В результате конспирологическая теория о том, что ФСБ организовала взрывы, чтобы помочь Путину прийти к власти, очень быстро овладела умами. ФСБ оказалась перед проблемой — как опровергнуть спекуляции. Нельзя сказать, что спецслужба сумела решить эту задачу.

Только в 2002 году кое-какие детали, связанные с рязанскими учениями, были переданы в ежемесячную газету «Совершенно секретно», известную своими прочными связями со спецслужбами, однако публикация осталась практически незамеченной. В статье рассказывалось, что 20 сентября 1999 года два спецподразделения ФСБ, «Альфа» и «Вымпел», были направлены в Рязань для предотвращения возможного теракта и проверки готовности городов к противодействию террористической угрозе.[166]

В статье приводились свидетельства сотрудников, участвовавших в учениях, но из соображений секретности их имена не было разрешено публиковать, и это не добавило убедительности публикации.

Вместо того чтобы представить общественности исчерпывающие объяснения инцидента, ФСБ сделала все возможное для того, чтобы заставить замолчать тех, кто задавал вопросы и подвергал сомнению официальную версию.

Сергей Ковалев, депутат Государственной Думы и известный диссидент, предложил бывшему офицеру ФСБ, а в то время адвокату Михаилу Трепашкину принять участие в независимом расследовании взрывов жилых домов. Кроме того, Трепашкина наняли в качестве адвоката сестры Морозовы, мать которых погибла в одном из взорванных домов: Трепашкин представлял их на процессе против двух россиян, обвинявшихся в перевозке взрывчатых материалов. Адвокат заявил о том, что ФСБ участвовала во взрыве домов.[167]22 октября 2003 года Трепашкина арестовали за незаконное хранение оружия; закрытый военный суд приговорил его к четырем годам лишения свободы, причем дело выглядело явно заказным[168] Трепашкин провел в тюрьме три года; в августе 2005-го он был условно-досрочно освобожден, однако прокуратура опротестовала это решение, суд отменил свое постановление, и Трепашкин вновь оказался в тюрьме. На свободу он вышел 30 ноября 2007..[169]

Вскоре после этого бывший офицер ФСБ Александр Литвиненко, бежавший из России, в соавторстве с Юрием Фельштинским опубликовал книгу «ФСБ взрывает Россию», в которой прямо обвинял ФСБ в организации террористической кампании. 28 декабря 2003 года, когда тираж прибыл в Россию, сотрудники ФСБ арестовали все 4376 экземпляров книги.

28 января 2004 года бывший диссидент Александр Подрабинек, занимавшийся доставкой книг в Россию, был вызван в Лефортово и допрошен сотрудниками ФСБ[170]

По мнению авторов, книга не содержала новых свидетельств против ФСБ, также, как и заявления Трепашкина не подкреплялись доказательствами.[171] Но неадекватная реакция ФСБ на предположения Трепашкина и конфискация тиража книги укрепили общество в том, что ФСБ так или иначе замешана в этом деле.

В ельцинские 1990-е журналисты писали статьи и снимали сюжеты на любые темы совершенно свободно. При Путине ФСБ стала использовать против иностранных журналистов старые советские методы: сложности с визами и запрет на въезд в страну.[172]

В мае 2002 года руководитель Управления контрразведывательных операций Департамента контрразведки ФСБ Николай Волобуев заявил, что ФСБ пресекла «незаконную деятельность» 31 иностранного журналиста и 18-ти из них был закрыт въезд на территорию России сроком на пять лет, а действующие визы аннулированы.[173] С тех пор это стало обычной практикой. Согласно данным Центра экстремальной журналистики, между 2000 и 2007 годами отказ в разрешении на въезд в Россию получили более 40 журналистов и правозащитников.

В июле 2006 года российские власти не дали въездной визы британскому журналисту Томасу де Ваалу.[174] В качестве объяснения Федеральная миграционная служба России сослалась на федеральный закон о правилах миграции от 1996 года. Ваал известен тем, что освещал события на Северном Кавказе с 1993 по 1997 год, после чего написал книгу «Чечня: маленькая победоносная война» (Chechnya: A Small Victorious War). В 2003 году он давал показания со стороны защиты в Лондонском суде по делу об экстрадиции лидера чеченских сепаратистов Ахмеда Закаева.

В июне 2008 года в Россию не пустили еще одного британца, Саймона Пирани, хотя у него и была виза. Он писал о деятельности независимых профсоюзов, и власти пояснили, что он представляет угрозу безопасности страны.[175]

Гражданку Молдавии Наталью Морарь, журналистку независимого еженедельника The New Times, шесть лет проживавшую в Москве, в декабре 2007-го не пустили обратно в Россию, когда она возвращалась из командировки в Израиль. Это выглядело как неприкрытая месть, поскольку незадолго до этого Морарь опубликовала статью, где упоминался нынешний глава ФСБ Александр Бортников в связи с коррупционным скандалом.

Морарь вынудили улететь в Кишинев, где сотрудники российского посольства заявили ей, что она представляет угрозу для национальной безопасности России. В феврале 2008 года она прилетела в московский аэропорт Домодедово с мужем, Ильей Барабановым (тоже сотрудником The New Times), гражданином России, брак с которым она зарегистрировала после того, как ей было отказано в праве на иьезд. Однако ее остановили на паспортном контроле Домодедово, заявив, что брак никак не повлиял на ее статус.[176]

5 февраля 2011 года Люк Хардинг, московский корреспондент The Guardian, возвращался в Москву после поездки в Лондон. В московском аэропорту его остановили па паспортном контроле. Его отвели в отдельную комнату, где спустя 45 минут сообщили, что его виза аннулирована. Хардинга посадили на первый же самолет в Лондон, и только в самолете ему вернули паспорт. Никаких объяснений не последовало, офицер погранслужбы ФСБ лишь заявил корреспонденту, что «теперь Россия для вас закрыта». В Великобритании жестко отреагировали на высылку Хардинга, и газетах писали, что это первая высылка аккредитованного московского корреспондента британской газеты с 1989 года, когда подобным же образом из Москвы выслали корреспондента The Sunday Times. Кроме того, скандал случился накануне визита российского министра иностранных дел Лаврова в Лондон, и некоторые британские политики предложили отменить этот визит. В результате МИД сделал несколько невразумительных заявлений и через несколько дней поспешил заново выдать визу Хардингу. Хардинг вернулся в Москву, но лишь на несколько дней, чтобы собрать иещи — ему дали ясно понять, что его московскую аккредитацию, срок действия которой оканчивался в мае, никто продлевать не намерен.

В 2000-е годы изменились правила и для российских журналистов. Постепенно спецслужбы перестали делиться информацией о своей работе. К середине 2000-х Федеральная служба охраны реагировала только на запросы о фото-и видеосъемках внутри Кремля. В ГРУ вообще нет пресс-службы, Служба внешней разведки отказывается комментировать какие бы то ни было события, происходившие после 1961 года, а Центр общественных связей ФСБ предпочитает игнорировать запросы СМИ — даже под угрозой судебного преследования.

В 2009 году Управление программ содействия расширило свои возможности по контролю за журналистами. 15 июля директор ФСБ Александр Бортников увеличил список генералов ФСБ, «уполномоченных возбуждать ходатайство о проведении контрразведывательных мероприятий, ограничивающих конституционные права граждан» (то есть операций, при которых нарушается тайна переписки и переговоров, а также неприкосновенность жилища).[177]