В связи с проблемами, возникшими при выкупе земель у частных землевладельцев на трассе будущей дороги, укладка рельсов началась только в сентябре 1898 года, начиная от моста через речку Сходню (ныне западная горловина станции Тушино). Основные работы начались лишь зимой 1898 — 99 гг. под руководством председателя правления Московско-Виндаво-Рыбинской железной дороги инженера путей сообщения Н. Островского.

Пассажирский вокзал предложено было построить у Крестовской заставы на обширном пустыре, прилегающем одной стороной к Первой Мещанской улице. Между зданием вокзала и улицей должна была оставаться большая площадь, обеспечивающая подъезд экипажей к вокзалу. Товарную станцию предполагалось расположить рядом с пассажирской. На ней специально отводилось место для выгрузки лесных материалов и дров, что тогда имело для города большое значение.

Проект вокзала был разработан известным петербургским архитектором академиком Станиславом Антоновичем Брожозовским, а руководил постройкой молодой московский архитектор Юлий Федорович Дидерихс, которому в момент стройки не было еще и 30 лет!

Открытие нового вокзала и дороги состоялось 11 сентября 1901 г., во вторник в 3 часа дня. Здание вокзала было убрано массой цветов и гирлянд зелени. Особенно ярко был украшен временный деревянный вокзал, где и было совершено торжественное молебствие, по случаю открытия движения поездов от Москвы по всей дороге. Внутренняя же отделка каменного вокзала так и не была готова, посему все совершалось в другом здании. Путь же к этому зданию-времянке был убран мачтами с флагами, начиная от 1-й Мещанской улицы, как бы оформляя парадный проезд для гостей.

На станции, между двумя мачтами была натянута зеленая муаровая лента с надписью: «Московско-Виндавская железная дорога, 11 сентября 1901 года». Возле ленточки стоял готовый к отправлению поезд, с красиво декорированным зеленью паровозом №52. По окончании службы духовенство направилось на платформу, при этом «хор военной музыки играл “Коль славен”». Священник окропил поезд и здание святой водой, после чего была перерезана лента, раздался свисток, и поезд плавно тронулся в путь под звуки марша и клики «Ура!» присутствующих. Этот состав дошел без пассажиров до ст. «Москва-II» и вернулся назад.

Первый поезд в этот же день отправился до Виндавы в 6 час. 5 мин. вечера, в этом составе было 800 пассажиров, в основном коммерсанты, предприниматели, моряки и т.д.^{90}

Общество сменило свое название на Московско-Виндаво-Рыбинская железная дорога.

Следующий проект также был связан с Северо-Западным регионом. Им стало строительство дороги Санкт-Петербург — Витебск. Эта дорога, соединяясь с уже имеющейся магистралью Витебск — Жлобин — Одесса, связывала столицу империи с черноморскими портами. В ее состав вошли как уже имевшиеся ранее участки, так и построенные заново. В состав магистрали вошла и первая русская железная дорога Санкт-Петербург — Царское Село, которая была перешита на современную колею и модернизирована.

Началом дороги послужило новое здание Витебского вокзала в столице. Он был перестроен из старого Царскосельского вокзала по проекту С.А. Брожозовского (как видим, правление дороги сохраняло постоянство архитектурных предпочтений). Он создал один из выдающихся памятников стиля «модерн» в Санкт-Петербурге. 1 августа 1904 года здание вокзала было торжественно освящено. В пролете мраморной лестницы, ведущей на второй этаж к залам ожидания первых классов, установлен бюст императору Николаю I, с благословления которого в России началась эра железных дорог. Стены вестибюля были украшены орнаментами, лепниной. Изображение бога Меркурия олицетворяет путешествия и торговлю. Позднее вестибюль украсило панно с изображением Петропавловской крепости и порта в Одессе. Зал ожидания первого класса украшен пятью панно, написанными художником Николаем Семеновичем Самокишем. По ним можно проследить, как менялся облик вокзала в разные периоды своего развития. Из зала ожидания через Световой зал пассажиры попадают к перронам прибытия и отправления поездов дальнего следования.

Важно отметить, что все дороги общества были увязаны в единую сеть — магистраль Рыбинск — Псков в Старой Руссе пересекалась с дорогой на Новгород и Чудово, а на станции Дно — магистралью Санкт-Петербург — Витебск, которая, в свою очередь, на станции Новосокольники пересекалась с линией Москва — Виндава. В этой сети было одно слабое звено — как уже упоминалось выше, Новгородская железная дорога была узкоколейной и переживала не лучшие времена.

Руководство Общества Московско-Виндаво-Рыбинской железной дороги, решило превратить это слабое звено в сильнейший узел и центр своей сети.

В конце XIX века Новгородская чугунка переживала не лучшие времена. Небольшой пассажиро- и грузопоток не обеспечивали ее рентабельности. Парадоксально, но для изменения ситуации требовалось расширение дороги и расшивка ее на широкую колею. Это позволило бы обеспечить беспересадочное движение пассажиров и грузов, т.е. сделало бы магистраль более эффективной.

Необходимость такой перестройки дороги неоднократно обсуждалась новгородским губернским земским собранием, но Общество Московско-Виндаво-Рыбинской железной дороги, которому принадлежала магистраль, уклонялось от этой работы, одновременно готовя более крупный и привлекательный проект.

24 апреля 1914 года состоялось заседание Совета министров Российской империи, на котором по совместному предложению министра путей сообщения и управляющего Министерством финансов обсуждался вопрос о «расширении предприятия Общества Московско-Виндаво-Рыбинской железной дороги».

Министрам предлагалось «предоставить Обществу Московско-Виндаво-Рыбинской железной дороги соорудить железнодорожную линию от Царского Села до Орла с ветвями к Демянску Белому и Волхову. Общее протяжение этой линии составляет с ветвями 944 версты. Кроме этой линии, тому же Обществу предполагается передать сооружение линий Валдай — Луга, протяжением 192 версты, и Смоленск — Юрьев, протяжением в 521 версту.

Линия Петербург — Орел, каковая пересечет губернии: Орловскую, Смоленскую, Псковскую, Новгородскую и Петербургскую, ныне недостаточно обслуженные железными дорогами, и в то же время даст непосредственное соединение портов Балтийского моря с Центральной Россией. С проведением этой магистрали от Орла к Балтийскому морю получится возможность использовать богатые лесные районы, лежащие по линии магистрали. Этой же линией будет обслужен богатейший льноводный и пеньководный район, а равно обеспечено снабжение портов Балтийского моря донецким углем»^{91}.

Одновременно с этим общество планировало перестроить линию Чудово — Новгород — Старая Русса на широкую колею и включить ее в состав нового узла.

Если бы проект был реализован, то Новгород превращался бы в важнейший транспортный центр северо-запада России. Железные дороги связали бы его с Верхней Волгой, Черноземьем, Санкт-Петербургом, портами Балтийского моря. Через Смоленск образовывался выход на магистраль Москва — Брест — Варшава. Древний город снова становился сосредоточением торговых путей.

Судя по всему, изыскательные работы были проведены Обществом заранее, потому что после получения благоприятной резолюции Совета министров, были в весьма короткий срок развернуты грандиозные строительные работы. Начавшаяся в августе 1914 года Первая мировая война затормозила, а потом и вовсе приостановила стройку. Но в 1916 году, Военное ведомство обратилось к Обществу Московской-Виндаво-Рыбинской железной дороги с указанием о возобновлении работ. Строительство дороги Петроград — Орел посчитали особенно важным для решения проблем снабжения Петрограда и перевозки войск. Работы были возобновлены, причем в качестве рабочей силы были использованы австрийские военнопленные.