо доходной государственной монополией.

Предпосылкой для резкого экономического подъема была устойчивая валюта. С 1231 года Фридрих распорядился чеканить золотые монеты, прекраснейшие образцы средневекового мастерства литейщиков. Чтобы напомнить всем об императоре мира Августе, монетам придали не только бросающееся в глаза сходство с образцами времен римского императора, но и название – августалы. На них был изображен Фридрих II в императорской мантии (из норманнского наследства) и в лавровом венке. Надпись на монетах гласила: IMP(ERATOR) ROM(ANORUM) CESAR AUG(USTUS). На оборотной стороне был изображен римский орел с надписью FRIDERICUS.

Внешний же блеск «государства-образца» стоил таких усилий и мук, что возмутилось даже население Сицилии, привыкшее к строгому управлению (в горниле своих реформ Фридрих хотел выковать из него настоящее государственное население). Ведь император лишил власти не только феодалов и церковь, но и самоуправление городов. Уже в 1232 году в нескольких сицилийских городах, среди них в Сиракузах и Мессине, вспыхнули восстания, которые были подавлены уже весной следующего года. С ужасающей силой обрушилась волна императорского террора, который называл себя «тираном Сицилии». Сам он оправдывал это все той же «природной необходимостью». Предводителей мятежников, надеявшихся на гарантированную им безнаказанность, он приказал повесить или сжечь как еретиков. Множество более мелких городов были попросту уничтожены, а их жители подверглись переселению. Политическая тайная полиция, работающая с бесчисленными шпионами, позаботилась о том, чтобы на Сицилии не произошло больше ни одного значительного восстания. Не слишком обрадованный этими событиями, Папа с упреком написал: «В твоем королевстве никто не смеет шевельнуть ни рукой, ни ногой без твоего приказа». Даже в случае самообороны жертва имела право только обороняться, выкрикивая при этом имя императора. Кто не следовал этому предписанию, представал пред верховным судом, решение которого уже не могло быть обжаловано.

Детальное описание всех органов управления затянулось бы надолго. Эта организация формировалась продолжительно и небезболезненно: более чем за 20 лет анархии (со смерти Генриха IV) и двух лет весьма не спокойного царствования Фридриха II невозможно было избежать коррупции, торговли должностями и произвола судей. Новые чиновники, чаще всего юристы государственного университета Неаполя, назначались на должности сроком всего на один год. Для духовных лиц, которые прежде были заняты в управленческом аппарате, не осталось места в этой секуляризованной бюрократии. Каждый претендент на должность судьи или нотариуса, закончивший учебу, представал перед императорским двором и доказывал свою профессиональную пригодность. Только после этого он мог принят на должность городского судьи (в каждом городе их было минимум трое), казначея или получить место в финансовом управлении. Понятия «карьера» не существовало. Усердие и конечно же милость вышестоящих, и, соответственно, императора, определяли служебный рост, который мог продолжаться вплоть до должности верховного судьи. Важнейшей же категорией чиновников были юстиции. В отличии от сегодняшнего употребления этого слова, оно лишь в редких случаях обозначало собственно юристов. Юстиции были наместниками десяти сицилийских провинций. Они подчинялись юстицию верховного суда как главе всеобщего государственного управления, представляющему в этом качестве императора. Юстиции имели право управлять только той провинцией, где у них не было никаких частных связей, и только на протяжении одного год. Их «личная жизнь» должна была прекратиться на срок их службы. Они отвечали перед императором абсолютно за все, а поэтому исполнение их обязанностей требовало значительных физических и психических нагрузок при сравнительно низком жаловании. В этом государстве с коррумпированным аристократическим обществом, чаще всего недоброжелательным и многочисленным клиром, а также многоязычным смешанным населением чиновники должны были прививать жесткую дисциплину и абсолютно новое чувство собственного достоинства. Такое доверие со стороны повелителя заставляло их ценить похвалу и признание больше, чем награду материальную. Несмотря на это Фридрих нашел преданных слуг из рядов бюргерства, над которым не довлел груз землевладения. Подобные процессы происходили и в армии (где на смену дворянам все больше и больше приходили наемники), на флоте и в многочисленных крепостях, некоторые из которых сохранились. Дворянство и клир испытывали неприятное давление авторитарного режима Штауфена. Ускоренная подготовка к войне и чудовищное бремя налогов тяготили все население, прежде всего бюргерство. С увеличением налога на продукты потребления постоянно росли цены. Попытки бегства от финансовых чиновников и политических шпионов жестоко пресекались на северной границе и в портах. Сам император был убежден, что «благосостояние подданных есть основа славы короля». Тем не менее, его действия в сфере управления, строительства – особенно в 40-х годах – и армии не могли не отразиться на росте налоговых ставок. Один только придворный штат, сопровождавший его во всех походах в северную и центральную Италию, и даже в Германию, требовал гигантских расходов.