Александр II в 1863 г. приказал завершить соединение Сибирской и Сырдарьинской оборонительных линий. Весной 1864 г. навстречу друг другу выступило два отряда: от Верного — полковник Черняев с полуторатысячным отрядом при четырех орудиях, а от Перовска — полковник Веревкин с 1200 человеками и десятью орудиями.
Пройдя Пишпек, Черняев 4 июня взял штурмом крепость Аулие-Ата. В июле его отряд подошел к Чимкенту, где 22 июля вступил в бой с 25 тысячами кокандцев и разбил их. А Веревкин тем временем 12 июля занял крепость Туркестан и выслал летучий отряд для связи с Черняевым. Черняев считал свои силы недостаточными (7 рот, 6 сотен и 4 пушки) для штурма сильно укрепленного Чимкента и отступил в крепость Туркестан, где соединился с Веревкиным. Оба отряда поступили под общее командование только что произведенного в генералы Черняева и, отдохнув, в середине сентября направились к Чимкенту.
22 сентября 1864 г. русский отряд численностью в тысячу человек при 9 орудиях штурмом овладел Чимкентом и обратил в бегство десятитысячную кокандскую армию. Черняев овладел крепостью, переведя свои роты через ров поодиночке по водопроводной трубе. В ходе штурма русские потеряли убитыми и ранеными 47 человек. В крепости русский отряд захватил трофеи: 4 знамени, 31 орудие, много другого оружия и разных военных принадлежностей.
Кокандское войско бежало в Ташкент. Генерал Черняев решил немедленно использовать свое моральное преимущество после чимкентской победы и двинуться на Ташкент. 27 сентября русский отряд подошел к сильно укрепленному Ташкенту и 1 октября штурмовал его, но был отбит и отступил в Туркестанский лагерь. Кокандцы решили взять реванш и, собрав около 12 тысяч головорезов, в декабре 1864 г. предприняли попытку напасть на крепость Туркестан. Но в трехдневном бою (с 4 по 6 декабря) у Икан кокандское воинство было остановлено сотней 2-го Уральского полка есаула Серова.
Весной 1865 г. по Высочайшему повелению была учреждена Туркестанская область, а генерал Черняев назначен ее военным губернатором. С отрядом в 1800 человек при двенадцати орудиях он выступил под Ташкент и 9 мая под его стенами разбил кокандское войско. Жители Ташкента отдались под власть бухарского эмира, выславшего туда свои войска. Решив опередить бухарцев, Черняев поспешил со штурмом и на рассвете 17 июля овладел Ташкентом. В Ташкенте, защищаемом тридцатитысячным войском, русские взяли 16 знамен и 63 орудия, потеряв 123 человека. Занятие Ташкента окончательно упрочило положение России в Средней Азии.
Англия всегда крайне болезненно воспринимала любое продвижение русских на юг, в Среднюю Азию. Поэтому, чтобы успокоить европейские правительства, и в первую очередь британское, 21 ноября 1864 г. князь Горчаков разослал по европейским столицам специальный циркуляр, объясняющий среднеазиатскую политику России.
Горчаков писал: «Положение России в Средней Азии одинаково с положением всех образованных государств, которые приходят в соприкосновение с народами полудикими, бродячими, без твердой общественной организации. В подобном случае интересы безопасности границ и торговых сношений всегда требуют, чтобы более образованное государство имело известную власть над соседями, которых дикие и буйные нравы делают весьма неудобными. Оно начинает прежде всего с обуздания набегов и грабительств. Дабы положить им предел, оно бывает вынуждено привести соседние народцы к более или менее близкому подчинению. По достижению этого результата эти последние приобретают более спокойные привычки, но, в свою очередь, они подвергаются нападениям более отдаленных племен. Государство обязано защищать их от этих грабительств и наказывать тех, кто их совершает. Отсюда необходимость далеких, продолжительнейших, периодических экспедиций против врага, которого общественное устройство делает неуловимым. Если государство ограничится наказанием хищников и потом удалится, то урок скоро забудется; удаление будет приписано слабости: азиатские народы, по преимуществу, уважают только видимую и осязательную силу; нравственная сила ума и интересов образования еще нисколько не действует на них. Поэтому работа должна начинаться постоянно снова. Чтобы быстро прекратить эти беспрестанные беспорядки, устраивают среди враждебного населения несколько укрепленных пунктов; над ним проявляют власть, которая мало-помалу приводит его к более или менее насильственному подчинению. Но за этою второю миссиею другие, еще более отдаленные народы скоро начинают представлять такие же опасности и вызывать те же меры обуздания. Таким образом, государство должно решиться на что-нибудь одно: или отказаться от этой непрерывной работы и обречь свои границы на постоянные неурядицы, делающие невозможным здесь благосостояние, безопасность и просвещение, или же все более и более подвигаться в глубь диких стран, где расстояния с каждым сделанным шагом увеличивают затруднения и тягости, которым оно подвергается. Такова была участь всех государств, поставленных в те же условия. Соединенные Штаты в Америке, Франция в Африке, Голландия в своих колониях, Англия в Ост-Индии, — все неизбежно увлекались на путь движения вперед, в котором менее честолюбия, чем крайней необходимости, и где величайшая трудность состоит в умении остановиться»{88}.
Вследствие вышесказанного, говорилось дальше в циркуляре, решено устройство кордонной линии, связывающей Оренбургскую линию с Сибирской, и притом так, чтобы она была расположена в местности довольно плодородной, чтобы не только обеспечить ее продовольствием, но и обеспечить ее заселение и, наконец, «определить эту линию окончательным образом, чтобы избежать опасных и почти неизбежных увлечений, которые могли бы, от возмездия к возмездию, привести к безграничному расширению»{89}.
Циркуляр заканчивался уверениями, что Россия не намерена переступать за Чимкент, которому надлежит стать военным и административным центром Зачуйского края.
Заметим, что Горчаков писал о Чимкенте, зная, что Черняев уже в Ташкенте. Справедливости ради скажу, что русские власти пытались кое-как соблюсти «невинность». В сентябре 1865 г. в Ташкент прибыл оренбургский генерал-губернатор Крыжановский. Его встретила толпа жителей, просившая принять Ташкент в подданство русского царя.
Однако Крыжановский объявил, что желание их не может быть исполнено и что город должен образовать отдельное владение под покровительством России, для чего он предложил жителям избрать себе хана. Но предложение это осталось без последствий.
После отъезда Крыжановского бухарский эмир арестовал отправленное к нему Черняевым посольство и стал собирать войска на северной границе ханства. Черняев потребовал освободить своих посланников и в поддержку этого требования в январе 1866 г. направил войска к бухарской крепости Джизаку, но поход не увенчался успехом, и русский отряд был вынужден отступить за Сырдарью.
Весной 1866 г. генерал Черняев был отозван, а на его место военным губернатором Туркестанской области царь назначил генерала Романовского. К этому времени война с Бухарой была уже неизбежна. Эмир собрал все свои силы вокруг Ура-Тюбе и стал лагерем посреди урочища Ирджар, на Сырдарье выше Чиназа. Там 7 мая русский трехтысячный отряд под командованием Романовского атаковал в десять раз сильнейшего противника и разбил его наголову. Эмир с остатками войска бежал в направлении к Джизаку и Самарканду. Романовский их не преследовал, а пошел на занятую бухарцами кокандскую крепость Ходжент и взял ее приступом. Последствием этого стало поздравление генералу Романовскому, принесенное кокандским ханом Худояром, освобождение русских посланцев в Бухаре и отправление в Оренбург бухарского посольства с мольбой о мире.
Во второй половине августа 1866 г. генерал Крыжановский снова приехал в Ташкент и объявил о принятии этого города в подданство России. Генерал-губернатор хотел отклонить мирные намерения ко-кандского хана Худояра, который по своему положению должен быть вассалом России. Но на переговорах в Оренбурге с бухарским послом не удалось договориться, и Крыжановский решил возобновить военные действия с эмиром, чтобы силой оружия принудить его к заключению мира и подчиниться всем предъявленным ему требованиям. Русский отряд под командованием Крыжановского вступил в бухарские владения и штурмом взял города Ура-Тюбе и Джизак. Однако в Петербурге эти действия оренбургского генерал-губернатора сочли нарушением полномочий и изъяли Туркестанский край из его подчинения. А из всех земель, занятых с 1847 г. в киргизских степях и в кокандском ханстве, образовали Туркестанское генерал-губернаторство, во главе которого поставили генерал-адъютанта Константина Петровича фон Кауфмана, назначив его генерал-губернатором и командующим войсками Туркестанского военного округа.