Попыткам ассимилировать гэльскую Ирландию, предпринимавшимся при Генрихе VIII, при его преемниках пришла на смену политика «колонизации» областей, прилегающих к зоне английского влияния, и переселения туда английских поселенцев, «новых англичан». Это упрочило позиции английской короны в Ирландии, хотя, естественно, захват земли у гэльских землевладельцев не мог повысить ее популярность. Начатая при Эдуарде VI колонизация приобрела еще больший размах при Марии. С конца 1560-х гг. английское правление приобретало все более военный характер, который привел к возобновлению попыток силой расширить сферу влияния. Местные советы были созданы в Коннахте (1569 г.) и Мунстере (1571 г.), а для подавления восстаний англичане использовали войска. Английская власть распространилась на такие отдаленные области, как Слайго, Ферманаг и Монаган. Эти области не очень-то подходили для распространения протестантства, и, с возрождением католической активности при Контрреформации, религиозные различия приобрели важное значение для Ирландии, символизируя, отражая и укрепляя политический раскол и ненависть между теми, кто выступал фактически в роли завоевателей, и покоренным населением. «Новые англичане» занимали руководящие должности и пользовались правительственной поддержкой; «старые англичане», католики, чувствовали себя обделенными и отрезанными от управления; гэлы страдали от злоупотреблений и жестокости властей. Елизавета не уделяла ирландским делам достаточного внимания, так что в Ирландии проводилась жесткая политика, которой сама королева никогда не допустила бы в Англии. Протестантская церковь не могла успешно обслуживать местное население. Оказалось сложно найти квалифицированных протестантских церковнослужителей, желающих служить в обедневшей церкви. Один чиновник в 1607 г. сообщал, что духовенство Кашельского архиепископства «более пригодны, чтобы пасти свиней, чем служить в церкви».

Гэльское сопротивление привело к восстанию Десмонда в 1580-х гг. и достигло высшего пика в 1594 г., когда вспыхнуло крупное восстание под руководством Хью О'Нейлла, графа Тирона. О'Нейлл собрал весьма значительное по ирландским меркам войско в 10 000 человек, поднял против англичан не только северные области, но и Мунстер и стремился заручиться поддержкой католиков «старых англичан». В середине XVI в. в Ирландии в достаточно большом количестве появилось огнестрельное оружие — аркебузы, но в 1560-х гг., когда Шейн О'Нейлл пытался захватить власть над всем Ольстером, его войска все еще были вооружены традиционным оружием: топорами, луками, дротиками и мечами. Воины Хью О'Нейлла, напротив, использовали современное огнестрельное оружие — мушкеты и их разновидность аркебузы — и были вооружены так же хорошо, как и англичане. Многие до этого служили в высокопрофессиональной испанской армии, а О'Нейлл специально обучал всех своих солдат обращению с пиками и огнестрельным оружием. Лесистая и болотистая местность Ольстера как нельзя лучше подходила для ведения партизанской войны и нападениям из засад. В 1595 г. при Клонтибрете О'Нейллу удалось заманить английскую армию в ловушку. Через три года при Йеллоу-Форде другой английский отряд был разбит на марше. В 1599 г. гордый фаворит Елизаветы Роберт, граф Эссекс, не сумел нанести поражение О'Нейллу. Вследствие этого он утратил расположение королевы и впал в немилость. Обремененный долгами, потерявший свои монополии Эссекс в январе 1601 г. предпринял попытку государственного переворота с целью захватить Елизавету и уничтожить своего соперника, первого министра сэра Роберта Сесиля, сына лорда Беркли. Однако Сесиль разрушил планы заговорщиков, заговор провалился, а Эссекс был казнен. Не в последний раз ирландские события оказывали важнейшее влияние на британскую политику.

В 1600 г. англичане отправили в Ирландию более решительного руководителя — нового наместника Ирландии, Чарльза, лорда Маунтджоя, который принял решение провести зимнюю кампанию, чтобы нарушить снабжение отрядов О'Нейлла, а также затруднить передвижение стад — основного источника продовольствия ирландцев во время похода. Превосходя ирландскую армию в численности, английские войска действовали активно и жестоко, но попытка захватить Ольстер провалилась после поражения в битве в ущелье Мойри (1600 г.), в котором мушкетеры О'Нейлла под прикрытием полевых укреплений отразили нападение англичан. Опасения английского правительства, страшившегося иностранной интервенции, сбылись в сентябре 1601 г., когда Филипп III Испанский послал войско в 3500 человек в Кинсейл на помощь О'Нейллу. Маунтджой осадил Кинсейл, но его войска сильно ослабили болезни. Армия О'Нейлла, отправленная на помощь осажденным, вместо того, чтобы блокировать англичан, решила на них напасть. Однако ночной марш-бросок на лагерь Маунтджоя не удался, а утром 24 декабря О'Нейлл упустил инициативу, позволив Маунтджою напасть первым. Ирландский военачальник также выстроил своих солдат в непривычный для них оборонительный порядок терцию, который они соблюдали с трудом, так как ранее никогда его не применяли. Английская конница разбила ирландскую, и ирландская пехота отступила, а те, кто держались, были разбиты. Ирландцы потеряли 1200 человек, но важнее всего было то, что они утратили веру в победу. Испанцы больше не присылали в Ирландию свои отряды, и в 1603 г. О'Нейлл был вынужден сдаться.

Впервые в своей истории англичане захватили власть над всем островом. После этого Ирландия стала восприниматься как единое целое, а утрата ее части, как считалось, должна повлечь за собой утрату и остальных частей. Как и в случае с Англией, иностранное завоевание вызвало к жизни осознание национального единства.

В ближайшей же перспективе английская победа привела к возобновлению и расширению политики колонизации. О'Нейллу и О'Доннеллу после того, как они сдались в 1603 г., были возвращены их владения, но введение английских законов и обычаев в Ольстере заставило их в 1607 г. бежать в Италию со многими своими соратниками. После этого Яков I конфисковал их земли в Ольстере — 3 800 000 акров. Менее плодородные участки были частью пожалованы ирландцам, но остальные земли были отданы во владение английским и шотландским поселенцам, королевским чиновникам, государственной (протестантской) церкви и, взамен на финансовую поддержку колонизации, лондонскому Сити. В то же время крупные земельные наделы в Антриме и Дауне были отданы частным колонистам и также заселены по большей части шотландцами. К 1618 г. в Ольстере проживало около 40 000 шотландцев. Другие колонии были созданы в более южных областях, например, в Уэксфорде, Лейтриме, Уэстмите и Лонгфорде; однако здесь было меньше поселенцев-протестантов. Таким образом, во многих частях Ирландии гэльские землевладельцы были лишены собственности в пользу протестантов, а в Ольстере положение местного населения особенно ухудшилось с появлением множества протестантских поселенцев. Разногласия по поводу земли, религии и политического статуса привели к взрыву 1641 г.

Английское могущество укрепилось не только в Ирландии, хотя, потеряв свои французские владения, англичане не сразу переключились на атлантическое направление. У них не было ни опорных пунктов, в отличие от португальцев и испанцев, владевших Азорскими островами, Мадейрой и Канарскими островами (подобно тому, как ранее викинги владели Фарерскими островами, Исландией и Гренландией), ни традиции завоеваний языческих земель, которую испанцы и португальцы приобрели за время своих долгих войн с мусульманами. Несмотря на это, вскоре англичане приняли участие в европейской экспансии сначала в Атлантике, а затем в Южной Азии. Рыбаки из Бристоля, возможно, доплывали до Северной Америки в 1480-х и 1490-х гг., но первые точные сведения относятся к плаваниям итальянца Джона Кэбота, который в 1497 г. вышел из Бристоля, рассчитывая добраться до богатой Индии, но вместо этого, вероятно, приплыл в Ньюфаундленд. Этим же путем вскоре проследовали многочисленные английские рыбаки, в то время как некоторые другие разведчики отправлялись на север в холодные моря, надеясь отыскать северо-западный проход к Индии. Мартин Фробишер, Джон Дэвис и Генри Гудзон открыли большие водные пространства — море Баффина и Гудзонов залив — но в 1610-х гг. Уильям Баффин, Люк Фокс и Томас Джеймс установили, что за ними лежит земля, а не открытый океан. Интерес мореплавателей привлекали и поиски северо-восточного пути в Индию.