Прототип «Аэрокобры» не имел камуфляжа. Самолет был цвета натурального алюминия. Окрашенными были только киль и часть капота перед кабиной пилота, что должно избавить пилота от солнечных бликов. Дополнительно самолет нес знаки государственной принадлежности на верхних и нижних поверхностях крыльев. В соответствии с правилами, принятыми в USAAF в 1939 году, на руле направления имелись бело-красные горизонтальные полосы (Insignia White и Insignia Red #45), а также темно-синяя вертикальная полоса (Insignia Blue #47). Знаки государственной принадлежности представляли собой темно-синие круги с вписанными в них белыми звездами. Внутри звезды вписывался красный круг. Всего самолет нес четыре таких знака: по одному на верхней и нижней поверхности обоих крыльев. На нижней поверхности крыльев имелась надпись U.S. ARMY серого цвета (известны случаи, когда надпись делалась темно-синей или фиолетовой краской). Поверхность фюзеляжа от винта до кабины покрывалась матовой черной краской.

YP-39 во время пробного полета, 1940 год. Самолет не окрашен, только перед кабиной находится черная противобликовая полоса. На руле направления видны белокрасные горизонтальные полосы, а также темно-синяя вертикальная полоса.

Единственный прототип XFL–I, окрашенный по схеме, принятой для морских самолетов. Фюзеляж цвета дюраля, верхняя поверхность крыльев покрыта желтой краской.

Один из первых P-39D-2 (41-38416). Типичный камуфляж USSAF — Olve Drab/Neutral Grey. Серийный номер желтого цвета. Самолет служил для подготовки пилотов на территории США.

Серийные экземпляры окрашивались в соответствии с требованиями USAAF. Верхние поверхности самолета покрывались краской Dark Olive Drab (№ 41). На нижних плоскостях инструкция предусматривала использование лака Neutral Grey (№ 43). Эта схема продержалась почти весь период серийного выпуска «Аэрокобры». Исключение составляли машины, которые предназначались на экспорт в Великобританию. Позднее эти машины использовались как в США, так и в СССР. Следует иметь в виду, что из-за невысокого качества красок и лаков, они очень быстро выцветали и отшелушивались. Особенно быстро выцветала краска Dark Olive Drab, недолговечность которой вызывала резкие нарекания. Поэтому часто встречались самолеты с подновленной окраской. Во время испытаний в 1940 году самолет приходилось перекрашивать каждые два месяца. У самолетов, эксплуатируемых в более благоприятных условиях, краска держалась дольше. Тактические номера на самолетах Р-39С и D, предназначенных для USAAF, были черного (Black #44) или желтого (Identification Yellow #48) цвета. На дверцах кабины пилота часто помещались эмблемы дивизионов (Pursuit Squadron) или групп (Pursuit Group). Во время последних крупных учений в мирное время (1941 год) на территории штатов Северная и Южная Каролина, Р-39 получили знаки быстрой идентификации в виде одноцветных кругов. Круги были белого или красного цвета и наносились на бортах фюзеляжа, а также на нижней поверхности левого крыла и на верхней поверхности крыла правого.

После того, как Белл получил заказ из Англии, фирма приступила к выпуску самолетов, окрашенных в соответствии со схемами RAF. По меньшей мере две машины (АН 573 и АН 621) несли пятнистый камуфляж с использованием цветов Dark Earth и Dark Green. Нижние поверхности фюзеляжа и крыльев однотонно закрашивались краской Sky. Линия перехода между нижним и верхним камуфляжем проходила довольно высоко по бортам фюзеляжа. Машины Р-400, переданные Советскому Союзу и оставшиеся в Штатах, сохранили английский камуфляж. Машины, использовавшиеся в 601-м дивизионе RAF несли двухцветный верхний камуфляж (Dark Green НВ.1 и Dark Sea Grey HB.7), а также одноцветный нижний камуфляж (Medium Sea Grey HB.6). Оставшиеся в США Р-400 довольно часто украшались эмблемами частей. У самолетов Р-400, участвовавших в боях за Гуадалканал, стандартная окраска (Dark Earth и Dark Green) дополнялась изображением акульей пасти. Также использовались элементы быстрой идентификации. Р-39 из 8-й и 35-й истребительной групп, действовавших на Тихом океане, имели цветной кок винта. Самолеты 36-го истребительного дивизиона 8-й истребительной группы имели белый кок и белые полосы на передней части фюзеляжа. У машин 35-го и 80-го истребительных дивизионов отличались коками серого цвета. Самолеты 39-го истребительного дивизиона 35-й истребительной группы отличались голубыми коками, а «Аэрокобры» 40-го и 41-го дивизионов — красными и желтыми, соответственно. Кроме того, все самолеты 35-й группы имели метки на концах хвостового оперения, сделанные краской того же цвета, что и кок.

Окраски английских «Аэрокобр». Р-39С (DS 173). Самолет в пятнистом камуфляже Dark Earth/Dark Green. Нижняя поверхность крыльев и фюзеляжа выкрашена краской Sky.

P-39L-1 из 93^rd EG, Тунис, июль 1943 года. Камуфляж самолета «поношен», камуфляж типичный для RAF с дополнением — частично закрашенными литерами бортового номера. На нижней поверхности крыла опознавательный так старого типа — без добавочной белой полосы.

Самолеты, отправленные в Советский Союз, сохраняли английский камуфляж, только английские кокарды заменялись красными звездами. Иногда старые знаки просвечивали через слой новой краски, придавая ему некоторый оттенок. Позже, самолеты, поставляемые в СССР, выкрашивались красками Olive Drab и Neutral Grey. Часто окраску дополняли цветными (чаще всего красными) метками, которые наносили на концы хвостового оперения. Коки винтов часто красили в желтый или красный цвет. Со временем самолеты обретали индивидуальные особенности окраски: киль другого цвета или отметки воздушных побед в виде маленьких красных звездочек. На самолетах, эксплуатированных в Советском Союзе, часто закрашивали американские серийные номера, а также наносили советские тактические номера. Номера обычно помещались на носу фюзеляжа или в районе выхлопных патрубков. Иногда красные звезды наносили на крыльях самолета, чтобы закрыть ими просвечивающие американские звезды. Эта деталь довольно любопытна, так как инструкции того времени не предусматривали нанесения красных звезд на крыльях. С другой стороны случалось, что самолеты попадали на фронт с американскими знаками различия: белыми звездами и надписью U.S. ARMY. Это касалось, прежде всего, самолетов Р-400 и P-39D, то есть первых «Аэрокобр». Позднее, самолеты, доставленные через Аляску и Сибирь, несли красные звезды, нанесенные еще на заводе-изготовителе. Обычно звезды были вписаны в белый круг, который закрашивали в СССР. От надписи на самолетах U.S. ARMY отказались в мае 1942 года.

Во время боев в Западной Африке Р-39 состояли на оснащении 81-й истребительной группы. Самолеты получили камуфляж, состоящий из пятен цвета Dark Earth и Dark Olive Drab. Нижние поверхности покрывались краской Sky Grey. В то же время встречались самолеты, несущие стандартный камуфляж Olive Drab/Neutral Grey. Все самолеты имели опознавательные знаки в виде белой звезды, вписанной в голубой круг с желтой каймой. В качестве элемента быстрой идентификации самолеты несли на фюзеляже и крыльях одиночные желтые полосы.

ХР-39Е скорее всего был выкрашен в зеленый цвет, однако точный оттенок установить невозможно. Внутри кабина «Аэрокобры» покрывалась лаком Interior Green HD.5, а приборная доска выкрашивалась краской Dull Black.