Наконец пришло известие. Прошение Миклухи удовлетворено, и он определяется в 7-й флотский экипаж. Удовлетворено было и второе прошение. Теперь вместо лейтенанта Миклухи в списки флота был зачислен лейтенант Миклухо-Маклай. Но сразу попасть на плавающий корабль на Балтике было весьма проблематично, а просиживать штаны в казарме Миклуха не желал. Поэтому буквально через месяц он переводится на Черноморский флот, где имелись корабельные вакансии.

Итак, в 1888 году Владимир Миклуха вернулся на боевые корабли. Первое назначение — вахтенным начальником на черноморский броненосец «Екатерина Вторая». Но скоро наш герой откровенно заскучал. Черноморские броненосцы далеко не ходили. Обычное плавание двое-трое суток: до полигона и обратно. Поход к кавказскому побережью (их иронично именовали «мандариновыми») считались большим событием, к которым подолгу готовились. После океанских просторов Миклуху это удручало. Поэтому летом следующего года он отпрашивается на пристрелочную станцию, где дотошно изучает различные типы артиллерийских орудий и баллистику. По возвращении на свой броненосец он уже исполняет должность старшего офицера, а затем переводится на броненосец «Синоп». Но и это уже начинает ему надоедать.

— Наши самовары больше стоят, чем ходят, — жаловался он жене, прогуливаясь с ней по Приморскому бульвару. — Буду проситься на канонерки!

Но в штабе флота его ждало разочарование. Подходящего места ему предложить не могли.

— Свободных вакансий нет! — полистав бумаги, развел руками штабной чиновник — Есть лишь свободное место вахтенного начальника на «Уральце». Но это будет, как вы понимаете, откровенное понижение после должности старшего офицера на корабле 1-го ранга. Вы, разумеется, отказываетесь?

— Наоборот, я согласен! — ответил Миклуха. — Должности — дело наживное. Главное, чтобы служба нравилась!

Миклуха был доволен. В отличие от броненосцев канонерки в базах особо не застаивались, а мотались не только по Черному морю, но и по Средиземному. Но поплавать на «Уральце» не удалось. Юлия Николаевна тяжело заболела, пришлось взять отпуск. Отдыхали на киевщине в родовом имении родителей Владимира Николаевича. Здесь случилось новое несчастье: на охоте у Миклухи в руках взорвалось ружье, оторвав четыре пальца левой руки. Не потеряв самообладания, он сам ножом отрезал висевшие на лоскутах кожи пальцы, прижег раны порохом и перебинтовал их. Затем было продолжительное лечение.

Вернувшись после длительного лечения в Севастополь, Миклуха получил под команду наконец-то свой первый корабль — миноносец «Килия», на котором много плавал по Черному морю.

— Миноноски — это по мне! — говорил он в те дни супруге. — Скорость, маневренность и, что самое главное, полная свобода! Только ты и море!

А затем снова был броненосец. На этот раз один из самых новейших — «Двенадцать Апостолов», где Миклуху опять ждала должность старшего офицера. На броненосце его полюбили сразу, несмотря на должность, которую на флоте во все времена именовали не иначе как собачьей.

— Суров, но и справедлив зато! — говорили о нем матросы. Настоящим кумиром стал Миклуха для молодых офицеров. Особенно большую популярность принесли ему шлюпочные гонки, в которых он не знал себе равных. Не было случая на эскадре, чтобы участвовавший в гонках старший офицер с «Апостолов» не взял главный приз. Как-то во время стоянки корабля в Южной Бухте среди офицеров разгорелся жаркий спор, можно ли в такую свежую погоду, какая была в тот день, обойти на шлюпке стоявшие корабли. Спор услышал проходивший мимо Миклуха.

— Господа, я берусь сейчас же обойти всю эскадру на корабельном баркасе без руля, пользуясь лишь парусом! — заявил он спорщикам — На все мне нужен будет ровно час!

— Ящик шампанского, что этого не может быть! — воскликнул старший артиллерист.

Ударили по рукам. Тотчас спустили баркас, и Миклуха отправился в путь. Офицеры дружно щелкнули кнопками карманных хронометров. На палубе сгрудилась узнавшая о заключенном пари команда. Гонка началась. Крепкий ветер срывал с волн белые шапки пены. Внезапно на стоящих кораблях раздайся крик всеобщего восторга. Дело в том, что Владимир Николаевич неожиданно развернул свой баркас на сто восемьдесят градусов и пошел кормою вперед. Едва стрелки офицерских хронометров обежали часовой круг, баркас замер возле броненосца.

— Господин лейтенант! — обратился Миклуха к артиллеристу. — Шампанское прошу подать к обеду в кают-компанию! — И, провожаемый криками «браво» и аплодисментами, удалился к себе в каюту.

Так проходили годы. Нельзя сказать, что Миклуху не ценило начальство. Нет, оно прекрасно понимало, что Миклуха является не просто офицером, а офицером выдающимся и способным на подвиг, но хода в карьере меж тем не давало. Почему? Ответ прост. Излишняя самостоятельность, обостренное чувство справедливости, наличие собственного мнения и небоязнь отстаивать его перед самыми большими чинами, да репутация человека с демократическими взглядами делали Миклуху слишком беспокойным и неудобным офицером. Именно поэтому черноморские начальники предпочитали держать его на вторых ролях. Однокашники Миклухи уже давно принимали под команду броненосцы и крейсера, а Владимир Николаевич все еще тянул лямку старшего офицера.

Сильно беспокоила его и тяжелая болезнь жены, которая иногда по полгода и больше проводила на Кавказских минеральных водах. Увы, все усилия медицины оказались напрасными, и в декабре 1895 года Юлия Николаевна умерла в Сухумском гарнизонном госпитале.

Потерю жены Миклуха переживал очень тяжело. Может, именно поэтому вскоре он решился на поступок, почти противоречащий здравому смыслу. Дело в том, что в это время командование флота пыталось перевести из Севастополя в Николаев броненосец береговой обороны «Адмирал Попов». На Черном море свирепствовали зимние шторма, а броненосец представлял собой одну из так называемых «поповок». Корпус корабля был круглым и очень трудно управлялся, машина старая, малосильная и крайне ненадежная. Если же к этому прибавить и малую осадку («поповки» строились для обороны устья Дуная), то молено понять, насколько рискованно было пускаться на таком «самотопе» в зимнее плавание по открытому морю, да еще и в штормовых условиях. К тому же у всех еще свежа была в памяти трагическая судьба балтийской броненосной канонерки «Русалка», погибшей при сходных обстоятельствах со всей командой. Несколько офицеров, кому было предложено перевести броненосец, категорически отказались, ссылаясь на невозможность этого предприятия. Вице-адмирал Диков уже собирался отложить переход до следующей весны, когда к нему прибыл на прием Миклуха.

— Ваше превосходительство! — заявил он еще с порога кабинета — Я готов перевести «Попова» в Николаев.

— Когда сможете выйти? — поинтересовался удивленный вице-адмирал.

— Я уже побывал на броненосце. Состояние его представляю и готов выйти сегодня к вечеру!

Наверно, только Господь знает, чего стоил Миклухе этот переход. Был момент, когда вышла из строя машина и круглую «поповку» начало захлестывать штормовыми волнами. Ситуацию спасли опыт и хладнокровие командира. А через несколько суток броненосец береговой обороны уже входил в устье Южного Бута…

Такой подвиг уже не мог не остаться незамеченным. А потому вице-адмирал Диков (сам из храбрецов!), невзирая на препоны штабной братии, велел назначить Миклуху командиром.

— Если уж таких молодцов не подпускать к ручкам телеграфа, то кому тогда вообще можно доверить наш флот! — заявил он недругам Миклухи. — Готовьте приказ!

Так Владимир Николаевич стал командиром канонерской лодки «Кубанец». Вскоре, к его радости, канонерка ушла в длительное плавание по Средиземному морю.

Служба на Черноморском флоте меж тем становилась Владимиру Николаевичу все больше и больше в тягость. Слишком многое напоминало ему здесь о жене… Друзья советовали сменить обстановку. По прошению на имя морского министра его вскоре переводят на Балтику командиром старой броненосной батареи «Не тронь меня». Батарея входила в состав Учебно-практической эскадры и предназначалась для обучения машинистов. «Не тронь меня» являлась кораблем 1-го ранга, и назначение на нес было несомненным повышением после канонерской лодки. Удручало другое: броненосная батарея была настолько стара, что в море уже почти не выходила, а почти все время отстаивалась в гавани. Остряки насчет нее в ту пору иронизировали; «Не тронь меня, а то рассыплюсь!» Разумеется, Миклуху такое прозябание не устраивало, и он поднял шум. В отличие от Черного моря, где Миклуха, хоть и имел репутацию беспокойного офицера, но все же был своим, на Балтике он был чужаком. Нежелание только что переведенного с Черного моря офицера служить на «Не тронь меня» местные чиновники восприняли как личное оскорбление.