Прямые обращения ВЧК к населению умножали ее силы в сложной работе по защите завоеваний революции.

Ф.Э. Дзержинский, находясь на фронте, проявлял большой интерес к делам ВЧК, к работе И.К. Ксенофонтова. Феликс Эдмундович едва ли не каждый день присылал ему письма, направлял телеграммы, разговаривал по прямому проводу. Он сообщал о положении дел на Украине, о трудностях борьбы с Махно, просил прислать опытных чекистов, давал советы. Ксенофонтов, в свою очередь, регулярно докладывал Дзержинскому о наиболее значительных операциях Чрезвычайной комиссии. В июне он сообщил Феликсу Эдмундовичу, что Секретный отдел ВЧК располагает сведениями о существовании в Москве контрреволюционных групп, готовящих террористические акты против руководителей Советского государства. Одна из групп намеревается сделать подкоп под Кремль. Дзержинский сразу же написал Ксенофонтову, что нужно самым серьезным образом отнестись к этим сообщениям. Он предложил Ивану Ксенофонтовичу связаться с секретарем ЦК РКП (б) Н.Н. Крестинским и через него поставить в известность В.И. Ленина о намерениях врагов. Феликс Эдмундович сообщал далее, что посылает в распоряжение ВЧК для борьбы с террористами опытного разведчика Ф.Я. Мартынова. Дзержинский рекомендовал Ксенофонтову немедленно вызвать военных специалистов, чтобы прослушать, нет ли где шума от подкопов, осмотреть подвалы зданий, расположенных вблизи Кремля.

ЦК РКП (б) придал сообщению ВЧК серьезное значение и предложил ей осуществить экстренные меры по усилению охраны Москвы и очищению ее от подозрительных элементов.

2 июля Ксенофонтов созвал коллегию ВЧК для обсуждения вопроса о предупреждении терроризма. Он рассказал о своей переписке с Дзержинским по этому поводу, о директиве Центрального Комитета партии и обязал членов коллегии срочно представить в письменном виде свои предложения.

6 июля коллегия ВЧК утвердила план мероприятий по усилению охраны Москвы. В отделах ВЧК были назначены уполномоченные, ответственные за проведение этой работы. Коллегия приняла решение выслать из столицы всех лиц, ведущих паразитический образ жизни, проверить личный состав подразделений, осуществлявших охрану важных объектов города. Были намечены технические меры выявления возможных подкопов.

Проведение в жизнь разработанного коллегией плана помогло сорвать опасные замыслы врагов.

В середине июля Ф.Э. Дзержинский на короткое время приехал в Москву для участия в пленуме ЦК партии. Здесь он получил назначение выехать на Западный фронт в качестве члена Польского бюро ЦК РКП (б). До своего отъезда он провел через Оргбюро ЦК решение о новом составе коллегии ВЧК, который позже был утвержден Совнаркомом. Ксенофонтов снова вошел в нее в качестве заместителя председателя ВЧК. Дзержинский согласовал с Центральным Комитетом партии принципы работы коллегии. 23 июля, в день отбытия на Западный фронт, он изложил их в письме Ксенофонтову. Феликс Эдмундович разъяснял, что необходимо сделать ВЧК военным учреждением, улучшить учет и распределение ответственных работников, упрочить контакты ЧК с ревтрибуналами, чтобы они «составляли… в работе одно целое».

Письмо Дзержинского, проникнутое заботой о повышении эффективности деятельности ВЧК, явилось прямой директивой для Ксенофонтова. В соответствии с ней он осуществлял руководство чекистскими органами.

Весной и летом 1920 года ВЧК нанесла ряд новых сокрушительных ударов по врагу. Чекисты раскрыли центры «Польской организации войсковой», осуществлявшей шпионаж и диверсии в Киеве, Одессе, Харькове, Житомире и других городах. В Ростове, Одессе, Киеве, Николаеве, Екатеринославе, Омске, Челябинске, Томске, Иркутске было разгромлено несколько белогвардейских организаций. За призывы к вооруженной борьбе против Советской власти чекисты арестовали группы правых эсеров в Москве, Петрограде, на Украине, на Алтае. В Ростове ими был арестован Донской комитет меньшевиков.

В июле ВЧК разоблачила группу врачей и служащих Центральной приемочной комиссии, бравших взятки за освобождение от военной службы здоровых людей. С начала поверочного сбора преступники признали негодными к службе 8 тысяч человек — одну треть осмотренных, получив за это около 50 миллионов рублей. Среди лиц, дававших взятки, были бывшие купцы, заведующие продовольственными магазинами, работники кооперации. Президиум ВЧК во главе с Ксенофонтовым приговорил 44 участника группы к высшей мере наказания.

Летом 1920 года Ксенофонтову пришлось много внимания уделять работе в Верховном революционном трибунале. С 16 по 20 августа он председательствовал на заседании, рассматривавшем дело участников «Тактического центра». Суду были преданы 28 человек — руководители центра Д.М. Щепкин, С.М. Леонтьев, С.Е. Трубецкой и С.П. Мельгунов, а также члены входивших в центр контрреволюционных организаций, ряд крупных деятелей царского режима. В процессе расследования ревтрибунал полностью доказал вину подсудимых. Они ставили своей целью свержение диктатуры пролетариата, уничтожение завоеваний Октябрьской революции и восстановление путем вооруженного восстания власти буржуазии, а также оказывали всемерную помощь Деникину, Колчаку, Юденичу и Антанте. Четверо руководителей «Тактического центра» были приговорены к расстрелу. Однако, приняв во внимание их чистосердечное раскаяние и желание сотрудничать с Советской властью, ревтрибунал заменил расстрел иными наказаниями. Остальные подсудимые были приговорены к различным срокам лишения свободы. Одного подсудимого суд оправдал.[1]

31 августа — 4 сентября И. К. Ксенофонтов руководил заседанием Верховного ревтрибунала, на котором слушалось «дело кооператоров». Суд приговорил четырех руководителей Центросоюза, виновных в контрреволюционной деятельности, к 15 годам лишения свободы. Несколько подсудимых были освобождены от наказания, некоторые были осуждены условно, двое — оправданы.

Оба процесса, которые вел Ксенофонтов, состоялись в условиях тяжелой войны с Польшей и отражения наступления войск Врангеля. Относительно мягкие меры наказания виновных показали всему миру, что Советская власть не намерена была мстить своим политическим противникам, давала им возможность честным трудом искупить то зло, которое они принесли народу, поднявшемуся на защиту революции.

В середине октября 1920 года Центральный Комитет партии демобилизовал Ф.Э. Дзержинского, поскольку военные действия на польском фронте заканчивались, и снова направил его на работу в ВЧК. И. К. Ксенофонтов целиком сосредоточился на исполнении своих прежних обязанностей заместителя председателя ВЧК.

В конце ноября Феликс Эдмундович предложил Ксенофонтову выехать на Кавказ для ревизии и инспектирования чрезвычайных комиссий.

— Чрезвычайные комиссии на Северном Кавказе еще не окрепли, — сказал он. — Им нужна большая помощь и кадрами и советами. Вам следует на месте выявить их проблемы и, если возможно, разрешить.

3 декабря коллегия ВЧК признала желательным образовать Центральное управление всеми органами ЧК на Кавказе. Ксенофонтов должен был изучить и этот вопрос. Кроме того, ему поручили договориться с особым отделом Кавказского фронта об организации особого отдела по охране границы.

Поездка была длительной. В Ростове-на-Дону Ксенофонтов провел ревизию районной ТЧК и Донской ЧК, затем посетил Новороссийск, Екатеринодар, Пятигорск, Владикавказ. Он внимательно анализировал работу чрезвычайных комиссий, интересовался состоянием дисциплины, взаимоотношениями ЧК с партийными и советскими органами.