После изгнания интервентов работает секретарем Амурского обкома партии. Одновременно является редактором газеты «Амурская правда».

С образованием в 1921 году Дальневосточной республики М. Трилиссер назначается комиссаром ДВР по Амурской области. Одновременно является членом Дальневосточного бюро РКП(б) и членом Государственной политической охраны ДВР, выполнявшей функции контрразведки этой буферной республики. Здесь он создает первую на советском Дальнем Востоке специальную шифровальную службу для связи с Москвой и приступает к формированию разведывательного аппарата.

Вскоре в Москву потекли ручейки разведывательной информации о планах Японии, США и белогвардейцев на Дальнем Востоке. В одном из сообщений в Центр того периода М. Трилиссер, в частности, отмечает:

Успешная разведывательная работа М. Трилиссера на Дальнем Востоке была замечена в Москве. Он получает телеграмму наркома иностранных дел Г. В. Чичерина, в которой, в частности, говорится:

В марте 1921 года Меер Трилиссер принимает участие в работе Х съезда РКП(б). В административном отделе ЦК РКП(б) после окончания работы съезда ему предложили занять должность заведующего Дальневосточным отделом Исполкома Коминтерна. Он дал на это свое согласие. Однако в начале августа того же года состоялась встреча М. А. Трилиссера с Ф. Э. Дзержинским, с которым он был знаком еще с дореволюционной поры, когда они вместе работали в военных организациях партии. Дзержинский сообщил Трилиссеру, что состоялось решение ЦК РКП(б) о его переводе на работу в центральный аппарат ВЧК. Трилиссер был назначен на должность начальника закордонной части Иностранного отдела ВЧК.

В непосредственные обязанности М. Трилиссера входила организация разведывательной работы в странах Зпадной и Восточной Европы. В декабре 1921 года он становится вторым лицом в Иностранном отделе — заместителем его начальника С. Г. Могилевского.

6 февраля 1922 года декретом ВЦИК РСФСР упраздняется ВЧК. На ее базе создается Государственное политическое управление (ГПУ) при НКВД РСФСР. А 13 марта того же года М. А. Трилиссер назначается начальником Иностранного отдела ГПУ, заменив на этом посту С. Г. Могилевского.

Меер Абрамович пришел к руководству внешней разведкой молодого государства в наиболее сложный период борьбы за советскую власть. Времени на раскачку у него практически не было. Из различных ведомств поступали сведения об антисоветских действиях белогвардейской вооруженной эмиграции, о подрывных акциях иностранных спецслужб против Республики Советов. Новый начальник ИНО энергично взялся за работу.

Для решения стоявших перед внешней разведкой задач М. А. Трилиссер пригласил на работу в ИНО большую группу своих соратников по подпольной работе в военной организации партии, а также по работе на Дальнем Востоке в период Гражданской войны. Двое из них — С. Г. Вележев, с которым М. А. Трилиссер работал в Сибири в 1917–1918 годах, а также его соратник по дореволюционному подполью А. В. Логинов (настоящая фамилия — Бустрем) — стали его заместителями. Ответственные посты в Иностранном отделе заняли Я. Г. Минскер, Я. М. Бодеско и другие опытные чекисты, которых Меер Абрамович хорошо знал и доверял им.

При М. А. Трилиссере штаты внешней разведки были расширены до 70 человек. В закордонной части ИНО стало шесть географических отделов. Работникам зарубежных резидентур ИНО была предоставлена большая свобода в вербовке агентуры, а резиденты имели право включать их в агентурную сеть без согласования с Центром. Формируя штаты ИНО, М. А. Трилиссер обращал особое внимание на профессиональную подготовку сотрудников, знание ими иностранных языков, умение работать с агентурой, приспосабливаться к быстро меняющимся условиям.

Для выполнения поставленных перед внешней разведкой задач М. А. Трилиссер принимает меры по созданию новых закордонных аппаратов и комплектованию их грамотным оперативным составом. Под его руководством были образованы резидентуры ИНО в Берлине, Лондоне, Париже, Вене, Риме. На Востоке — в Токио, Пекине, Харбине, Сеуле — были созданы нелегальные резидентуры. В Центр мощным потоком пошла разведываельная информация, в первую очередь — о замыслах вооруженной эмиграции и ее связях со спецслужбами иностранных государств.

Борьба с вооруженной эмиграцией имела приоритетное значение для всего ГПУ, включая его Иностранный отдел. 11 января 1923 года решением Политбюро ЦК РКП(б) в недрах ГПУ было создано межведомственное Особое бюро по дезинформации «в целях систематизации работы по введению в заблуждение иностранных государств о внутренней и внешней политике СССР, а также о состоянии его вооруженных сил и мероприятиях по обороне Республики». В состав Дезинфбюро входили представители ГПУ, Разведотдела штаба РККА и НКИД. На него возлагалась задача разработки и информационного обеспечения акций тайного влияния, направленных на политическую и военно-стратегическую дезинформацию правительств и командования вооруженных сил иностранных государств. Так организационно оформилось одно из важнейших направлений деятельности внешней разведки того периода. Дезинфбюро сыграло важную роль в подготовке и проведении таких знаменитых операций органов госбезопасности, как «Трест», «Синдикат», «Академия», Тарантелла». Всего спецопераций, в разработке которых принимал непосредственное участие М. А. Трилиссер, было реализовано более пятидесяти. Следует отметить, что в осуществлении ряда операций, например, против Русского общевоинского союза (РОВС) важную роль сыграли бывшие царские генералы Павел Дьяконов и Николай Скоблин, а также бывший министр Временного правительства Сергей Третьяков, о которых рассказывается в этой книге.

Помимо работы по белогвардейской эмиграции, другим важным направлением деятельности внешней разведки при М. А. Трилиссере было получение за рубежом научно-технической информации.

26 октября 1925 года председатель ВСНХ Ф. Э. Дзержинский направил в ИНО ОГПУ записку о создании при ИНО «органа информации о достижениях заграничной техники». В соответствии с этой запиской 5 марта 1926 года Военно-промышленное управление ВСНХ разработало для ИНО «Перечень вопросов для заграничной информации», который, по существу, являлся заданием правительства СССР по добыче технической документации и образцов по оборонной тематике. Для решения этого задания в ИНО было создано самостоятельное отделение научно-технической разведки. К концу 1920-х годов сотрудники научно-технической разведки добыли, в частности, информацию об испытаниях новейшей авиационной техники, артиллерийских систем, военной радиоппаратуры, о переработке нефти и по многим другим проблемам, нашедшую практическое применение в народном хозяйстве нашей страны.

Не менее важное значение для СССР имела и добываемая под руководством М. А. Трилиссером информация о планах и намерениях противника в области экономики. Еще накануне Генуэзской конференции 1922 года закордонные резидентуры получили информацию о том, что страны Антанты пытаются поставить РСФСР в условия международной изоляции. Кроме того, из Парижа пришла информация о готовящемся террористическом акте белогвардейцев против главы советской делегации на конференции. Из Берлина на имя М. А. Трилиссера поступила аналогичная телеграмма следующего содержания:

«По достоверным данным, «Российский торгово-промышленный и финансовый союз» в Париже, объединяющий крупнейших финансовых тузов царской России, создал специальный секретный совет, целью которого является организация террористических акций против руководящих российских деятелей. Для специальной задачи выделяется фонд в полтора миллиона франков».