К началу XX века в состав «Кёдо Никорай» («Братство Николая»), как называли японцы Российскую Духовную Миссию, входили Воскресенский собор, духовная семинария, готовившая священников, проповедников, учителей, начальные школы для девочек и мальчиков, большая библиотека, приют и другие учреждения.

Семинария была любимым детищем епископа Николая. Сюда принимались лица от 16 до 60 лет, курс обучения был шестигодичный. В программу, помимо истории Нового Завета и других богословских предметов, входили русский и китайский языки, каллиграфия, алгебра, геометрия, география, история, психология, история философии. Большое внимание уделялось также пению и гимнастике. Епископ Николай заботился о здоровье семинаристов. На каникулы их отправляли к морю или на дачу миссии в местечко Тоносава. За успехи в учении епископ собственноручно дарил книги. В начале XX века семинария получила права среднего учебного заведения Японии. Лучшие ученики посылались в Россию в духовные академии Киевскую и Петербургскую. Тесные связи установились у семинарии с Восточным институтом во Владивостоке. Семинария принимала на стажировку студентов института, а также военных переводчиков.

Однако, к сожалению, проблемы у семинарии были еще серьезнее, чем ее успехи. Число желающих обучаться в ней было невелико, да и желающих преподавать тоже, так что епископу Николаю приходилось прибегать к услугам невоцерковленных учителей. В его дневниковых записях за январь–февраль 1901 года читаем: «Быть может, из Семинарии менее бежали бы, если бы штат учащих… был более благонамерен. Ныне там четыре кандидата богословия, но ни одного истинно усердного к Церкви; все служат, чтобы получать жалование; Бог весть, устояли бы и они, если бы где на стороне могли получить больше… Прочие учителя язычники. Языческая литература вливается в Семинарию; более, чем языческая, атеистическая. [Преподаватель] Сенума постоянно требовал, чтобы в семинарскую библиотеку покупаемы были все новейшие хорошие сочинения по всем отраслям, также, чтобы выписываемы были педагогические журналы. Тщетно я говорил, что все это проникнуто нынешним модным атеизмом, утилитаризмом, эволюционизмом и прочим… Вообще, плохое нравственное состояние Семинарии ныне!»[42]

Владыка Николай обращал особое внимание на роль женщин в распространении христианства и духовном преобразовании семьи. В 1875 году в миссии было основано женское духовное училище, где преподавались Закон Божий, арифметика японская и всеобщая география, китайский, японский и русский языки, каллиграфия и жития.

При женском училище действовала иконописная мастерская, в которой работала Рин Ямасита православная иконописица, создавшая большинство икон, которые можно найти в японских храмах. Ее творчество, пришедшееся на конец XIX начало XX века, отражает взаимодействие итальянской и греческой школ иконописи, характерное для того времени.

После революции Мэйдзи при министерстве промышленности была образована Государственная школа искусств, где впервые за историю Японии стали преподавать европейскую живопись. В 1877 году Рин Ямасита, которой было двадцать лет, поступила в эту школу[43]. Учителем был итальянский художник Антонио Фонтанди. Девушке нравилось учиться. В это время ее подругой стала Ямамуро Масако, и под ее влиянием Рин Ямасита приняла христианство. В 1879 году Фонтанди покинул Японию, а его место занял довольно‑таки бездарный Феретти. Образование стало неинтересным. Поэтому девушка с радостью приняла предложение начальника православной миссии поехать учиться в Россию. Первоначально владыка Николай предполагал отправить Ямамуро Масако, но она вышла замуж, и выбор пал на Рин Ямасита. В начале 1881 года Ямасита отправилась в путешествие. Для японки ее времени это была уникальная возможность. Плавание заняло три месяца, Ямасита увидела Индийский океан, Суэцкий канал, Средиземное и Черное моря. В Александрии она впервые надела европейское платье, а в Константинополе посетила АйяСофию (считается, что она была первым жителем Японии, увидевшим знаменитый собор). 10 марта 1881 года Ямасита прибыла в Санкт–Петербург. Из своей гостиницы она слышала выстрелы, которыми 13 марта был убит Александр И.

Обучение Ямаситы происходило в иконописной мастерской. Воскресенского Новодевичьего монастыря под руководством его настоятельницы Феодосии. Также давал ей уроки Федор Иванович Иордан, известный гравер. Сначала Ямасита делала рисунки, потом копировала гравюры тушью и наконец писала маслом. Огромное впечатление на нее произвел Эрмитаж, где ей разрешили делать копии с картин. Однако художнице гораздо больше нравилась итальянская живопись, а не традиционная греческая иконопись. В те времена итальянское влияние на православную иконопись было довольно велико, и многие духовные лица восприняли увлечение Ямаситы итальянской школой очень болезненно. В конце концов Ямасита была вынуждена прекратить свои занятия в Эрмитаже. Отношения в мастерской у нее сложились тоже не весьма удачно. После двух лет учебы художница уехала из России. Обратное путешествие происходило по Европе. 7 марта 1883 года она вернулась в Японию. После возвращения Рин Ямасита работала в женском училище в Токио, позже ей предоставили отдельную мастерскую. Постепенно она переоценила свою жизнь в России. В своих письмах русским друзьям она писала, что скучает по ним и жалеет, что так быстро уехала. За свою жизнь Рин Ямасита создала более 250 икон. Их можно найти во многих храмах Японии.

Русско–японская война стала временем испытаний для миссии. Еще за несколько лет до начала войны японская печать Стала сеять нетерпимость по отношению к России. Православных японцев называли предателями, миссию обвиняли в тайных политических связях с русским правительством, требовали смерти преосвященного Николая. Многие убеждали его уехать, но он не согласился покинуть свою паству. Во время войны он был единственным свободным русским в стране.

Православным японцам еп. Николай благословил молиться о даровании победы их императору, понимая, что они должны быть верными сынами своей родины. Однако сам он во время войны не участвовал в общественных богослужениях, говоря: «Я как русский подданный не могу молиться о победе Японии»[44]. Не читал владыка в это время и газет, полных насмешек над Россией. Гостей в миссии не было, на улицу еп. Николай, почти не выходил, хотя и был уверен, что вражды к нему у уличной толпы нет. Он говорил, что, кто бы ни победил, ему «одинаково больно узнать о. сотнях смертей. Я молюсь об одном, чтобы война как можно скорее кончилась»[45].

В годы войны основной заботой епископа Николая были военнопленные: Он специально рукоположил несколько священников и направил их в лагеря, где содержались русские солдаты и офицеры, для совершения там богослужений; под его руководством также было создано «Общество духовного утешения военнопленных», члены которого, православные японцы, занимались благотворительностью. Епископ собирал пожертвования в пользу раненых, снабжал оказавшихся в плену книгами, иконами, нательными крестами, сам навещал их. Сохранилось письмо к нему от пленных из Химэдзи, в котором они благодарят епископа за присланные к Пасхе свечи, книги и крестики: «Впереди же этих Св. Книг мы еще имели счастье получить крестики серебряные (со шнурками), и вот все это поднимает наш дух, что нас не оставляют и в чужой стороне…»[46]

После войны православной Миссией были воздвигнуты храмы–памятники на местах братских могил русских. Особенно знаменит храм в Мацуяма.

Стойкость и мужество епископа Николая вызвали уважение обеих воевавших сторон. Воскресенский собор все время охранялся полицией, как и другие здания миссии. А в 1906 году владыка Николай «ввиду его выдающихся трудов по насаждению и распространению Православия в Японии и за его христианское подвижничество во время минувшей войны» был рукоположен в сан архиепископа, с прибавлением слова «Японский». Он был награжден бриллиантовым крестом на клобуке и орденом св: Александра Невского с бриллиантами^ Санкт–Петербургская духовная академия присвоила ему степень кандидата богословия и избрала его своим почетным членом.