События показали, что перешедшие на сторону Советской власти басмачи все же оставались басмачами. Они использовали передышку для пополнения своих отрядов вооружением и боеприпасами за счет Красной Армии. Некоторые курбаши, став командирами советских частей, не подчинялись распоряжениям командования. Военные власти вынуждены были издать приказ о разоружении полков из бывших басмачей. Тогда большинство вожаков басмачей бежали со своими отрядами в степи и присоединились к Курширмату и Хал-ходже.

Коммунистическая партия и Советское правительство принимали меры к налаживанию отношений с коренным мусульманским населением, от чего зависел и успех в борьбе с басмачами. 29 июня 1920 г. в решении «Об основных задачах РКП (б) в Туркестане» Центральный Комитет РКП (б), чтобы устранить национальное неравенство и искоренить феодально-патриархальные пережитки, предложил отобрать у русских переселенцев все земли, захваченные у киргизов, оставляя первым участки в размере трудового надела; изъятые земли обратить в фонд наделения киргизских обществ, артелей и отдельных лиц; обеспечить землей безземельных дехкан; ликвидировать все кулацкие организации, обезоружить кулаков и самыми решительными мерами лишить их возможности не только руководить, но и влиять на организацию местной власти и на местное строительство; выслать из Туркестана всех бывших чинов полиции, жандармерии, охранки, спекулянтов, бывших управляющих крупными российскими предприятиями, всех примазавшихся к партии, советским органам, Красной Армии и т. д.; в порядке перераспределения партийных сил откомандировать в распоряжение ЦК тех туркестанских коммунистов, которые заражены колонизаторством и национализмом; уравнять в продовольственном отношении коренное городское население с русским и принять меры к улучшению продовольственного положения и развитию местной промышленности.

Выполняя эти решения, туркестанские власти в 1920–1921 гг. провели земельную реформу, в результате которой было ликвидировано 466 кулацких хозяйств, выселено и расселено свыше 8 тысяч переселенческих хозяйств, поступило в земельный фонд более 232 тысяч десятин земли, наделено землей около 13 тысяч хозяйств, в том числе почти 10 тысяч казахско-киргизских, немногим более 3 тысяч узбекских и 54 русских.

В сентябре 1920 г. Чрезвычайная комиссия Туркестанской республики по борьбе с контрреволюцией издала приказ о регистрации в органах ЧК всех бывших крупных чиновников, жандармов и полицейских царской администрации, владельцев крупных фабрик, заводов и торговых предприятий и других колонизаторских элементов. Во многих советских учреждениях чекисты выявили бывших жандармов, полицейских, агентов охранки. К началу 1921 г. из пределов Туркестана было выслано более 2 тысяч представителей враждебных элементов.

Активнейшее участие туркестанские чекисты приняли и в непосредственной борьбе с басмачами. Они вели политическую работу по разложению басмачества, разведку о состоянии и местонахождении басмаческих банд, их составе и вооружении. Чекисты проникали в стан басмачей и добывали сведения, необходимые для советского военного командования, вели контрразведывательную работу по поимке и обезвреживанию басмаческих агентов. Среди таких агентов были осведомители (главным образом муллы и торговцы), сообщавшие о передвижениях советских частей, скупщики оружия и боеприпасов (в их числе нередко попадались бывшие белогвардейские офицеры, служившие в советских военных учреждениях) и другие.

Басмачи приносили огромный вред не только государству, но и непосредственно населению края. Только в 1920 г., по неполным данным, они сожгли 56 хлопкоочистительных заводов, около 153 тысяч пудов хлопка-сырца, 34,5 тысячи кип волокна, 17,5 тысячи пудов семян. В Ферганской области басмачи истребили из каждой сотни 84 лошади, 93 головы крупного рогатого скота и 90 голов мелкого скота.

В обращении к мусульманскому населению Ферганской области командующий вооруженными силами, действовавшими против басмачей, М. В. Фрунзе писал: «Братья! Два с лишним года льется кровь по всей Фергане; два с лишним года измученное население области не знает отдыха и не может спокойно трудиться; два с лишним года шайки басмачей терроризируют мирных жителей, угоняя их скот, забирая жен и сыновей, лишая последнего достояния.

В результате их грабительских «подвигов» все население стонет, поля не обработаны, ибо их нечем было пахать, отцы и матери оплакивают тысячи погибших детей, все хозяйство прежде цветущего и богатого края — на краю полного уничтожения…

С этим пора кончить. Пора каленым железом выжечь язву басмачества, пора железной метлой вымести из края всех грабителей и бандитов. Отныне с басмачеством, как явным бичом народа, будет вестись беспощадная борьба. Это — твердое решение Советской власти…

Братья дехкане, поднимайтесь на борьбу с язвой местной жизни — басмачеством… Собирайтесь в дружную братскую семью под красным знаменем Советской власти».

Немалое влияние на социально-политическую обстановку в Туркестане оказывали события в Бухаре и Хиве. Эти небольшие мусульманские государства, граничащие с русским Туркестаном и управляемые деспотичными правителями, до Октября 1917 г. находились под протекторатом России, содержавшей на их территории военные гарнизоны. После Октября русские войска ушли из Бухары и Хивы. И тогда правители этих государств, подстрекаемые английскими империалистами, повели антирусскую и антисоветскую политику.

В январе 1918 г. после ухода из Хивы русских казачьих войск родовой вождь одного из туркменских племен Магомет Курбан Сардар Джунаид (известный впоследствии под именем Джунаид-хана), занимавшийся грабительскими налетами, ввел своих бандитов в столицу ханства и захватил здесь фактическую власть. Хивинский хан Исфендиар был оставлен на престоле и покорился Джунаиду, ставшему диктатором Хивы. В конце сентября 1918 г. сын Джунаида убил Исфендиара; хивинским ханом теперь был провозглашен младший брат Исфендиара — Сеид Абдулла-хан, ставший послушной пешкой Джунаида. В стране воцарилась жестокая ханская деспотия, усугубленная кровавыми похождениями банды Джунаида. Басмачество здесь было возведено в ранг государственной власти.

Среднеазиатские контрреволюционные силы направили Джунаида, создавшего довольно крупные вооруженные отряды, против победившей в Туркестане Советской власти. Джунаид связался с английской агентурой, с бухарским эмиром, контрреволюционерами Закаспийской области, туркестанскими басмачами, получил от них помощь оружием и в ноябре 1918 г. вторгся на советскую территорию. Он занял ряд населенных пунктов и осадил город Торткуль Амударьинского отдела. Бандиты Джунаида убивали и грабили население, а награбленное имущество вывозили в Хиву. Авантюра Джунаида провалилась; его банды были изгнаны с советской территории. Но он продолжал разбойничать. В 1919 г. Джунаид связался с уральскими белоказаками, поднявшими 14 августа антисоветский мятеж в Амударьинском отделе Туркестана. Предводителя мятежа Фильчева Джунаид признал «законной властью» в Амударьинском отделе и оказывал ему помощь в вооруженной борьбе против Советской власти.

Между тем деспотическое «правление» Джунаида вызвало недовольство хивинцев. Под влиянием революции в России в Хиве возникло младохивинское движение, направленное против ханской власти, а потом и против диктатора Джунаида. Младохивинцы и руководители некоторых хивинских племен обратились к советским властям Туркестана с просьбой помочь страдающему населению Хивы против Джунаид-хана. Эти обстоятельства, а также угроза вторжения банд Джунаида на советскую территорию, привели к тому, что в конце декабря 1919 г. советские войска вступили в Хиву с целью уничтожения банд Джунаида.

В обращении к войскам Амударьинской группы указывалось: «Подкупленный английским золотом, снабженный англичанами оружием, Джунаид-хан, вождь одного из туркменских племен, соединился с белогвардейцами — казаками Чимбайского фронта. Тот же Джунаид, установив с помощью английского оружия свою кровавую диктатуру в Хиве, безжалостно грабит мирное население, насилует женщин, выгоняет и предает огню целые кишлаки. Население Хивы стонет под его кровавой рукой, и, будучи бессильно само справиться с ним, ждет нашей помощи.