Определение роли того или иного путешественника по Африке и отнесение его к числу бескорыстных исследователей или же к пионерам колониализма — дело трудное, требующее сопоставления многих разнообразных материалов. Необходимо внимательное отношение ко всем сведениям, на основании которых можно более или менее отчетливо представить, как складывались интересы исследователя, в какой стране и в какой среде прошла его жизнь, предшествовавшая путешествиям, какое образование он получил. Не менее важны и сведения, какими возможностями он обладал, кем и на какие средства были организованы экспедиции, в которых он участвовал.
Юнкер родился в Москве 18 апреля 1840 г. в лютеранской семье и при крещении получил имя отца — Иоганн Вильгельм, но, как принято в России, его называли либо Вильгемом Вильгельмовичем, либо Василием Васильевичем. Его отец, уроженец Геттингена, в 1818 г. приехал в Россию, где, начав с переплетной мастерской, впоследствии основал банкирскую фирму «И. В. Юнкер и К°». Мать, родом из Шварцбурга (Тюрингия), с 17 лет жила в Москве. Ее брак с Иоганном Вильгельмом Юнкером был вторым. В августе 1844 г. отец покинул Россию и уехал с женой и детьми в Геттинген. Там В. Юнкер сначала учился в школе, в затем, после смерти отца в 1847 г., был отдан опекуном в учебно-воспитательное заведение в Висбадене. Позднее мать получила от опекуна разрешение уехать с детьми в Швейцарию, и мальчик поступил в пансион в Лозанне. В 1855 г. было решено вернуться в Россию. В Петербурге В. Юнкер окончил Петропавловскую гимназию. Поскольку его не привлекала перспектива продолжать банкирскую деятельность отца, он в 1860 г. поступил в Дерптский (ныне Тартуский) университет, но ушел из него и продолжил образование в Геттингене. По-видимому, изучая в университете медицину, В. В. Юнкер еще не совсем ясно представлял свой будущий жизненный путь. Во всяком случае, нет никаких сведений, что он собирался посвятить себя профессии практикующего врача. В то же время, как утверждали знавшие его люди, В. В. Юнкер обладал таким характером, который не позволял ему, несмотря на имевшиеся возможности, вести праздную жизнь.
Направление полученного им образования в целом можно назвать естественно-научным. А наиболее яркими событиями того времени, связанными с этим направлением, были исследования отдельных земель, путешествия, маршруты которых пересекали разные области Африки, Азии, Австралии, Южной Америки. Возможно, поэтому В. В. Юнкер сначала намеревался совершить путешествие на Северный полюс, об исследовании которого тогда много писали, особенно в Германии, а в 1869 г. предпринял поездку в Исландию, чтобы заняться орнитологией. Это было не самостоятельное, а скорее учебно-тренировочное путешествие. Если верить его биографу Л. Хевеши, В. Юнкер собирался предпринять второе путешествие на север — на Шпицберген, когда случай изменил его планы: в Берлине он получил приглашение принять участие в сборе римских надписей в Северной Африке для известного историка античности Т. Момзена и с этой целью в июле 1873 г. выехал в Тунис.
Работа в Тунисе в 1873–1874 гг. рассматривалась В. В. Юнкером как подготовка к большому путешествию в Африку. Здесь он серьезно занимался техникой картографирования, изучал арабский язык. Картографическую подготовку он продолжил в 1874–1875 гг. в Берлине, работая у известного географа Г. Киперта. Таким образом, заинтересовавшись географической наукой, В. В. Юнкер начал последовательно и обстоятельно готовить себя к роли путешественника-исследователя в полном соответствии с требованиями своего времени,
В августе 1875 г. В. В. Юнкер наряду с некоторыми русскими географами принял участие в работе Международного географического конгресса в Париже. В результате личных контактов с известными географами-путешественниками по Африке того времени — Г. Швейнфуртом, Г. Нахтигалем, Г. Рольфсом — определилась область его непосредственных географических интересов — районы Внутренней Африки, прилегающие к Египту, прежде всего присоединенный к Египту в 1874 г. Дарфур.
После тщательной подготовки, приобретя необходимое снаряжение в Берлине и усовершенствовав его, в октябре 1875 г. В. В. Юнкер прибыл в Александрию. Сначала по совету Г. Рольфса им была предпринята тридцатидвухдневная поездка с нанятым караваном верблюдов в Ливийскую пустыню. Целью ее было установить, имеются ли к западу от Александрии следы старого устья Нила, и определить точнее уровень понижения почвы, наблюдавшегося в 1869 г. Г. Рольфсом. Это небольшое путешествие, подготавливавшее В. В. Юнкера к дальнейшей работе в Африке, позволило ему категорически отрицать наличие древнего нильского русла. О полученных результатах он сообщил на ежемесячном заседании Каирского географического общества в докладе, имевшем большой успех.
Длительное время в Каире В. В. Юнкер дожидался разрешения египетского правительства на путешествие в Дарфур. Не получив его, он решил отправиться в Хартум. Но из-за египетско-эфиопского конфликта трудно было раздобыть судно для плавания по Красному морю, поэтому ему пришлось из Судана на английском пароходе добраться до портового города Джидйд на Аравийском полуострове, а оттуда на барке переправиться в Судан. Из Суакина можно было за десять дней достигнуть Бербера, а затем по реке — Хартума. Но по совету двух путешественников по Африке — Г. Швейнфурта и Т. фон Хейглина — В. В. Юнкер пошел неизвестным маршрутом — из Токара вдоль высохшего русла р. Бараки до Кассалы. Исследование этой реки, позволившее точнее нанести на карту ее нижнее течение и окружающие горы, — один из вкладов В. В. Юнкера в географическую науку. Из Кассалы он отправился в Хартум не обычным путем, через Бербер или Шенди, поскольку в сухое время года эта местность трудна для перехода, а через Гедарев и Абу-Хараз, «чтобы узнать новые дороги и интересную область рек».
В мае 1876 г. в Хартум прибыл небольшой караван В. В. Юнкера, в котором кроме бедуинов-проводников были двое слуг и нанятый в Каире препаратор (молодой человек по имени Копп, родом из Вюртемберга). Более четырех месяцев провел путешественник в Хартуме в ожидании разрешения на поездку в Дарфур. Это время он использовал для практики в арабском языке, изучения политической обстановки, обычаев, обрядов, торговли, внутренних и внешних дорог и т. п., а также для сбора коллекций. Тогда же он по предложению Р. Джесси, итальянца, находившегося на службе египетского правительства, совершил две пароходные поездки — по Голубому Нилу до Сеннара и по Собату, где первым сделал точную съемку реки до станции Насир.
Поняв, что разрешения на исследования в Дарфуре он не получит, В. В. Юнкер выбрал новое направление — в Ладо, центр Экваториальной провинции Судана, несмотря на то, что условия путешествия по этой провинции значительно усложнились из-за недавно изданного строгого приказа о повышении цен на продовольствие и носильщиков для любого путешественника в этом районе.
22 октября 1876 г. пароход со снаряжением Юнкера отправился из Хартума в Ладо, где Юнкер надеялся получить официальные бумаги для путешествия.
В. В. Юнкер был подданным далекой и, несомненно, неизвестной в Судане страны — России. Поэтому он не мог вызвать беспокойства у французских колониальных и политических деятелей — соперников англичан. Кроме того, по происхождению и по воспитанию он воспринимался скорее как немец, чем русский, хотя и не являлся немецким подданным. Именно этими фактами, а не только личным расположением можно объяснить заботу о нем такого ярого колониального деятеля, каким был Ч. Д. Гордон.
Гордон посоветовал ему начать с области Макарака, поскольку в южных районах происходили волнения среди местного населения. Это предложение полностью совпадало с намерениями самого путешественника.
В ноябре 1876 г. В. В. Юнкер прибыл в Ладо и вскоре вместе с караваном, состоявшим из 1200 человек, отправился в округ Макарака. Это путешествие можно считать началом его серьезной исследовательской деятельности в Центральной Африке. В результате путешествий по округу Макарака В. В. Юнкер собрал коллекции у народов авукайя, иьянгбара, ануак, бака, макарака, бомбе. Он сделал интересные этнографические записи, относящиеся к этим и другим народам округа, определил по возможности границы их расселения, отмечая «чрезвычайную чересполосицу племен различных народностей».