Высокогорный район Памира с его суровым климатом сам по себе никогда не интересовал завоевателей. В долинах Памира проживало около 2,5 тысячи таджиков и около 18 тысяч кара-киргизов. И те, и другие были мусульманами, но таджики относились к шиитам, а киргизы — к суннитам.

К концу XIX века Памир приобретает важное стратегическое значение, поскольку через его перевалы можно было попасть в Кашгарию, Афганистан и Индию.

Впервые русские генералы поднимают вопрос о присоединении Памира в 1876 г. в связи с окончательным покорением Кокандского ханства, в число владений которого формально входил и Памир. Однако в связи с началом русско-турецкой войны решение этой проблемы было отложено.

С начала 80-х годов XIX века англичане под видом научных экспедиций стали посылать на Памир своих эмиссаров и разведчиков. В свою очередь, Военное ведомство в 1888 г. отправило туда свою экспедицию под командованием капитана Громбчевского. Примеру англичан последовали и китайцы, выставив свои посты в долинах озер Рангкуль и Яшилькуль. Но вскоре туда прибыли войска афганского эмира, оттеснившие китайцев к Рангкулю. В 1890 г. в Кашгар из Индии прибыла английская миссия, официально для учреждения в этом городе консульства, а неофициально для переговоров с китайскими властями о разделе Памира.

Русское правительство не могло допустить, чтобы этот стратегический район был поделен между Англией и Китаем, и приняло решение немедленно занять Памир. Для этого в Маргилане был сформирован специальный отряд, состоявший из охотников (добровольцев) из 2, 7, 15, 16 и 18-го Туркменских линейных батальонов и 24-х казаков из 6-го Оренбургского полка. Всего в отряде было 8 офицеров и 114 рядовых под командованием полковника Ионова.

Ионову было приказано прекратить «хозяйничанье» китайцев и афганцев на Памире, указать на его принадлежность России, по возможности избегать столкновений и производить геодезические съемки. Преодолев с огромными трудностями перевал Тенгиз-Бай (в Алайском хребте), отряд двинулся правым берегом реки Кызыл-Суу и перешел ее вброд напротив урочища Бордаба. Отсюда 10 июля 1890 г. отряд выступил через перевал Кызыл-Арт и 12 июля был на реке Музкол. Здесь отряд разделился: казаки с полковником Ионовым пошли на перевал Уз-Бель и озеро Рангкуль, а пехота с вьюками пошла на перевал Акбайтал. Затем пехота по реке Акбайтал вышла в долину реки Оксу, а оттуда в долину реки Аличур, где и остановилась, охотясь и производя рекогносцировки, пока Ионов с казаками объезжал районы, принадлежавшие к Гиндукушу

От озера Рангкуль Ионов отправился по реке Оксу к Ак-Ташу, затем 21 июля через перевал Беик вышел в долину реки Карачукура, поднялся по реке на перевал Вахджир и к 25 июля достиг Базаи-Гумбеза. У перевала Беик русские арестовали английского лейтенанта Девинсона и отправили его под конвоем в Маргелан. А у Базаи-Гумбеза был арестован английский капитан Юнгхесбенд, с него Ионов взял письменное обязательство покинуть Памир и более здесь не появляться.

После этого Ионов с казаками через перевал, названный его именем, перешел на южную сторону Гиндукуша и через перевал Болро-гиль вернулся обратно в долину Вахандарьи к селению Сархад. Отсюда Ионов направился в долину реки Памир и 11 августа, выйдя через перевал Хзаргош в долину реки Аличур, соединился с пехотой у озера Яшилькуль, откуда и двинулся в обратный путь, в город Ош.

Отряд во время своего движения убедился, что население колеблется относительно своего подданства, и поэтому действовал тут как на территории, бесспорно принадлежащей России — расставлял пограничные знаки, утверждал беков и т.д. Но после ухода русского отряда китайцы и афганцы опять начали хозяйничать в долинах рек Оксу и Аличур, что вынудило туркестанскую администрацию опять отправить в 1892 г. на Памир отряд под началом полковника Ионова.

Отряд был значительно увеличен. В его составе имелись 4 пехотные роты добровольцев, 3 сотни казаков из 6-го Оренбургского полка, двухорудийный взвод Туркестанской конно-горной батареи и команда саперов.

2 июня 1892 г. отряд Ионова выступил из Маргилана и 17 июня прибыл к озеру Рангкуль, где находился китайский отряд, бежавший при приближении русских войск. 27 июня отряд встал биваком на берегу реки Мургаб (Оксу) около слияния ее с рекой Акбайтал вблизи урочища Шаджан. Здесь Ионов получил сведения о нахождении афганского поста у впадения реки Аличур в озеро Яшилькуль и о готовящемся нападении китайской конницы на русский отряд в случае его движения к озеру.

Ионов решил действовать, он сам выступил против афганцев, а капитана Скерского выслал против китайцев. Скерский выбил китайцев из укрепления Ак-Таш в верховьях реки Оксу, а Ионов, после рукопашной схватки 12 июля, уничтожил афганский пост у Сума-Таша около озера Яшилькуль в долине реки Аличур.

25 июля Ионов двинулся в обратный путь на Мургаб (Оксу). Здесь, на месте прежнего бивака, он заложил укрепление и выслал капитана Скерского с полусотней казаков для рекогносцировки отдаленных районов Памира, где снова появились китайцы.

25 августа Ионов отправился обратно в Фергану, оставив в новом укреплении Шаджанский отряд (160 человек пехоты и 40 казаков) капитана Кузнецова. Кузнецов успокоил китайцев относительно неприкосновенности их территории и наладил с ними дружеские отношения.

Зима 1892/93 г. прошла спокойно. Весной 1893 г. афганцы начали стягивать войска к границам Бухары и производить рекогносцировки в Шигнане и Рушане, собирая с местного населения незаконную подать. Для прекращения произвола афганцев в этот район был послан штабс-капитан Ванновский с двумя офицерами и десятью нижними чинами. Афганцы бежали при появлении команды Ванновского.

В начале 1894 г. на Памир были отправлены подкрепления под командой уже знакомого нам полковника Ионова. В мае 1894 г. Ионов получил сведения о появлении вооруженных афганцев в Шигнане и Рушане и немедленно отправил туда два отряда: подполковника Юденича — по реке Гунт и капитана Скерского — по реке Шахдаре, до впадения обеих рек в Пяндж. В ту же сторону был выслан казачий разъезд капитана Александровича.

Шахдаринский отряд (12 человек пехоты, 20 казаков, 2 орудия) 22 июля прибыл к границе Шигнана, где был радостно встречен местным населением во главе с сыном правителя, присоединившимся к отряду. Однако, подойдя к крепости Рош-Кала 28 июля, отряд был встречен огнем. 31 июля Скерский направил к крепости два отряда, и афганцы покинули Рош-Кала и отошли на 12 верст от бивака русских.

К афганцам подошло подкрепление, но и к отряду Скерского подошла команда капитана Эттингена, у которого было 60 пехотинцев, 12 казаков и пара пусковых станков с 32 осколочно-фугасными ракетами.

С 4 по 8 августа 1894 г. афганцы несколько раз пытались атаковать русских, но каждый раз, попадая под огонь, они отступали. 9 августа афганцы скрытно ушли и через десять дней уже были в пределах владений своего эмира.

Наряду со смелыми действиями русских пехотинцев и казаков следует отметить и блестящую работу расчетов горных орудий и ракетных команд. Чего стоит только переход конно-горной батареи через перевал Акбайтал на высоте 4593 м над уровнем моря. Сейчас далеко не каждый альпинист может похвастаться покорением таких высот, а тут простые солдаты без всякого снаряжения тащили на себе и коней, и пушки.

К концу 1894 г. Памир был окончательно очищен от китайцев и афганцев. Успешные операции русских войск заставили британское правительство вступить в переговоры с Россией.

27 февраля (11 марта) 1895 г. в Лондоне посол России Георг фон Стааль и министр иностранных дел Великобритании лорд Кимберли обменялись нотами по вопросу ограничения подвластных им территорий в Средней Азии. В историю дипломатии этот обмен нотами вошел как «Третье русско-английское соглашение по Средней Азии». (Первое состоялось в 1872—1873 гг., а второе в 1885—1887 гг.).

Условиями «третьего» соглашения были:

1. Соглашение определяло восточный (бухарский) участок северной границы Афганистана.