Уже за первый год войны большие отряды повстанцев были рассеяны, они стали действовать небольшими группами. Их подпольная сеть в Найроби была разгромлена. Максимальная численность британских войск вместе с местными вспомогательными частями в ходе войны в Кении составляла более 50 тысяч человек. Контрпартизанские операции проводились при поддержке штурмовой авиации, артиллерии и бронетехники. Но природное искусство маскировки и отличное знание местности помогали мау-мау уходить от преследования и продолжать борьбу. Тем не менее, во второй половине 1950-х восстание мау-мау было фактически подавлено, хотя последние отряды вышли из леса только в декабре 1963 г. после провозглашения независимости.

Другим масштабным конфликтом в регионе стала угандийско-танзанийская война (1978–1979 гг.). Угандийский диктатор Иди Амин объявил войну Танзании 1 ноября 1978 г., используя как предлог поддержку Дар-эс-Саламом угандийской оппозиции. В Танзанию ушли восставшие против него в октябре армейские части, где они объединились с политическими оппонентами Амина. Официальной целью кампании Амин объявил аннексию танзанийской области Кагера, которая по его мнению, исторически принадлежала Уганде. Танзанийский президент Джулиус Нъерере в короткий срок провёл мобилизацию, доведя численность своих войск с 40 до 100 тысяч. К ним присоединились угандийские оппозиционные группы, объединившиеся в Национальную освободительную армию Уганды (НОАУ). Продвижение частей регулярной армии Уганды было остановлено в 30–40 км от границы, после двух недель интенсивных боёв с применением бронетехники, они стали отступать, и к концу ноября покинули территорию Танзании. В январе 1979 г. войска Танзании при поддержке НОАУ вторглись в Уганду.

Основной ударной силой войск Амина стали посланные ему на помощь Муамаром Каддафи ливийские части (2,5 тысячи) действовавшие при поддержке танков Т-54 и Т-55, реактивных систем залпового огня БМ-21 «Град», истребителей МиГ-21 и дальних бомбардировщиков Ту-22. Угандийские части стойкостью не отличались.

Единственное серьёзное сражение этой кампании произошло севернее Лукайи. Наступающие на Кампалу танзанийские части остановились перед обширной, сильно заболоченной местностью. 201-я бригада была послана прямо через болото по гати, 208-я бригада стала обходить болото с запада. Ливийская бригада с 15 танками Т-55 в этот момент двигалась на Масаку и 10 марта вошла в боевое соприкосновение с 201-ю бригадой армии Танзании. В результате боя танзанийцы отступили в беспорядке. В ночь с 11 на 12 марта танзанийцы контратаковали с двух направлений (201-я с юга и 208-я с северо-запада) и обратили противника в бегство.

10 апреля 1979 г. столица страны пала. Сопротивления почти не было. Амин бежал в Саудовскую Аравию. Ливийцы отступили в Джинджу и были репатриированы через Кению и Эфиопию.

Танзанийские войска покинули территорию Уганды в июне 1981 года. Вслед за этим в стране разразилась кровавая гражданская война (1981–1986 гг.), в результате которой она перешла под контроль повстанческой Национальной армии сопротивления под командованием Йовери Мусевени, который до настоящего момент остается президентом Уганды.

После этого внутренний угандийский конфликт перешёл в новую стадию. Главным оппозиционным движением стала Армия сопротивления Господа (АГС), основу которой составляют представители народа ачоли (группа нилотов). С 1987 г. АГС ведет борьбу против центрального правительства. Районы базирования и проведения операций — север Уганды, Южный Судан, восток Демократической Республики Конго и Центрально-африканская Республика. Многочисленные попытки силовых структур Уганды уничтожить АСГ долгое время заканчивались ничем.

В марте 2002 г. угандийская армия провела против АГС операцию «Железный кулак» на территории Южного Судана, которая не достигла цели в первую очередь, из-за отсутствия разведданных, плохой связи и низкой мобильности армейских частей. Боевики оторвались от преследования и в свою очередь нанесли несколько ответных ударов. В дальнейшем армия Уганды проводили более успешные операции, используя данные авиаразведки США.

В декабре 2008 г. с одобрения Совета безопасности ООН Уганда, ДРК и Судан провели совместную операцию «Удар молнии» против боевиков АГС. В результате отряды боевиков были рассеяны, но не уничтожены.

Правительство Уганды утверждает, что АГС связана с сомалийской экстремистской группировкой «Аш Шабаб». Африканский Союз включил её в список террористических организаций. В итоге на фоне «войны с международным терроризмом» в конфликт вмешались и США. В октябре 2011 года президент США Барак Обама объявил о посылке в Уганду около ста бойцов сил специальных операций (армейские инструкторы, специалисты по связи и сбору разведданных) с целью уточнения мест дислокации боевиков АГС и принятия мер по их разоружению или уничтожению. Планируется, что американские военные будут действовать также на территории ДРК, Центрально-африканской республики и Южного Судана в тесном контакте с силовыми структурами этих стран.

Этот район характеризуется не только конфликтами разной интенсивности, но и классическими межгосударственными войнами, что не типично для африканского континента. Военно-политический ландшафт Африканского Рога в постколониальный период всегда определялся борьбой расположенных здесь государств за доминирующую роль в регионе. Поначалу это было противостояние Эфиопии и Сомали, но после падения режима Сиада Барре в 1991 г. и распада Сомалийской Республики, место Сомали заняла независимая Эритрея.

Война за независимость Эритреи (1961–1991 гг.) показала неспособность Аддис-Абебы (и в период монархии, и после революции 1974 г.) — справится с повстанческим движением, несмотря на огромный количественный перевес в войсках и широкую военную помощь сначала США, а потом СССР.

Фронт освобождения Эритреи (ФОЭ) начал боевые действия против центрального правительства, имея весьма слабую военную организацию, но к 1965 г. она была значительно реформирована и укреплена. Структурно вооружённые формирования ФОЭ делились на четыре зоны ответственности. Но, по сути, они состояли из почти не подчинявшихся центральному командованию автономных партизанских отрядов. Их командиры действовали, исходя из интересов доминирующих в их зонах этнических групп.

В партизанском движении взаимоотношения мусульман и христиан оставались непростыми. Однако специально для христиан была создана пятая оперативная зона, которая включала провинцию Хамасен вместе со столицей Асмэрой. Это принципиально изменило отношение императорского правительства к конфликту. Если раньше он рассматривался как традиционная для этого региона война с мусульманскими повстанцами, и для борьбы с ними привлекались полувоенные части и полиция, то теперь под сомнение ставилось «христианское единство» Эритреи и Эфиопии. В 1967 г. для «умиротворения» региона была привлечена целая армейская дивизия. Сопротивление ФОЭ было слабым и плохо скоординированным.

Поражение 1967 г. с одной стороны привело к централизации командования, с другой, привела к расколу ФОЭ, что в последующем привело к жестокой межфракционной войне. Её итогом стало появление Народного фронта освобождения Эритреи (НФОЭ), провозгласившего себя марксистско-ленинской организацией.

12 сентября 1974 г. эфиопский император Хайле Селассие был низложен. К власти пришёл Координационный комитет вооружённых сил, полиции и территориальной армии, ставший известным под амхарским названием Дерг (совет). Позже Комитет был переименован во Временный военный административный совет (ВВАС). 11 февраля 1977 годя председателем ВВАС стал Менгисту Хайле Мариам.