Конечно, война — это не только победы, но и потери. На южном участке зоны 812-го ИАП пара Bf 109 неожиданно напала на самолет младшего лейтенанта Ю.В. Давдова. Як-1 с номером 39132 был сбит, а сам Давыдов погиб. Пара лейтенанта Шишкина, поспешившая Давыдову на помощь, была атакована другим звеном «мессеров», которые сбили Як-1 (34146) ведомого Шишкина — А.В. Разумовича, который также погиб.

15 сентября 1944 года над Прибалтикой восемь Як-3 из 66-го ГИАП, сопровождавшие Илы-2, завязали бой с 18 Fw 190. Наши истребители сбили два «фоккера». 10 октября в бою погиб полковой навигатор И.К. Головатюк.

В августе 1944 года на Як-3 пересел славный 18-й ГИАП, один из лучших советских истребительных полков. Пилоты полка сбили 427 вражеских самолетов, потеряв 49 пилотов. Первые бои на новой технике произошли во время наступления 1-го Прибалтийского фронта 9 октября 1944 года. Ведомая В.Н. Барсуковым восьмерка Як-3 прикрывала сухопутные войска. В ходе патрулирования Яки перехватили группу из 16 истребителей-бомбардировщиков Fw 190, сопровождавшихся четверкой Bf 109. Советские истребители зашли сверху и открыли огонь по немецким машинам, провоцируя их сбросить бомбы. При этом Н. Герасименко сумел сбить один «фоккер». Еще два «фокке-вульфа» были сбиты в ходе преследования. Победы записали на свой счет Герасименко и П. Калинеев.

На следующий день летчики 18-го ГИАП доложили о 10 воздушных победах. Утром на боевое патрулирование вылетели шесть Як-3 из первой эскадрильи. Командовал группой А. Захаров. И на этот раз противниками стали 16 истребителей-бомбардировщиков Fw 190. Атаковав противника, советские летчики заставили немцев сбросить бомбы в чистом поле, а потом сбили три машины. По одному сбили А. Калюжный и М. Абрамишвили, третью машину записал на свой счет Захаров.

Во второй половине дня бой завязала вторая шестерка Як-3, а их противниками были восемь Fw 190, которые после первой же атаки образовали оборонный круг. Советские летчики, используя вертикальный маневр, сбили три самолета. Победы записали М. Барахтаев, Д. Тарасов и В. Серегин. Еще четыре «фокке-вульфа» сбили вечером того же дня. Это тоже были истребители-бомбардировщики.

Техники из 1-го польского авиаполка подготавливают самолет к в боевому вылету. В национальных формированиях, входивших в состав Красной Армии технический персонал и старший командный состав был как правило русским.

Известностью пользуется бой между Яками-3 и… американскими самолетами. 7 ноября 1944 года в районе города Ниш в Югославии появилась группа из 36 истребителей Р-38 Lightning. Передовой отряд американцев, состоявший из 12 машин, атаковал отряд пехотного корпуса генерал-лейтенанта Г.П. Котова. В ходе налета Котов погиб, а на перехват американцам вылетело звено из 659 ИАП из 288-й ИАД. На север вылетело звено капитана А.И. Колдунова. Колдунов не хотел воевать с союзниками, но союзники приняли Яки-3 за немцев и полетели на перехват. Советские пилоты сбили четыре «Лайтнинга», один из которых упал возле полкового аэродрома. Лишь после этого удалось наладить взаимодействие. Американские самолеты принадлежали 82-й истребительной группе (95, 96, 97), возглавляемой полковником К.Т. Эдвинсоном. Оперативный рапорт в 15-й ВФ говорил о том, что по ошибке американские истребители атаковали советскую колонну. Советские летчики сбили двух американцев. Американцы, в свою очередь, доложили о двух победах. Американцы также подтверждают, что бесстрашный советский пилот влетел в самую гущу боя с тем, чтобы прекратить бессмысленное кровопролитие. Рассказ одного из участников событий — Ли К. Карра — заметно отличается. Три дивизиона «Лайтнингов» залетели слишком далеко, в зону, которая уже контролировалась советскими войсками. По словам Карра американцы сбили чуть ли не семь истребителей. Любопытно, что донесения обеих сторон кончаются одной и той же фразой: «Если бы бой не прервали, то противник понес бы ошеломляющие потери».

Восстановленный Як-i на одном из авиасалонов в Москве.

В конце 1944 года перед началом Висло-Одерской операции произошло ЧП. В декабре службы 3-го ИАК, возглавляемые генералом Ю. Савицкий, сообщили, что на крыльях Як-3 начинает отходить фанера. Командир корпуса доложил об этом командиру армией. Рапорт передали дальше, прибыли специалисты с завода, выпускавшего Яки. Обследовав повреждения, они пришли к выводу, что фанеру надо клеить. Была вызвана ремонтная бригада. Бригада могла отремонтировать в день только два самолета. На просьбу Савицкого прислать еще бригаду, было отвечено: «Вы тут не одни такие, свободных бригад нет». Это означало, что 3-й ИАК был не единственным соединением, испытывавшим такую проблему. Чтобы выйти из ситуации, из механиков и техников 3-го корпуса сформировали временные бригады, которые после инструктажа смогли ремонтировать по 20 самолетов в день. По новому обшивка была приклеена качественно и все отремонтированные машины допустили к полетам.

1-й ГИАК в течение полугода сражался с отрезанными в Курляндии немецкими войсками. Полки корпуса летали на Як-3, Як-9, Ла-5 и Ла-7. Противниками советских летчиков были немецкие пилоты из II/SG 1, III/SG 1, I/SG 3, II/SG 3 и трех групп SG 77. Всего на 10 января 1945 года гитлеровцы располагали в Курляндии 288 боеспособными Fw 190. 21 февраля 1945 года восемь Як-3 из 66-го ГИАП, ведомые майором И.В. Кривушиным, завязало бой с 10 Fw 190 и сбило три из них. Рядом действовал 18-й ГИАП, шесть Як-3 которого, ведомые М. Барахтаевым, вылетело 9 февраля 1945 года на прикрытие сухопутных войск в районе Браунсберга. Вскоре советские пилоты заметили летящие в направлении к фронту три группы Fw 190, насчитывающие от 8 до 10 машин. Перегруженные бомбами «фокке-вульфы» были захвачены врасплох. Атаковав первую группу Барахтаев, Д. Тарасов и И. Грачев сбили по самолету. Затем летчики атаковали вторую группу, тут отличились Барахтаев и Ф. Малашин. Еще два Fw 190 получили повреждения. Два дня спустя восемь Як-3, которые возглавлял Н.Г. Пинчук, получили приказ блокировать аэродром Хайлигенбайль. Якам удалось перехватить отряд из 40 истребителей-бомбардировщиков Fw 190. В. Машкин сбил два самолета, а Пинчук, А. Захаров, Н. Агалаков и Н. Корниенко — по одному.

Борьба с истребителями-бомбардировщиками Fw 190 была одной из главных задач советских истребителей, независимо от участка фронта. 4 февраля 1945 года восемь Як-3 из 866-го ИАП, возглавляемых Героем Советского Союза, капитаном А.И. Колдуновым, вылетело на патрулирование. Советские самолеты летели на высоте 2000. В ходе полета они обнаружили 12 Fw 190, несущих бомбы. Колдунов и его ведомый сбили по одному «фокке-вульфу». Остальные самолеты оставили попытки прорваться, сбросили бомбы и ушли на свою территорию.

8 апреля 1945 года шесть Як-3 из 18-го ГИАП, ведомых М. Барахтаевым, получили приказ сопровождать Пе-2. Их атаковали восемь Fw 190 из JG 54. Советские летчики сбили пять из восьми «фоккеров». Сначала победы одержали Барахтаев, И. Зюзь и Ф. Симоненко. Пять немецких самолетов попытались уйти. Но тут в бой вступило звено В. Барсукова. Барсуков сбил четвертый «фокке-вульф», который развалился в воздухе на куски. Пятый и последний самолет в этом бою сбил Ю. Борисов.

27 апреля 1945 года над Берлином летал командующий 3-м ИАК — наверное единственный боевой генерал — Е. Савицкий. Несмотря на дым, Савицкий разглядел взлетавший с аллеи Тиргартена курьерский самолет. Генерал без труда сбил его. Еще два или три курьерских самолета стояли в районе Рейхстага, но все они были позднее уничтожены. Возможно, что жертвой в тот день стал один из шести отправленных в тот день Fi 156.