Разразившаяся по всей Руси в 1571 году эпидемия — «мор велик», докатилась и до Вологды. Иван Грозный спешно отбыл в столицу. По образному выражению местного летописца, «того ради великий государь изволил итти в царствующий град Москву, и тогда Вологды строение преста». Последовавшая вскоре ликвидация опричнины, очевидно, изменила замыслы Грозного в отношении Вологды. Кремль так и остался недостроенным.

Местные легенды и предания по-своему объясняют быстрый и неожиданный отъезд царя из Вологды. Народная фантазия окружила реальные события многими вымышленными, но удивительно красочными поэтическими подробностями, приписав отъезд «несчастливому» осмотру Грозным нового собора. Вот как об этом повествует одна из старинных песен.

К XVI веку Вологда становится также крупнейшим церковно-духовным центром Севера. Здесь ведется обширное летописание, составляются жития святых, записываются различные сказания и т. д. В начале века при дворе епископа Филофея была создана Вологодско-Пермская летопись, содержащая одну из древнейших редакций выдающегося произведения — «Сказания о Мамаевом побоище» — и особую редакцию «Повести о стоянии на Угре» в 1480 году. Основанная еще в 1492 году, в противовес новгородской епископии, Вологодско-Пермская епархия в «опричные» годы принимает «под свое крыло» Двину, Вагу и Каргополь, распространяя свою власть на громадную территорию.

Следующий период истории Вологды связан с событиями польско-шведской интервенции. До 1608 года из города посылались деньги и ратные люди «московскому воинству», но когда чужеземцы появились под его стенами, жители города стали непосредственными участниками военных событий. Вражеские отряды периодически грабили, жгли, разоряли посады, города и окрестные села. В первый раз поляки захватили Вологду в результате измены воеводы.

Однако население города, «схватив воеводу и дьяка Ковернева, всех поляков и пленных, отрубили им головы и трупы бросили в реку Золотуху, где их пожирали свиньи и собаки».

Через некоторое время к Вологде вновь подступили отряды интервентов. Для защиты от неприятеля по инициативе вологжан было спешно собрано ополчение северных городов — Великого Устюга, Сольвычегодска, Тотьмы и др. Разбив противника под Вологдой, северное войско двинулось на выручку Костромы, Галича, Ярославля. Но все же в 1612 году из-за оплошности военачальников и горожан Вологда была снова разграблена и выжжена. Успокоенные известиями об успехах ополчения, упившиеся «на радостях» стрелки не смогли оказать сколь-либо серьезного сопротивления отряду интервентов. «Все делалось хмелем. Пропили город Вологду воеводы», — писал архиепископ Сильвестр князю Пожарскому в Москву. «Сентября 22 польские и литовские люди с черкесами и казаками и русскими ворами, пришед на Вологду, безвестно, изгоном и всяких людей посекли, церкви и престолы разорили и город и посады выжгли до основания».

Отстроившийся и оправившийся от страшных бедствий интервенции город в 1632 году «опричь дальних посадов погоре». В 1654 году тяжелый «мор» постиг население Вологды. Во избавление от «моровой язвы» по обычаю тех лет вологжане за одни сутки возвели деревянную церковь Спаса — «Спас обыденный».

Дальнейшая жизнь города, как бы сполна получившего свою долю несчастий, протекала мирно и не примечательна какими-либо внешними событиями.

Значение Вологды с конца XVII века заметно уменьшается. С построением Петербурга Вологда оказывается в стороне от торговых путей и превращается в заштатный провинциальный город.

В исторически сложившейся планировке и застройке города принято различать четыре основные части, на которые прежде подразделялась вся его территория — Город, Верхний и Нижний посады и Заречье (илл. 2).

Так называемый Город — один из центральных районоз современной Вологды. Он расположен на высоком правом берегу реки. Граница Города, некогда составлявшего основное ядро планировки Вологды, проходит по линии современных улиц — Мира, Октябрьской и Ленинградской (илл. 3).

Сооружение Иваном Грозным в 1560-х годах мощного каменного детинца, территория которого и составила Город, открывает первую страницу в летописи вологодского монументального строительства.

Идея создания Грозным в Вологде северной опричной резиденции оказалась реализованной далеко не полностью. Сооружение кремля было лишь начато: возвели стену с девятью башнями с юго-восточной стороны и две башни с пряслом между ними на юго-западном углу. Внутри детинца, близ берега реки построили каменный соборный храм, а невдалеке от него — деревянный царский дворец с домовой церковью Иоакима и Анны. Одновременно произвели грандиозные инженерно-гидротехнические работы по усилению мощи кремля.

Прерванное в 1571 году строительство каменного Города так и не возобновилось. На месте его недостроенных стен был поставлен деревянный острог с 21 шатровой башней. В 1632 году, обветшавший, он был заменен новыми деревянными стенами, рубленными «тарасами», с 12 высокими шестигранными башнями.

Однако эти сооружения до нас не дошли. Они исчезли еще в первой половине XIX века. Представление об их архитектуре могут дать лишь письменные источники — документы и описи, а также графические материалы — позднейшие рисунки, планы и чертежи. Наиболее интересна гравюра 1670-х годов, изображающая въезд голландского посла Конрада ван Кленка в Вологду на пути в Москву. Она довольно точно передает общий облик стен кремля в конце XVII века.

Судя по различным историко-археологическим данным детинец Ивана Грозного представлял собой неправильный ромбический четырехугольник. С северо-восточной его стороны протекала Вологда, с юго-восточной — река Золотуха, юго-западную и северо-западную ограничивал ров, проходивший по линии современных бульваров на Октябрьской и Ленинградской улицах. Планировка вологодского детинца, явно тяготеющая к геометрически правильной форме, — характерный пример крепостного зодчества Руси середины XVI века с господствующими в нем тенденциями регулярности. Известно также, что стены кремля имели множество башен. Так, стена, выходящая на речку Золотуху и обращенная к Нижнему посаду, включала девять тесно поставленных башен различной формы. Такая «насыщенность» одного участка ограды башнями, небывалая для русских крепостей того времени, а также удивительная толщина стен (около 4 м) позволяют оценить мощь кремля, обещавшего стать одной из неприступных твердынь всего Севера.