«Бигль» отправился огибать мыс Фрио (трое членов экипажа за это время умерли от малярии), Чарлз остался в городе. «Хозяева гостиниц страшно нелюбезны, их манеры крайне неприятны; их дома и сами они отвратительно грязны, нехватка вилок, ножей и ложек — вещь обыкновенная». Бразилия, бывшая португальская колония, с 1822 года стала независимым королевством, но хозяйничали те же португальцы, которых, как всех «латинос», англичане не любили. Бразильцы «невежественные, трусливые, ленивые, добродушные до той поры, пока это их не ущемляет, мстительные», а их монахи «с хитрыми и чувственными физиономиями похожи на Иуду». Неграми, напротив, британцу полагалось восхищаться: «жизнерадостные, добродушные, отлично сложенные». 8 апреля Чарлз гостил в поместье англичанина Леннона, они исследовали побережье, собирали коллекции. «В окрестностях Рио очень многочисленны осообразные насекомые, которые строят для своих личинок глиняные гнезда по углам веранд. Эти гнезда они набивают полумертвыми пауками и гусеницами, которых, должно быть, умеют жалить так, чтобы те оставались парализованными, но живыми, пока личинки не вылупятся из яиц; личинки питаются этим ужасным скоплением беспомощных, наполовину убитых жертв — зрелище, которое было описано одним восторженным натуралистом как привлекательное».

На ночлег останавливались в поместьях португальцев, где Чарлз «чуть не стал свидетелем одной из тех жестокостей, какие возможны только в рабовладельческой стране. Из-за какой-то ссоры и тяжбы владелец хотел отобрать всех женщин и детей у своих невольников и продать их поодиночке с публичного торга в Рио. Он не сделал этого лишь из расчета, а не из чувства сострадания… И вместе с тем я поручусь, что человечностью и добротой он был наделен в большей степени, нежели рядовой человек. Должно быть, ослеплению, до которого могут довести человека корыстолюбие и эгоизм, нет границ. Хочется рассказать об одном пустяковом случае, который в то время поразил меня сильнее, чем все рассказы о жестокостях. Я переправлялся через реку с одним негром, на редкость тупоумным. Пытаясь втолковать ему что-то, я громко заговорил и, жестикулируя, взмахнул рукой близко от его лица. Видимо, он решил, что я собираюсь его ударить, потому что мгновенно вытянул руки по швам, полузакрыв глаза и с выражением испуга на лице. Никогда не забуду смешанного чувства удивления, отвращения и стыда, которое я испытал при виде взрослого сильного человека, побоявшегося отвести удар, направленный, как он полагал, ему в лицо. Этого человека низвели на такую ступень деградации, которая ниже рабства самого беззащитного животного».

Это фрагмент опубликованного варианта — в дневнике говорилось больше. Леннон, не португальский злодей, а британец, хотел продать ребенка одного из своих рабов. «Я убежден, что в конце концов они [рабы] захватят власть в свои руки…» Из-за рабства произошел первый открытый конфликт с капитаном, к которому Чарлз к тому времени охладел. В «Путешествии» он «разборки» с Фицроем не упоминал, но поведал о них в автобиографии, написанной, когда капитан уже умер: «Нрав у Фицроя был самый несносный… Он также был подозрителен и то и дело пребывал в дурном настроении, а однажды почти впал в безумие… когда мы были в Баие в Бразилии, он стал защищать и расхваливать рабство, к которому я испытывал отвращение, и сообщил мне, что он только что побывал у одного крупного рабовладельца, который созвал своих рабов и спросил их, счастливы ли они и хотят ли получить свободу, на что все они ответили: "Нет!" Тогда я спросил его, должно быть не без издевки, полагает ли он, что ответ рабов, данный в присутствии их хозяина, чего-нибудь стоит?»

Фицрой велел Чарлзу убираться, тот решил подождать, через пару дней помирились, более того, Фицрой решил в пользу Чарлза коллизию с Маккормиком, судовым врачом, который претендовал на то, чтобы быть главным натуралистом на судне, и Маккормик оставил «Бигль». Бриг двинулся в залив Ботофого, Чарлз сушей вернулся в Рио с двумя офицерами, на лодке поплыли в залив, чтобы там встретить судно, провели несколько дней в доме на берегу. Отослал домой письма и выдержки из дневника. Вечера в саду: лягушки поют лучше всякого соловья, жил бы и жил, «Бигль» пошел в Баию, Чарлз остался, писал Генсло, что «сходит с ума по паукам», Фоксу — что, несмотря на страсть к паукам, геология «берет верх; она похожа на азартную игру». 5 июля «Бигль» подобрал его, пошли на юг, к Монтевидео. К Кэтрин, июль 1832 года: «Я перехожу от одного класса животных к другому, так что скоро у меня будет представление обо всех. Таким образом, даже если я не достигну никакой другой цели, у меня до конца жизни будет достаточно материала для занятий и развлечений». Рассказывал сестре, рисуясь, что «оброс как дикий зверь»: «С пистолетами за поясом и молотком в руках я похож на громадного варвара». Описал распорядок дня: встает в восемь утра, завтракает, в хорошую погоду работает с образцами, в плохую читает, в час обедает и так далее. «Вы, сухопутные крысы, имеете глубоко неверное представление о жизни на корабле. Мы еще ни разу не ели солонины и не собираемся».

До Монтевидео погода была скверная, пугали грозы, но «Бигль» был оборудован громоотводами. 26 июля пошли вдоль берега, 2 августа пристали в гавани Буэнос-Айреса. Городские власти потребовали допустить чиновника для проверки корабля на холеру. Фицрой это расценил как «оскорбление, нанесенное Британии», в ответ на предупредительный выстрел приказал привести в боевую готовность пушки. «Стоит нам где-либо появиться, как сразу исчезают мир и тишина». Отношения Англии с Аргентиной, обретшей независимость в 1826 году, давно не клеились: британские войска безуспешно пытались захватить Буэнос-Айрес, когда он еще был испанским владением. «Бигль» пристал в Ла-Плате, 4 августа зашел в Монтевидео, уругвайские власти отнеслись к гостям лучше и попросили помощи. Уругвай был независим с 1825-го, с тех пор сменился ряд военных хунт, кризис не прекращался, а теперь произошел бунт в столице: чернокожие солдаты открыли тюрьму, захватили арсенал, шеф полиции молил англичан вмешаться. Фицрой спустил две лодки с полусотней вооруженных людей, сам сошел на берег, пытался разобраться что к чему, оставшиеся на «Бигле» готовились отражать нападение, но ничего не происходило. Молодые офицеры были разочарованы, Чарлз — вряд ли: опробовать пистолеты, конечно, хотелось, но ввязываться в распри «латинос»… «Не лучше ли деспотизм, чем такая анархия?» В ожидании боя прошло несколько дней, повстанцы не придумали, что делать, и разбежались. 13 августа Чарлзу разрешили сойти на берег. Настрелял птиц, Фицрой ругался: захламил корабль как сарай. 19-го отправил Генсло первую партию «хлама» и записи о нем.

В начале сентября Фицрой, Дарвин и проводник Харрис пошли берегом в форт Аргентина и едва не были расстреляны. В Аргентине шла вялотекущая гражданская война: унитаристы и федералисты не могли договориться о форме государственного устройства, индейцы, чьи земли заняли гаучо (испанские ковбои), нападали на тех и других, испанцы оборонялись. «Здесь все твердо убеждены, что это справедливая война, потому что она ведется против варваров». (В «Путешествии» Дарвин рассказал, как уничтожались индейцы, но жалости, как негры, они в нем не вызывали.) Застава, охранявшая форт, не поняла слово «натуралисты», а Харрис сказал, что это «люди, которые все знают» — шпионы! Кое-как объяснились, ночевали в форте. А 22 и 23 сентября на утесе Пунта-Альта близ залива Баия-Бланка обнаружили останки ископаемых животных.

В палеонтологии Чарлз не разбирался, но знал, что музеи набросятся на эти кости, стал собирать. Одна челюсть, зуб и пластины панциря лежали рядом и, похоже, принадлежали одному животному. Какому? Кювье, в 1796 году нашедший в Парагвае кости ископаемого ленивца, назвал его «мегатерий» («большой зверь») — так тогда звали всех крупных ископаемых без разбору. Кости «мегатерия», найденного Чарлзом, были перемешаны с раковинами современных моллюсков, значит, он жил одновременно с ними; если и был потоп, зверь, как и моллюски, его успешно пережил, либо и зверь, и моллюски были созданы уже после потопа. Но моллюски живут и теперь, а зверь вымер — почему? Кроме того, он удивительно напоминал броненосца, которого Чарлз видел воочию. (Это и был гигантский броненосец размером с носорога; пластины его панциря были намертво соединены, и бедняга не мог сворачиваться в клубок, как его потомок.) Часто пишут, что в Пунта-Альте Дарвин совершил открытие. Но пока он просто отметил, что одно животное смахивает на другое. «Мегатерий похож на броненосца… Роулету насчет брюк».