25 апреля 1920 года Пилсудский двинул свои легионы против Советской России. Белополяки, наступая на Правобережной Украине, заняли Киев. На Украине активизировались кулацко-националистические банды. Они разрушали тыл Красной Армии, препятствовали переброске частей и соединений с Кавказского на Польский фронт, терроризировали население, убивали коммунистов и советских работников.

В апреле ЦК партии направил Дзержинского на Украину начальником тыла фронта. Вместе с ним выехали на Украину 1400 оперативных работников, командиров и бойцов внутренних войск ВЧК. А еще через несколько дней Политбюро ЦК РКП(б) вынесло постановление об укреплении Западного фронта Этим же постановлением Политбюро обязало заместителя председателя Особого отдела ВЧК Менжинского «Укрепить Особый отдел Западного фронта, переведя туда работников из других мест, в частности с Восточного фронта».

11 мая в стране было объявлено военное положение. В декрете ВЦИК и Совета Труда и Обороны в числе других предлагалось «принять все меры к полному обеспечению целости и сохранности путей сообщения, складов и запасов военного и иного имущества, фабрик, заводов, мастёрских и т. п., обратить особое внимание на безостановочную работу телеграфной и телефонной сети».

Это были не напрасные меры: в мае заполыхали военные склады в Хорошеве под Москвой, потом — склад военного имущества в Туле, рухнул в воду взорванный диверсантами мост через реку Плиссу в Белоруссии.

Менжинский в эти тревожные дни почти не спит. Анализирует ошибки, изыскивает пути их исправления и предотвращения в будущем. Он составляет подробный приказ-наставление об обеспечении сохранности складов, железнодорожных мостов, водокачек, электрических станций и всех других сооружений, «имеющих важное значение в деле военной обороны».

Приказ Менжинского подробен и предусматривает многое: проверку составов караулов, несущих охрану оборонных объектов, удаление из них кулацких и белогвардейских элементов; удаление подозрительных элементов с военных складов и заводов; принятие энергичных мер к усилению караулов; дневные и ночные проверки их службы; «пресечение в корне разгильдяйства и кумовства»; усиление мер противопожарной безопасности на складах и заводах взрывчатых веществ, запрещение топки железных печей и разведения костров ближе установленной уставом караульной службы полосы; упорядочение системы пропусков и допуска лиц на склады и военные заводы. Караулам вменялось в обязанность задерживать лиц, которые подозрительно ведут себя на полосе, прилегающей к объектам, наводят справки о складах и заводах, количестве охраны, числе караулов.

Приказ не только требовал, он одновременно учил чекистов, особенно молодых, не обладающих должным опытом, как конкретно нужно оберегать государственные интересы.

Этот приказ был введен в действие по телеграфу. Принимались, однако, и другие меры. В частности, сотрудников Главного артиллерийского и Главного военно-инженерного управлений, уличенных в преступной халатности, привлекли к судебной ответственности.

29 мая 1920 года ВЦИК и Совет Труда и Обороны «ввиду усиливающейся работы агентов польской шляхты в тылу Красной Армии, в центре страны, ввиду ряда поджогов, взрывов, а также всех видов саботажа» постановили «придать военному положению самый решительный и непреклонный характер».

Этим же постановлением ВЧК и ее органам предоставлялись права военных трибуналов в отношении всех преступлений, направленных против военной безопасности республики. Энергичные, революционные меры, принятые Советским правительством и по его поручению — органами ВЧК в самом начале советско-польской войны, привели к тому, что ни белополяки, ни русские контрреволюционеры во время этой войны не смогли существенно ослабить тыл Красной Армии.

Дзержинский, поглощенный работой на Украине, борьбой против белопольских и врангелевских агентов, националистов, тем не менее продолжает направлять деятельность коллегии ВЧК, пишет членам президиума письма, телеграммы, советует, наставляет, как лучше организовать работу, обеспечить успех в борьбе с подрывной деятельностью вражеской агентуры.

27 июня 1920 года одновременно с письмом в коллегию ВЧК, в котором излагались меры усиления транспортных чекистских органов, Дзержинский направил письмо Менжинскому: «Хочу Вас просить еще об одном — надо поднять ТО [Транспортный отдел] ВЧК на должную высоту. Не жалеть ему людей ответственных и материальных средств. Вопросы победы на фронтах и с продовольственной разрухой — это вопрос победы в транспорте…»

Менжинский и коллегия ВЧК принимают меры к укреплению транспортных органов ВЧК.

Наступление Красной Армии на Украине и в Белоруссии продолжалось. Были освобождены Киев, Минск, Вильно. Победы Красной Армии способствовали революционному подъему в Польше. В конце июля в Белостоке, освобожденном Красной Армией, был создан Польский революционный комитет во главе с Юлианом Мархлевским. В состав Польского ревкома вошел и Дзержинский. Направляясь из Харькова на Западный фронт, Дзержинский на несколько дней задержался в Москве и подготовил предложения в ЦК об изменении порядка работы ВЧК. ЦК партии согласился с предложениями Дзержинского. Сообщая об этом в письме на имя заместителя председателя ВЧК Ксенофонтова, Дзержинский писал, что президиум ВЧК упраздняется, что ЦК утверждена коллегия ВЧК в составе 12 человек. В состав коллегии вошли Ф. Э. Дзержинский, И. К. Ксенофонтов, Я. X. Петерс, В. А. Аванесов, М. С. Кедров, М. Я. Лацис, В. Р. Менжинский и другие. Далее в письме Дзержинский изложил свои предложения по работе коллегии, подчеркнув, что проекты постановлений, которые должны проводиться через законодательные органы, коллегией должны рассматриваться «в присутствии т.т. Аванесова и Менжинского».

Особую заботу Дзержинский проявлял о том, чтобы все направление работы ВЧК соответствовало партийным директивам, чтобы не нарушалась тесная связь коллегии ВЧК с Центральным Комитетом. Еще в мае 1919 года Дзержинский на заседании Оргбюро ЦК внес предложение о том, чтобы представитель Особого отдела ВЧК еженедельно делал доклады в ЦК. Это предложение тогда было принято и аккуратно Дзержинским проводилось в жизнь. Заботясь о том, чтобы это решение выполнялось и впредь, Дзержинский в своем письме предлагал выделить Менжинского в качестве постоянного представителя ВЧК для связи с ЦК.

«Для связи с ЦК по политическим вопросам предлагаю Вам назначить т. Менжинского как постоянного представителя ВЧК, не лишая, конечно, права членов коллегии ВЧК непосредственно обращаться и сноситься с ЦК по частным вопросам, — конечно, с Вашего ведома. Тов. Менжинскому предлагаю тоже поручить делать в ЦК систематические доклады о важнейших делах, имеющих политическое, экономическое и партийное значение, — это делать необходимо».

Об огромном доверии Дзержинскою к Менжинскому свидетельствует и тот факт, что на телеграммах по особо важным вопросам с Западного фронта Дзержинский пишет: «Менжинскому для Ленина…»

20 июля 1920 года перед отъездом Дзержинского в Белосток в ЦК РКП (б) и правительстве было принято решение о назначении Менжинского председателем Особого отдела ВЧК. Это назначение было оформлено приказом Реввоенсовета республики и ВЧК № 1348. А в начале октября 1920 года Менжинский выехал на Украину для руководства борьбой с националистическим подпольем. В задачу его входили и маскировка готовящегося удара по врангелевским войскам и организация разведывательной работы в тылу Врангеля. Еще раньше сюда на Украину по его предложению был направлен на работу один из старейших и талантливейших чекистов, Ян Петерс.

Здесь, в Особом отделе Южного фронта, Менжинского застало известие о подписании перемирия с Польшей. Война с белополяками закончилась победой Советской страны.

В конце октября советские войска перешли в наступление на юге. Врангель был разбит. Красная Армия освободила от белогвардейцев Крым.

Интервенция и гражданская война в России окончились. Основные силы интервентов и белогвардейцев были разгромлены и изгнаны с советской земли.