Митрополит Феодосий (в миру Синцзи Нагасима) родился 3 апреля 1935 г. в Токио, в буддийской семье. В возрасте 18 лет он принял Православие, получив при крещении имя Василий. В 19 лет поступил в Токийскую духовную семинарию, после окончания служил катехизатором в нескольких японских храмах, был редактором церковной газеты в Ямата. В 1965—67 гг. Нагасима учился в Свято–Т ихоновской духовной семинарии в Южном Ханаане (США, штат Пенсия ьвания). В 1969 году он принял монашеский постриг с именем Феодосий. Внеочередным Собором ЯПЦ в том же году был возведен в сан архимандрита и хиротонисан в епископа. С 1971 г. Архиепископ Токийский, Митрополит всей Японии. Второй раз за историю ЯПЦ (в первый раз еп. Николай Оно в 1941 г.) ее возглавил японец.
После 1970 г. наконец была решена проблема материального обеспечения священнослужителей. Из доходов ЯАПЦ им установили определенное жалованье, обеспечили медицинское страхование (вообще ЯДПЦ существует на пожертвования паствы. Каждая православная семья ежемесячно (плюс по праздникам) дает такие пожертвования).
На Соборе 1973 г. за Токийским Воскресенским собором («Николай–до») всегда бывшим главным православным храмом страны, закрепили официальный статус кафедрального храма.
Формированию самосознания как автономной, самостоятельной Церкви Японии помогло появление своего православного святого. С 70–х годов начинается изучение жизни и трудов св. Николая, появляются публикации о нем в церковной прессе и научных сборниках. В 1972 г. в «Николай–до» во имя св. равноапостольного Николая, архиепископа Японского, был освящен придел (главный придел «Николай–до» в честь Воскресения Христова. Еще два посвящены Иоанну Крестителю и преподобному Сергию Радонежскому). В новом приделе была установлена икона дар Московской Патриархии, написанная в СвятоТроицкой Сергиевой лавре. В мае 1978 г. было завершено строительство часовни Св. равноапостольного Николая, по этому случаю ЯАПЦ устроила пышные торжества, на которые приглашала и представителей РПЦ.
В 70–е годы делегации ЯАПЦ достаточно часто посещали Советский Союз. Однако состав их оставался практически неизменным: сам митрополит Феодосий и три–четыре приближенных к нему человека. Основная масса японских священнослужителей не имела возможности посетить СССР, познакомиться с историческими святынями своей Матери–Церкви. По словам самих священников, это была продуманная политика Феодосия не выпускать клириков за пределы Японии, чтобы они не подвергались «влиянию» РПЦ. Учитывая, что большинство священников, служивших тогда в ЯАПЦ, заканчивали духовные семинарии в Америке, понятно, что они в этих условиях, при отсутствии непосредственного контакта со служителями РПЦ, так до конца жизни и оставались ориентированными на американское Православие.
Одной из особенностей ЯАПЦ, сформировавшейся после 1970 г., стал ее плановый характер. Начиная с 1974 г., ЯАПЦ принимала пятилетние десятилетние планы по активизации проповеднической деятельности в обществе: в 1974 г. «Перспективы активизации проповеди внутри Церкви», в 1979 г. «Создание системы по активизации проповеди вне Церкви», в 1984 г.
«Конкретный вклад в общество. Становление Церкви, дающей осязаемые плоды». Вообще именно проповедь до сих пор ЯАПЦ считает приоритетным направлением, рассматривая себя как Церковь миссионерскую, существующую в окружении язычников и призванную нести им. свет православного христианства.
С февраля 1970 г. у ЯАПЦ появился свой официальный печатный орган журнал «Сэйкё дзихо» («Православный вестник»). Он издается до сих пор ежемесячно, в номере около 20 страниц среднего формата. В начале каждого номера печатаются официальные церковные документы и сообщения (о различных визитах, участии в конференциях и т. п.), доклады священнослужителей ЯАПЦ. Также рассказывается о деяниях святителя Николая, приводятся обширные выдержки из его дневников. Содержит журнал и материалы о событиях международной религиозной жизни, рецензии на христианскую литературу.
Что касается подворья, то оно раз в три месяца выпускает свой собственный небольшой информационный бюллетень. С развитием Интернета и у ЯАПЦ, и у подворья появились собственные сайты, где можно познакомиться с жизнью японских православных, прочитать о жизни святителя Николая, узнать адреса храмов, расписание служб и т. п.
В 1977–78 гг. многие православные храмы праздновали свои столетние юбилеи. Об этом подробно рассказывалось в «Сэйкё дзихо», выпускались проспекты, альбомы, посвященные истории храмов: «Христианский православный храм в Сидзуока: шаг ''длиной в столетие», «Краткая история Православной Церкви в Нагоя», «Очерк истории православного храма в Осака» и др.
16–18 мая 1980 г. прошли торжества, посвященные 10–летию автономии ЯАПЦ. В них принимали участие представители РПЦ и Американской Автокефальной Православной Церкви.
В 70–80–е годы, несмотря на симпатию большинства священников к США, в ЯАПЦ происходили все же подвижки в сторону большей самостоятельности. Как говорилось выше, в 1973 г. «Николай–до» получил официальный статус кафедрального собора таким образом, была признана его роль истррического центра японского Православия. В «Николай–до», помимо всех православных, отмечаются и традиционные японские праздники Новый год, детские праздники. День пожилых. Можно говорить об определенной японизации, которую проводят служители храма и вообще ЯАПЦ.
В те же годы при семинарии были открыты подготовительные курсы. Однако проблема подготовки новых священников остается едва ли не самой большой головной болью Японской Церкви. В настоящий момент, например, в Токийской духовной семинарии обучаются три человека. Большинству священников ЯАПЦ сейчас уже за шестьдесят, и скоро они будут вынуждены оставить свое служение. Кто сменит их, до сих пор не очень понятно. Скорее всего ЯАПЦ придется приглашать на несколько лет священников из Америки и/или России. Что касается американских священников, то такой опыт у ЯАПЦ давно есть американцы приезжали в Японию и после войны, и при митрополите Феодосии. Они служили в храмах и одновременно преподавали русский и английский языки в Никольской школе. Сейчас в ЯАПЦ служит русский священник отец Николай Дмитриев, и, по отзывам, пользуется у прихожан популярностью. Возможно, его пример подвигнет ЯАПЦ на то, чтобы приглашать священников не только из Америки, но и из России.
В 90–е годы ЯАПЦ провела успешную кампанию по сбору средств на реставрацию «Николай–до». К 1998 г. было получено 330 713 246 иен пожертвований. 10 мая 1998 г. произошло торжественное освящение отреставрированного собора.
Патриаршее подворье в Японии, как уже было сказано; не призвано вести миссионерскую деятельность. Основными его функциями были и остаются три: I) информационное посредничество. между РПЦ и ЯАПЦ, а также другими Церквами, религиозными общинами, общественными организациями Японии; 2) организация паломничества японских верующих в Россию и 3) сохранение имущества РПЦ в Японии, (которое включает Никольский храм в Токио, домовый храм в поселке Тиба при резиденции епископа Николая, рядом с ним монастырь, часовню на русском кладбище в Нагасаки и приход в поселке Хитати), С июля 1991 года настоятелем подворья является протоиерей Николай Кацюбан. Среди прихожан подворья уже практически нет японцев соратники прот. Антония Такай и архим. Николая Саямы почти все умерли, новыми обращениями занимается ЯАПЦ. Сейчас подворье посещают в основном проживающие в Японии российские граждане (число которых в 90–е гг. снова стало увеличиваться), болгары, греки.
В мае 1999 года митрополит Феодосий, 21 лет возглавлявший ЯАПЦ, скончался. На его пост претендовали три кандидата: епископ Иокогамский Петр, епископ Киотоский Даниил и епископ Сендайский Серафим. Все трое были пострижены в монахи в Троице–Сергиевой лавре, а затем поочередно рукоположены в епископский сан. 4 марта 2000 года на Чрезвычайном Поместном Соборе, в котором принимал участие председатель ОВЦС Московского Патриархата митрополит Смоленский и Калининградский Кирилл, новым предстоятелем Японской Автономной Православной Церкви был избран, епископ Иокогамский Петр (Арихара). Однако в апреле епископ Петр был вынужден подать в отставку по состоянию здоровья. 10 мая он скончался. 6 мая в Токио был вновь созван Чрезвычайный Поместный Собор ЯАПЦ, на котором новым предстоятелем избрали епископа. Даниила (Нусиро).