У Марии не было детей, и поэтому на престол взошла ее сводная сестра, протестантка Елизавета. Католичество еще не успело набрать ход, чтобы восстановить свое прежнее влияние. Однако протестантизм также не имел серьезной опоры, и религиозные законы Марии почти не встретили сопротивления в Парламенте. Уничтожение реформаторами прежних обычаев существенно ограничивало возможности для успешного восстановления католичества, однако если бы Мария оставила после себя наследника-католика, который сумел бы удержаться на троне, контрреформация могла бы одержать в Англии решительную победу. Разрушенные при Эдуарде VI алтари и статуи было, конечно, трудно заменить, но, тем не менее, при Марии было восстановлено большинство каменных алтарей.

Проблема престолонаследия остро стояла и в Шотландии. У Якова V от второй жены, Марии де Гиз, на которой он женился в 1538 г., родилась дочь, Мария, ставшая королевой Шотландии в 1542 г. Смерть Якова развязала руки протестантам, и в 1546 г. они, во главе с Джоном Ноксом, убили кардинала Битона и захватили замок Сент-Эндрюса. Однако, вследствие войны с Англией, французского влияния и присутствия французских войск (отбивших у протестантов Сент-Эндрюс в 1547 г.), а с 1554 г. и регентства вдовствующей королевы Марии де Гиз значительно усилилась анти-протестантская оппозиция, а численность протестантов была очень невелика. Мария, королева Шотландии, в 1548 г. уехала во Францию, а в 1558 г. вышла замуж за дофина Франциска (наследника французского престола), ставшего в 1559 г. королем Франциском II. В результате Шотландия прочно заняла профранцузскую позицию. В 1560 г. положение изменилось. С приходом к власти в Англии Елизаветы (1558 г.) у шотландских протестантов, особенно у лордов Конгрегации, их знатных покровителей, появилась надежда на английскую поддержку. Выступая против французского влияния, они сместили правящую королеву-мать Марию де Гиз и связали протестантизм с патриотизмом. В 1560 г. английское военное вмешательство привело к изгнанию французских гарнизонов. Франциск II умер, оставив Марию бездетной вдовой. Парламент, возглавляемый протестантами, провозгласил отмену мессы и верховной власти папства, и принял протестантское вероисповедание.

Мария, вернувшаяся в Шотландию в 1561 г., была менее осторожна, чем Елизавета, и отказалась утвердить эти постановления, но ей недоставало политических способностей, чтобы исподволь изменить положение и создать себе прочную опору в сложной ситуации противоборства шотландских аристократических партий. Лорды Конгрегации и их преемники объединились против королевы-католички и ее французских союзников, а семейные проблемы Марии только увеличивали ее непопулярность. Ее второй брак с двоюродным братом лордом Дарнли (1565 г.) оказался неудачным, а 1566 г. он участвовал в убийстве ее фаворита Дэвида Риччио. Вероятно, после этого Мария вступила в сговор с жестоким Джеймсом, графом Босвеллом, который убил Дарнли и женился на ней (1567 г.). Это переполнило чашу терпения, и в 1567 г. Мария была вынуждена уступить требованиям аристократов-протестантов и отречься от престола в пользу младенца Якова VI, ее сына от лорда Дарнли. Положение протестантской церкви укрепилось. Королева-католичка лишилась короны протестантского королевства. В следующем году Мария бежала и собрала войско, но потерпела поражение при Лангсайде и укрылась в Англии, отдавшись на милость Елизаветы. Отречение Марии от престола служило выражением новых представлений, согласно которым король нес ответственность перед своим народом и которые значительно смягчали прежние воззрения, подчеркивавшие прежде всего обязанности подданных по отношению к правителям. Эта теория, предвосхищавшая концепцию общественного договора, лежащего в основе королевской власти, поддерживалась вождями церкви, в том числе и Джорджем Бьюкененом, ставшим воспитателем Якова VI.

Государственность также следовала новым путем развития. Благодаря картографированию складывались более четкие представления о границах и очертаниях разных стран, а это способствовало более глубокому пониманию важности данного уровня представления. Хотя составление карт в Шотландии XVI и XVII вв. уступало в интенсивности аналогичной деятельности в Англии, тем не менее, оно значительно продвинулось вперед. Например, было создано более точное описание береговой линии, хотя с картографированием Хайленда дела обстояли по-прежнему не лучшим образом. В середине XVI в. Джон Элдер и Лоренс Новелл выпустили свои карты Шотландии.

Царствование Елизаветы, длившееся 44 года, было самым долгим со времен Эдуарда III. Ее долголетие и свойства характера сыграли выдающуюся роль в определении политического и религиозного курса тюдоровской Англии. Родившаяся в 1533 г., Елизавета прожила долгую жизнь, превзойдя всех прочих английских монархов до Георга II. Очевидно, в какой-то мере благотворное действие оказали ее незамужество и отсутствие детей, но и при этом ее долголетие не может не вызывать удивления, хотя в Шотландии Вильгельм Лев жил с 1143 по 1214 г., а Роберт II с 1316 по 1390 г. Если бы Елизавета прожила столько же, сколько ее сводный брат, она никогда не стала бы королевой; если бы ее жизнь прервалась в том же возрасте, что и жизнь ее сводной сестры или ее деда Генриха VII, она бы умерла ранее Марии Шотландской, матери Якова VI, в случае, конечно, если бы не казнила ее до 1587 г. Осторожность и политические способности Елизаветы помогли ей восстановить политическую стабильность после периода неустойчивости, которой ознаменовалась середина XVI в. Это сыграло важную роль как в вопросе о престолонаследии, так и в религиозном урегулировании. Так как Елизавета не была замужем, в отношении наследования престола существовала некоторая неясность, но после казни Марии Шотландской в 1587 г. приемлемым наследником короны в глазах протестантов стал Яков VI, король Шотландии (родившийся в 1566 г.), праправнук Генриха VII и правнук его старшей дочери Маргариты, вышедшей замуж за Якова IV. С другой стороны, сама Елизавета не желала определенно высказываться по поводу его кандидатуры.

Елизавета получила прекрасное гуманистическое образование и воспитывалась под руководством ведущих гуманистов. Ей довелось испытать различные превратности судьбы; она не была фанатичкой. У нее отсутствовал религиозный пыл, свойственный ее сводному брату Эдуарду и ее сводной сестре Марии. Она предпочитала некий религиозный компромисс, близкий по духу к католичеству ее отца: без папы, монахов и некоторых суеверий. Однако отсутствие у таких умеренных взглядов сильной политической поддержки заставило ее пойти дальше. Несмотря на это, Елизавета склонялась к протестантизму более консервативного толка, чем протестантизм Нортумберленда. У ее протестантизма были определенные пределы, судя по тому, что мы знаем о ее религиозности и о том, как она относилась к обрядам и одеяниям церковнослужителей. Она принимала те стороны протестантского вероучения, которые были совместимы с ее представлениями о порядке, и отвергала те из них, которые выбивались из этого ряда. Такой подход был весьма уместен в эпоху, когда многие люди еще хорошо помнили старые религиозные традиции. Елизавета шла на компромисс в вопросах формальной, внешней стороны, которые затрагивали устоявшиеся привычки населения, но полностью разделяла саму суть протестантского учения. Реформация завоевала общее признание только в 1580-х гг., когда старая религия уже прочно ушла из людского сознания в большей части областей Британии (хотя и не во всех), а протестантизм стал отождествляться с национальной победой в войне с Испанией.

Елизавета решительно стремилась удержать королевский контроль над церковью, епископами, вероучением и литургией. Установив основные правила, по которым должна была жить церковь, она не желала поддаваться давлению, исходящему от сторонников дальнейшей Реформации. Вследствие этого возникла определенная напряженность в отношениях с наиболее радикальными протестантами — пуританами. Точно так же обстояло дело и в Шотландии, где в 1585 г. на престол взошел Яков VI, вступивший в противостояние с Пресвитерианской церковью. Как и Елизавета, он видел в епископах опору для своей церковной и светской власти.