В 1641 г. возмущенные обращением протестантов-землевладельцев и поселенцев, а также экономическим давлением, ирландцы-католики подняли восстание и убили многих англо-шотландских колонистов. Вождь мятежников, Рори О'Мор разбил правительственные войска при Джулианстауне (29 ноября 1641 г.), а затем заключил союз со многими «старыми англичанами», владевшими землями в Пейле. Ольстер был захвачен восставшими, которые оскверняли протестантские церкви и сжигали библии. Шотландцы отправили в Ирландию армию, чтобы восстановить власть протестантов. Она высадилась в Керрикфергусе в апреле 1642 г. После этого началась борьба между тремя силами: шотландцами-сторонниками Парламента, роялистами под началом Джеймса Батлера, графа Ормонда, и католической конфедерацией Килкенни — ирландскими повстанцами. Последние под руководством Оуэна Роя О'Нейлла разбили шотландскую армию при Бенберне в 1646 г. В 1647 г., после пленения Карла I, Ормонд сдал Дублин Майклу Джонсу, полковнику парламентских войск. Ему угрожали действия конфедератов-католиков во главе с Томасом Престоном, но в битве при Данган-Хилле (8 августа 1647 г.) Джонс разгромил Престона, захватив всю его артиллерию. Положение приверженцев Парламента ухудшилось в 1648 г., когда в ходе Второй гражданской войны Ормонд вернулся из Шотландии. В 1649 г. он взял Дрогеду и Дандолк, а в июне осадил Джонса в Дублине. Джонс совершил удачную вылазку, нанеся Ормонду поражение при Ратмайнсе (2 августа). Через 13 дней в Дублине высадился Кромвель.

Как часто бывает, победа привела к разладу, который возник между Парламентом, армией и шотландцами. Разногласия касались вопроса об управлении церковью, особенно о введении пресвитерианской системы, на котором настаивали шотландцы и против которого выступали многие члены английского Парламента, а также о переговорах с Карлом I, которого шотландцы передали англичанам, когда покинули Англию в 1647 г. Радикальных политических и социальных преобразований требовали левеллеры, пользовавшиеся значительной поддержкой в армии, которая стала принимать все более активное участие в политической жизни, поскольку была недовольна отношением к ней Парламента и невыплатой задолженностей по жалованию. Карл был захвачен в плен в 1647 г., но отверг предложенные Кромвелем условия. Кромвель, разочаровавшийся как в пресвитерианах-парламентариях, так и в левеллерах, поднявших мятеж в армии, который он был вынужден подавить, сыграл ключевую роль в завершении Второй гражданской войны (1648 г.). Она разгорелась в результате роялистских восстаний и вторжения шотландцев, которым Карл взамен пообещал ввести пресвитерианскую систему. Восстания были подавлены. Кромвель двинулся в южный Уэльс и разгромил противников при Сент-Фейгенсе. Ферфакс отправился в Кент и в июне сломил сопротивление роялистов. После этого роялисты сосредоточили свои силы в Колчестере, выдержали натиск Ферфакса и стали дожидаться вестей от шотландцев. Приняв капитуляцию Пемброка (11 июля), Кромвель выступил против шотландцев, которые под началом герцога Гамильтона 8 июля вошли в Камберленд и двинулись на юг. Кромвель отправился в Йоркшир и решил напасть с фланга на противника, наступавшего на Престон. Гамильтон пренебрег предостережениями роялиста сэра Мармадьюка Лангдейла, и его армия оказалась не готова к нападению, когда Кромвель 17 августа заставил солдат Лангдейла отступить и занял Престон. Шотландцы сдались.

Полная решимости поставить точку в деле Карла I и, благодаря религиозному пылу, не устрашенная необходимостью противостоять помазаннику Божьему, армия 6 декабря 1648 г. провела чистку Парламента (чистка Прайда). Оставшаяся часть — «Охвостье» — назначила суд, перед которым Карл должен был предстать по обвинению в измене народу. Парламент утверждал, что Карл дал слово чести более не поднимать оружия и нарушил его, побудив своих сторонников начать Вторую гражданскую войну. Карл отказался от защиты, заявив, что подданные не имеют права судить короля и что он всегда стоял за народные вольности. Он был признан виновным и казнен 30 января 1649 в центре королевской власти — у Пиршественного зала в Уайтхолле.

Судебный процесс и публичная казнь Карла I нисколько не похожи на убийства средневековых королей. Англия была провозглашена республикой, а палата лордов была отменена. Феодальные повинности были объявлены недействительными еще в 1645 г. Однако республиканскому режиму в Англии пришлось столкнуться с иным государственным строем в Шотландии и Ирландии, так что он не мог чувствовать себя в безопасности, пока иные формы правления на территории Британских островов не будут низвергнуты. Продемонстрировав небывалую военную мощь, республиканские войска завоевали Шотландию, добившись успеха, которого не достигали английские монархи, и Ирландию, а также оставшиеся роялистские базы на Нормандских островах в Ла-Манше, на острове Силли и на острове Мэн. После этого Англия, Шотландия и Ирландия управлялись единым правительством до 1922 г., когда Британское государство потеряло большую часть Ирландии. Кратковременные конфликты — между Англией и Ирландией в 1689 г. или между Англией и Шотландией в 1745 г. — рассматривались обеими сторонами как эпизоды. Таким образом, вне зависимости от точных конституционных взаимоотношений, Англия, Ирландия и Шотландия превратились в нераздельную единицу на политической карте.

В 1649 г. Кромвель переправился в Ирландию и захватил большую часть восточных и южных областей острова, завершив завоевание всей страны к середине 1653 г. Кампания Кромвеля, особенно взятие Дрогеды и Уэксфорда в 1649 г., отличалась такой жестокостью, что вошла в пословицы и сыграла важную роль в формировании мифологии ирландской англофобии. В действительности, многие ирландцы сражались против роялистов, и английское вторжение справедливее было бы называть ирландской гражданской войной; массовые избиения во время военных конфликтов не были новостью ни на континенте, ни в Ирландии: например, католическое восстание 1641 г. началось с широкомасштабного истребления протестантов; и ни в Дрогеде, ни в Уэксфорде от жестокости солдат не пострадали женщины и дети. С другой стороны, в Дрогеде, которую обстреливала превосходная осадная артиллерия Кромвеля, выпускавшая по городу до 200 ядер в день, погибло около 2500 человек, а немногие спасшиеся были отправлены на сахарные плантации Барбадоса. После Уэксфорда Кромвель захватил Росс, Каррик, Клонмел и Килкенни и отплыл в" Англию, оставив начальником над армией в Ирландии своего зятя Генри Айртона, который разгромил противников при Скаррифхоллисе (1650 г.) и захватил Лимерик (1651 г.). В следующем году был захвачен Голуэй. Однако завоевание, вызвавшее голод, эпидемии и эмиграцию, привело к снижению численности ирландского населения на 40%. За этим последовала широкомасштабная экспроприация католических земель (особенно интенсивно проводившаяся в 1654-1655 гг.), в результате которой англоирландские католики потеряли власть и положение. Гэльские школы, в которых обучались будущие барды, были закрыты, а это нанесло серьезный удар по национальной культурной традиции. В итоге весь остров был подчинен Вестминстерскому Парламенту.

Спокойствие в Шотландии во многом предопределило начальный успех англичан в Ирландии, но в 1650 г. старший сын Карла I, Карл II, заключил с шотландцами соглашение. В ответ 22 июля 1650 г. Кромвель перешел шотландскую границу. Однако он не смог прорвать укрепленные позиции вокруг Эдинбурга и под давлением искусно маневрировавшего Дэвида Лесли был вынужден отступить к Данбару. Английская армия оказалась отрезанной от английских границ шотландской армией, вдвое превосходившей ее численностью. Кромвель предпринял внезапную атаку, разгромив шотландскую конницу, а затем принудив сдаться большую часть вражеской пехоты (3 сентября). После этого Эдинбург был захвачен.