Ректором в 1708 году стал архиепископ Феофилакт (Лопатинский), крупный церковный писатель и мыслитель, выходец с Украины, товарищ Феофана (Прокоповича) по Киево-Могилянской академии — и убежденный оппонент его в богословских и церковно-административных вопросах. Оба, Феофан и Феофилакт, были «западниками», но если первый больше симпатизировал протестантизму, то второй — католицизму.
Естественно, он со своей стороны способствовал «латинской» ориентации школы. В 1722-м Лопатинский оставил ректорский пост, но его традиции сохранялись.
По собственным свидетельствам Ломоносова, он подал заявление в академию и был туда зачислен не то 15 января, не то «в последних числах» января 1731 года. В «Академической биографии» это описывается так: «У караванного приказчика был знакомый монах в Заиконоспасском монастыре, который часто к нему хаживал. Через два дня после приезда его в Москву пришел с ним повидаться. Представя он ему молодого своего земляка, рассказал об его обстоятельствах, о чрезмерной охоте к учению и просил усиленно постараться, чтобы взяли его в Заиконоспасское училище. Монах взял то на себя и исполнил самым делом…» Таким образом, и здесь не обошлось без помощи земляков. В городе жили пять-шесть человек с Курострова (Тихон Шенин, братья Пятухины). Едва ли они искренне сочувствовали стремлению Михайлы к получению образования: оно должно было казаться им «чрезмерным», если не попросту — нелепой придурью. Но, возможно, они считали, что, помогая юноше, оказывают услугу его отцу. Между тем бедный Василий Дорофеевич не имел о сыне никаких известий. «Дома… долго его искали, и не нашед нигде, почитали пропадшим, до возвращения обоза по последнему зимнему пути…» («Академическая биография») — то есть до апреля.
При поступлении в академию Ломоносову пришлось обойти по крайней мере одно препятствие. В примечании к «Академической биографии» сказано: «А как не принимают в сию семинарию положенных в подушный оклад, то назвался Ломоносов дворянином». Это подтверждается и собственными показаниями Ломоносова, сделанными в 1734 году при «разоблачении». Дело в том, что первоначальное правило, допускавшее в академию людей «всех званий», было позднее изменено. В Указе от 7 июня 1728 года было сказано следующее: «Обретающихся в московской Славяно-Греко-Латинской Академии в школах солдатских детей обуча, отослать в полки в службу и впредь для обучения не принимать таковых, о которых тех полков, в которых отцы их служат, от командиров будет прислано письменное уведомление, что они ныне и впредь в полки не надобны; а помещиков людей и крестьянских детей, также непонятных и злонравных от помянутой школы отрешить и впредь таковых не принимать».
Петровская эпоха с ее воинствующим плебейством закончилась, и представители привилегированных сословий — «шляхетства» (образовавшегося в результате объединения боярства с дворянами и «детьми боярскими») и духовенства — стремились максимально отделиться от презренного податного населения. К тому же Синод (что бы там при Петре ни происходило) по-прежнему видел в академии прежде всего школу по подготовке грамотных священников и, конечно, стремился укомплектовать ее священническими сыновьями. Между тем на самом деле в 1728 году лишь 109 учеников (из 362) происходили из «поповых, дьяконовых и церковнических детей». Меньше трети… В последующие годы этот процент практически не менялся. Дворян было очень мало (в 1730 году всего четыре «спасских школьника» происходили из «шляхетства»), по большей же части в академии по-прежнему учились дети солдат, мастеровых, посадских и даже сироты из богадельни. Не крестьяне, конечно, но тоже — «записанные в подушный оклад». У академического начальства просто не было выхода. Между 1725 и 1730 годами общее число «спасских школьников» и так сократилось с 629 до 236 человек (потом, правда, снова стало расти). Ректор академии Герман Копцевич бил тревогу и просил Синод отменить ограничительные правила 1728 года, так как «число учеников во всей Академии зело умалилося и учения распространение пресекается». Ограничения не отменили — но смотрели на них сквозь пальцы. Тяга к образованию в тогдашней России была критически слаба, и сословная спесь боролась с необходимостью хоть как-то набрать необходимое количество учащихся. Попы и дьяконы не хотели отдавать сыновей в школы: для рукоположения в родном медвежьем углу достаточно было славянской грамоты. Когда одного из ломоносовских учителей, Тарасия Посникова, уже в 1740-е годы назначили директором новосозданной семинарии в Вязьме, поповичей пришлось определять туда насильно, и бедняга Посников столкнулся с настоящим террором: его избивали, его дом поджигали… Тем более не было охоты посылать своих чад в Москву — далеко от дома и налаженного хозяйства.
Но Ломоносов почему-то назвался дворянским сыном. Должно быть, юноша по наивности решил причислить себя к высшему сословию империи, надеясь таким образом поднять свой статус. При желании его слова легко можно было проверить. И уж в этом случае, попадись он на лжи в 1731 году, ему было бы несдобровать! Однако Копцевич, по помянутым выше причинам, предпочел принять слова жадного до учебы молодого помора на веру; до проверки дело дошло лишь три года спустя.
Другим препятствием был возраст. Формально Ломоносов укладывался в возрастные ограничители: в академию принимали юношей от 12 до 20 лет. Нашему герою было девятнадцать. Но большинство товарищей были намного моложе его. В знаменитом письме Шувалову от 10 мая 1753 года Ломоносов вспоминает, как «школьники, малые ребята, кричат и перстами указуют: смотри де, какой болван пришел в двадцать лет латине учиться». А ведь Михайло привык к тому, что у себя на Курострове он слыл едва ли не самым грамотным человеком. Болезненно самолюбивый, он с трудом переносил насмешки «малых ребят» — и помнил о них четверть века спустя…
«Латине» начинали учить в первом классе — «фаре» (еще было подготовительное заведение — «славяно-русская школа», где учили чтению и письму). Затем следовали «инфима», «грамматика», «синтаксима», «пиитика», «риторика», «философия» и «богословие». Каждый класс назывался по главному предмету, который в нем изучался. При хороших способностях можно было закончить академию за двенадцать-тринадцать лет (половину из них занимало обучение в классах «философии» и «богословия»), но были случаи, когда ученики сидели в Спасских школах лет по двадцать — в буквальном смысле слова до седых волос! Понятно, что в старших классах учеников было гораздо меньше, чем в младших; многие отсеивались и определялись на службу, не доучившись до «философии» и «богословия».
Обучение в «фаре» сводилось к чтению и письму по-латыни. В «инфиме» уже давали некоторые грамматические сведения в церковнославянском и латинском языках. В классе грамматики обучение славянской грамматике заканчивалось, латинской — продолжалось. Вместе с грамматикой давались начальные сведения по географии и истории, а «понеже по регулам грамматическим нуждно есть делать экзерциции, сиесть обучатися в переводах, то можно велеть ученикам переводить географию или историю, отсего два или три учения вдруг одного часа и одним делом подаватися» (так рекомендовал «Духовный регламент»). В этом же классе начинали учить арифметике и катехизису. В «синтаксиме» продолжалось преподавание тех же предметов. В это время Ломоносов начал одновременно с занятиями латынью в академии изучать греческий язык в школе при типографии.
Ломоносов прошел курсы двух классов — «фары» и «инфимы» (преподаватель Модест Ипполитович) — за полгода. Уже 15 июля 1731 года он был переведен в «грамматику», а в декабре — в «синтаксиму». Этот класс он также одолел всего за полгода. Другими словами, холмогорец Михайло проявил изрядные способности и очень быстро нагнал своих сверстников. За полтора года — четыре класса. Позднейшие историки академии упоминали это как своего рода «рекорд». Причем успехи Ломоносова нельзя объяснить хорошей базовой подготовкой. То есть, разумеется, о славянской грамматике и об арифметике у него к моменту поступления в академию уже было представление, но латыни и греческого (да и никаких других иностранных языков) он никогда прежде не изучал. Позднее латынь стала языком его научных работ, и под конец жизни он пользовался (по словам историка Августа Шлёцера) славой «первого латиниста не только в России». Греческий он изучил в достаточной степени, чтобы в оригинале читать классических писателей и критически оценивать славянский перевод Библии.