Судебный процесс по этому делу начался 20 мая в Омске. Председателем Чрезвычайного революционного трибунала был И. П. Павлуновский, членами — В. М. Косарев, П. Е. Щетинкин, Байков и Е. М. Мамонтов. Обвинителем выступал профессор А. Г. Гойхбарг. Заседания проходили в железнодорожных мастерских города в присутствии свыше 8 тысяч рабочих, красноармейцев и делегатов районов, пострадавших от колчаковщины.

30 мая трибунал, признав, что подсудимые Червен-Водали, Шумиловский, Ларионов и Клафтон сохранили связи, которые могли облегчить им повторение преступлений, приговорил их к расстрелу. Краснов, Грацианов, Степаненко, Морозов, Жуковский и Малиновский приговаривались к пожизненному лишению свободы с применением принудительных работ. Цеслинский, Палечек, Молодых, Дмитриев, Введенский, Василевский и Хреновский — к лишению свободы сроком на 10 лет. Преображенский, Новомбергский и Ячевский — к лишению свободы на все время гражданской войны, а Карликов и Третьяк — к условному лишению свободы сроком на 5 лет.

ВЦИК отклонил ходатайство о помиловании, и 23 июня приговор был приведен в исполнение.

Таково было народное возмездие главарям колчаковщины, одной из главных сил внутренней контрреволюции.

В буржуазно-помещичьей России иерархи русской православной церкви, связанные стародавними узами с монархистскими кругами страны, делали все, чтобы церковь исправно служила царизму и правящим классам. После Октябрьской революции во главе церкви стал представитель наиболее реакционного крыла духовенства московский митрополит Тихон (В. И. Белавин), 5 ноября 1917 г. избранный на Всероссийском церковном соборе патриархом всея Руси. Самый факт восстановления сана всероссийского патриарха как символа единоличной власти в православной церкви в то время, когда совсем недавно была свергнута единоличная власть монарха в стране, достаточно красноречиво свидетельствовал об антинародных, монархистских устремлениях реакционных церковников.

Епископ Митрофан, выступая 28 октября 1917 г., уже после победы Октября, на Всероссийском церковном соборе, заявил: «Россия горит, все гибнет. И разве можно теперь долго рассуждать, что нам нужно орудие для собирания, объединения Руси? Когда идет война, нужен единый вождь, без которого воинство идет вразброд… Окружив себя таким воинством, патриарх совершит дело, которое выше сил одного человека. Он будет силен поддержкой собора и верующего народа». Таким образом, патриарх должен был стать орудием для собирания, объединения сил контрреволюции, вождем антисоветского воинства. Избранный на пост патриарха всея Руси московский митрополит Тихон, в прошлом деятельнейший член монархистского «Союза русского народа» — председатель «Союза русского народа» в Ярославле, был тем лицом, которому монархисты и реакционные церковники доверили пост своего «вождя». И он действительно оправдал это доверие. Под его руководством реакционные церковники немедленно выступили против Октябрьской революции и примкнули к лагерю монархистской контрреволюции.

Покончив с политическим господством буржуазии и помещиков, Советская власть одновременно осуществила ряд мер, направленных на духовное раскрепощение народа. Декретами от 16 и 18 декабря 1917 г. и 20 января 1918 г. рабоче-крестьянское правительство провозгласило свободу совести и верований и отделило церковь от государства и школу от церкви. Религия была признана частным делом граждан, церковь потеряла право участия в государственной деятельности. Преподавание закона божьего в школах отменялось. Устанавливался гражданский брак и развод по суду. Церковная собственность, в том числе крупные монастырские поместья, объявлялась народным достоянием. Эти декреты лишали православную церковь положения государственного института и в значительной степени подрывали источники ее доходов.

Реакционные церковники с ожесточением выступили как против этих, так и других декретов Советского правительства. Только от имени Всероссийского священного собора патриарх Тихон подписал 16 антисоветских посланий и воззваний к духовенству и верующим. Великая Октябрьская социалистическая революция рабочих и крестьян в этих документах называлась «бедствием», социалистическое строительство — «вавилонским строительством», народ призывался к «покаянию» и «возвращению на путь Христов». 19 января 1918 г. патриарх Тихон выступил с посланием к верующим, в котором призвал «стать на защиту церковного достояния» и «если нужно будет, и пострадать за дело Христовой веры». Предавая анафеме Советскую власть, он приказывал: «А вы, братие архипастыри и пастыри, не медля ни одного часа в вашем духовном деланьи, с пламенной ревностью зовите чад ваших на защиту попираемых прав церкви православной, немедленно устрояйте духовные союзы, зовите не нуждою, а доброю волею становиться в ряды духовных борцов».

27 января 1918 г. Всероссийский священный собор объявил советские декреты «сатанинским гонением» на церковь. «…Изданный Советом Народных Комиссаров декрет об отделении церкви от государства, — говорилось в решении собора, — представляет собою… злостное покушение на весь строй жизни православной церкви и акт открытого против нее гонения… всякое участие как в издании сего враждебного церкви узаконения, так и в попытках провести его в жизнь несовместимо с принадлежностью к православной церкви и навлекает на виновных кару вплоть до отлучения от церкви». Собор постановил не признавать декретов Советской власти о браке и разводе и предавать «церковному осуждению» всех, кто будет на основании этих декретов расторгать церковные браки и вступать в новые.

По решению собора все церкви должны были в знак протеста против декрета об отделении церкви от государства устроить специальные молебствия и крестные ходы. В Москве такой крестный ход состоялся 28 января 1918 г.

В обращении Президиума Совета рабочих, солдатских и крестьянских депутатов Москвы и Московской области «Ко всем гражданам» накануне крестного хода разъяснялось: «Крестный ход на 28 января назначен против власти рабоче-крестьянского правительства. Граждане увидят, как вся буржуазия присоединится к этому шествию. Потому что сейчас духовенство восстало на защиту вовсе не храмов и свободы веры. Этому никто и ничто теперь не угрожает. Оно восстало на защиту богатств, имений, земель, жалованья в 200 тысяч рублей митрополитам, в защиту миллионов, накопленных в монастырской казне, в защиту сытой, спокойной и бездельной жизни сотен тысяч праздных и богатых-людей».

И действительно, в крестных ходах 28 января участвовали помимо церковных служителей торговцы, приказчики, бывшие чиновники и иные буржуазные и антисоветские элементы.

15 марта 1918 г. делегация церковников во главе с А. Д. Самариным и Н. Д. Кузнецовым передала в Совет Народных Комиссаров декларацию, в которой заявлялось, будто русский народ смотрит на изданные декреты как «на тяжкое оскорбление его религиозного чувства». «Да будет ведомо вам, — заявила делегация Советскому правительству, — что религиозное успокоение ста миллионов православного русского народа может быть достигнуто не иначе, как отменой всех распоряжений, посягающих на жизнь и свободу народной веры». Это был «ультиматум» реакционных церковников.

Православная церковь создала культ почитания «мощей святых»— останков «благочестивых людей», являющихся будто бы божьими избранниками, посредниками между небом и землей. Тела некоторых таких умерших «святых», в отличие от тел обыкновенных людей, будто бы остаются «нетленными», то есть не гниют, не разлагаются и сохраняются как бы «в свежести». «Святым мощам» приписывалась способность исцелять больных, совершать чудеса. Революционная совесть передовых трудящихся не могла мириться с этим мракобесием и обманом.

В первые годы Советской власти по почину трудящихся во многих губерниях России было произведено вскрытие мощей, хранившихся в храмах и монастырях. При вскрытиях, происходивших в присутствии народа, духовенства, экспертов, в гробницах и раках вместо так называемых нетленных мощей святых оказывались или мумифицированные естественным образом трупы, или истлевшие, превратившиеся в пыль кости, или искусно выполненные из ваты, воска, тканей и картона куклы. В одних случаях в раках оказывались лишние кости, в других, наоборот, костей от скелетов не хватало. От «нетленных мощей преподобного Макария» вообще ничего не осталось, кроме пяти фунтов ваты, которой были проложены остатки костей. Вместо «нетленных мощей Питирима» (Тамбовская губерния) в раке было обнаружено несколько костей, залитых воском; голова «святого» представляла собой восковой слепок.