Неожиданная смерть Алексея Михайловича, последовавшая 29 января 1676 года, повлекла за собой опалу Нарышкиных, так как на престоле оказался Федор Алексеевич, матерью которого была покойная Мария Ильинична Милославская.

В день смерти отца Федору было пятнадцать лет. Он выглядел не просто болезненным, но очень больным человеком: его водили под руки, он быстро уставал, плохо видел и слышал. Он был худым и высоким, с редкой бородкой в годы зрелости, что тогда считалось признаком недужности. Федор был воспитанником Симеона Полоцкого и потому образован в церковной истории, знал польский язык и латынь, а также постиг начала стихосложения. Когда учение завершилось, воспитателем и наставником Федора стал уже знакомый нам Артамон Сергеевич Матвеев. Стараниями Милославских и их сторонников у Матвеева отняли руководимые им приказы, а его самого сослали в Пустозерск.

В восемнадцать лет Федор женился, причем тоже довольно романтично. Однажды во время крестного хода он заметил девушку, которая ему очень понравилась. Он велел узнать, кто она, где живет. С того момента его внимание было приковано к ней — Агафье Семеновне Грушецкой, жившей в доме одного из думных дьяков.

Симпатия переросла в любовь, и в июле 1680 года Агафья Семеновна стала московской царицей. Однако замужество оказалось для нее недолгим: она умерла родами ровно через год после свадьбы, а рожденный ею мальчик прожил лишь-полторы недели.

Через семь месяцев Федор женился вторично. На сей раз его избранницей стала Марфа Матвеевна Апраксина, но ее замужество было еще короче. 27 апреля 1682 года, на двадцать первом году жизни, умер царь Федор, и царица Марфа осталась вдовой. Но еще до этого, во время болезни Федора, резко обострилась борьба между Милославскими и Нарышкиными, так как в ближайшей перспективе должна была зайти речь об обладании престолом. Забегая чуть вперед, скажем, что трон остался за Милославскими — его заняла старшая сестра Федора, Софья, так как царевичи Иван и Петр были еще юны: Петру исполнилось десять лет, а Ивану хотя и шел шестнадцатый год, но по здоровью он недалеко ушел от покойного Федора, а по уму очень сильно ему уступал. И таким образом, нужно было остановить выбор на одной из дочерей Алексея Михайловича. Этой дочерью оказалась царевна Софья Алексеевна.

Внешне Софья была непривлекательна. А ведь известно, что люди склонны симпатизировать душевным добродетелям красивых людей, а к некрасивым относятся значительно прохладнее. По свидетельству французского эмиссара де ла Невиля, Софья была большеголовой, очень полной, абсолютно бесформенной, со следами волчанки (туберкулеза кожи) на лице. В ее двадцать шесть лет ей можно было дать сорок. Однако эти недостатки компенсировались необычайно живыми, умными глазами и быстрым, тонким умом. Софья любила беседовать с просвещенными людьми, а ими чаще всего были лица духовного звания. Она умела читать и писать и тем выгодно отличалась от большинства женщин ее времени. Болезнь Федора Алексеевича оказалась для Софьи прекрасным поводом, чтобы покинуть терем.

Возле постели больного она познакомилась с полководцем, боярином и князем, начальником Пушкарского и Владимирского судного приказов Василием Васильевичем Голицыным. Софья была молода, темпераментна и влюбилась в тридцативосьмилетнего Голицына.

В день похорон Федора все шесть его сестер, в нарушение вековых традиций царского дворцового ритуала, пошли за гробом рядом с братьями Иваном и Петром, оттеснив юную вдову Марфу Апраксину и вдовствующую царицу Наталью Кирилловну.

Сразу же после похорон Федора на заседании духовных и светских сановников царем был провозглашен десятилетний Петр, несмотря на первородство царевича Ивана, который был не только нездоров, но и слабоумен. Это отстраняло Милославских от власти, и поэтому Софья приняла меры к тому, чтобы стать регентшей-правительницей при братьях.

Оперевшись на московских стрельцов, многочисленные клевреты Софьи подняли открытый бунт против Нарышкиных и потребовали удаления их из Кремля. Это произошло 15 июня 1682 года. Стрельцам был выдан брат Натальи Кирилловны — Иван, его изрубили на части, а голову вздели на копье. Стрельцы потребовали пострижения в монахи отца Натальи Кирилловны и ссылки всего рода Нарышкиных. Был убит сторонник Нарышкиных — князь Михаил Юрьевич Долгоруков. Погиб и Артамон Матвеев, незадолго перед тем вернувшийся из ссылки в Москву для подавления мятежа.

Эти убийства и зверства произошли на глазах юного Петра. Он был настолько напуган и потрясен увиденным, что с ним случился первый эпилептический припадок. Впоследствии такие припадки сопровождали Петра всю жизнь. До последних дней сохранил он и ненависть к бунтовщикам, беспощадно карая мятежников.

Получив около трехсот тысяч рублей и имущество побитых ими бояр, стрельцы послали начальника Стрелецкого приказа, князя Ивана Андреевича Хованского, потребовать воцарения и старшего брата — Ивана Алексеевича, объявив его первым царем, а Петра — вторым.

Власть над стрельцами полностью перешла к Хованскому, энергично отстаивавшему интересы своих подчиненных. Стрельцы намерены были посадить его на престол, но он проявил нерешительность, чем тут же воспользовалась Софья. Она собрала к Троице дворянское ополчение, вызвала Хованского с сыном Андреем на заседание Боярской думы. Когда отец и сын приехали, Софья велела их схватить и казнить без суда по обвинению в государственной измене. Заговор был обезглавлен, и стрельцы покорились воле правительницы.

Во всех этих делах главные роли сыграли Софьины фавориты, один в настоящем, а другой — в будущем: Василий Васильевич Голицын и Федор Леонтьевич Шакловитый.

«И тогда же она, царевна Софья Алексеевна, — писал современник Софьи, довольно наблюдательный князь Б. И. Куракин, — по своей особой инклинации (склонности) к амуру князя Василия Васильевича Голицына назначила дворцовым воеводою войски командовать и учинила его первым министром и судьею Посольского приказу; которой вошел в ту милость через амурные интриги. И почал быть фаворитом и первым министром, и был своею персоною изрядный, и ума великого, и любим ото всех».

Софья стала участвовать во всех дворцовых и церковных церемониалах наравне с царями Иваном и Петром. Она приказала чеканить золотые монеты со своим портретом, надевала царскую корону и давала официальные аудиенции иноземным послам в Золотой палате Московского Кремля.

Б. И. Куракин писал: «Что принадлежит до женитьбы с князем Василием Голицыным, то понимали все для того, что оной князь Голицын был ее весьма талант (любовник); и все то государство ведало и потому чаяло, что прямое супружество будет учинено. По вступлению в правление царевна Софья для своих плезиров (удовольствий) завела певчих из черкас (украинцев), также и сестры ее по комнатам, как царевны: Екатерина, Марфа и другие, между певчими избирали себе талантов и оных набогащали, которые явно от всех признаны были».

Правительство Софьи и Православная Церковь преследовали раскольников, не подчинявшихся официальным духовным властям, и естественно, что раскольники стали распространять слухи, порочившие обитательниц кремлевского терема. Так, староверы говорили: «Царевна Софья была блудница и жила блудно с боярами, да и другая царевна, сестра ее. И бояре ходили к ним, и робят те царевны носили и душили, и иных на дому кормили» (т. е. после родов убивали, а некоторых, оставив в живых, выкармливали, спрятав в разных домах).

Правда, к подобным сообщениям вряд ли можно относиться с доверием, они появлялись из-за ненависти к правящей династии, из-за стремления опорочить ее. А вот сообщение Куракина о певчих более правдоподобно, ибо известно, что В. В. Голицын устраивал у себя в доме званые куртаги. На них играл орган, а певчие пели по новым, линейным нотам. Таким образом, общение Софьи и ее молодых сестер с певчими вне Кремля получает подтверждение.