Поводом для провозглашения красного террора в качестве официальной государственной политики большевиков послужили события 30 августа 1918 г. в Петрограде — покушение на Ленина, совершенное эсеркой Ф. Каплан, и убийство главы Петроградской ЧК М.С. Урицкого. Уже на следующий день после покушения в газетных статьях и правительственных сообщениях зазвучали призывы к террору. 31 августа 1918 г. газета «Правда» писала: «Трудящиеся, настал час, когда мы должны уничтожить буржуазию, если мы не хотим, чтобы буржуазия уничтожила нас. Наши города должны быть беспощадно очищены от буржуазной гнили. Все эти господа будут поставлены на учет и те из них, кто представляет опасность для революционного класса, уничтожены. <…> Гимном рабочего класса отныне будет песнь ненависти и мести!» В тот же день Дзержинский и его заместитель Петерс составили обращение «К рабочему классу», выдержанное в подобном же духе: «Пусть рабочий класс раздавит массовым террором гидру контрреволюции!»

2 сентября 1918 г. было принято постановление ВЦИК, а 5 сентября — декрет Совнаркома «О красном терроре». Во исполнение постановления ВЦИК «О красном терроре» нарком внутренних дел Г.И. Петровский издал приказ о повсеместном взятии заложников (в котором говорилось, что «из буржуазии и офицерства должны быть взяты значительные количества заложников» и «при малейших попытках сопротивления должен применяться безоговорочно массовый расстрел»), опубликованный 4 сентября 1918 г. в «Известиях», — уже после того, как были расстреляны первые тысячи людей, которых тоже обычно принято называть «расстрелянными заложниками». В приказе ВЧК «об учете специалистов и лиц, могущих являться заложниками», уточнялось: «Выдающиеся работники, ученые, родственники находящихся у них при власти лиц. Из этой категории и следует выбирать заложников. Второй вопрос — это спецы. Наши спецы — люди буржуазного круга и уклада мысли. Лиц подобной категории мы по обыкновению подвергаем аресту как заложников или помещаем в концентрационные лагеря на общественные работы».

В свете специфики «красного террора» институт «заложничества» приобрел совершенно новый характер. В обычном понимании заложники берутся для предотвращения каких-либо действий со стороны лиц, которым заложники лично дороги, так, чтобы возможная казнь заложников могла повлиять на их поведение. Когда заложниками берутся члены семей лиц, от которых зависит ход военных действий со стороны противника, жители конкретного селения для предотвращения нападений в нём на солдат и т.д. — как бы ни оценивать эту практику, она достаточно обычна в ходе военных действий и преследует чисто тактические цели. Однако во время «красного террора» дело обстояло совершенно по-иному, никакими конкретными условиями взятие «заложников» не обусловливалось. По сути, это были не заложники, а люди, большинство из которых были арестованы именно с намерением расстрелять их. Разумеется, среди заложников были и взятые с конкретной целью — семьи офицеров, мобилизованных в РККА, — для предотвращения их бегства (поскольку предписывалось назначать на командные должности только лиц, имеющих родственников на советской территории). Однако среди расстрелянных таковые составляли лишь доли процента.

Большевики отнюдь не стеснялись своей репрессивной деятельности и не пытались скрывать её масштабы. Скорее наоборот, они стремились распространить информацию о терроре как можно шире, запугать и тем самым привести к покорности как можно больше потенциальных противников советской власти. В первые же дни после официального объявления «красного террора» Дзержинский отдал распоряжение об издании «Еженедельника ВЧК», которому предназначалось всячески поддерживать «справедливую жажду мести» в массах. Шесть недель, вплоть до своего закрытия, «Еженедельник» методично сообщал о взятии заложников, заключениях в концентрационные лагеря, казнях и т.п. Это издание представляет собой официальный источник по истории «красного террора» за сентябрь — октябрь 1918 г. В ряде провинциальных городов (Царицыне, Перми и др.) издавались также «Известия Губчека» местного масштаба. В Казани в том же 1918 г. выпускался журнал «Красный террор» под грифом ЧК по борьбе с контрреволюцией на чехословацком фронте. В 1919 г. в Киеве ту же задачу выполнял орган Всеукраинской ЧК — газета «Красный меч». Центральные и провинциальные советские газеты в тот период также постоянно печатали «расстрельные списки».

Первые сведения о «красном терроре» передовая статья советского официоза комментировала так: «Со всех концов поступают сообщения о массовых арестах и расстрелах. У нас нет списка всех расстрелянных с обозначением их социального положения, чтобы составить точную статистику в этом отношении, но по тем отдельным, случайным и далеко не полным спискам, которые до нас доходят, расстреливаются преимущественно бывшие офицеры». В газетах можно найти сведения о десятках расстрелянных на гребне сентябрьско-октябрьского террора практически по всем уездным городам и о сотнях по областным. В ряде городов (Усмани, Кашине, Шлиссельбурге, Балашове, Рыбинске, Сердобске, Чебоксарах) «подрасстрельный» контингент был исчерпан полностью. С начала 1919 г. центральные газеты стали публиковать меньше сообщений о расстрелах, поскольку уездные ЧК были упразднены и расстрелы сосредоточились в основном в губернских городах и столицах. В Петрограде с объявлением «красного террора» 2 сентября 1918 г. по официальному сообщению было расстреляно 512 чел. (почти все офицеры), однако в это число не вошли те сотни офицеров, которых расстреляли в Кронштадте (400) и Петрограде по воле местных советов и с учетом которых число казненных достигает 1300. Кроме того, в последних числах августа две баржи, наполненные офицерами, были потоплены в Финском заливе. В Москве за первые числа сентября расстреляно 765 чел., затем ежедневно в Петровском парке казнили по 10–15.

В 1919 г. террор, несколько ослабевший в Центральной России за существенным исчерпанием запаса жертв и необходимостью сохранения жизни части офицеров для использования их в Красной армии, перекинулся на занятую большевиками территорию Украины. 25 июля 1919 г. в «Известиях ВЦИК» было объявлено, что по всей Украине организуются комиссии красного террора и предупреждалось, что «пролетариат произведет организованное истребление буржуазии», а орган ВУЧК писал: «Объявленный красный террор нужно проводить по-пролетарски. За каждого расстрелянного нашего товарища в стане деникинцев мы должны ответить уничтожением ста наших классовых врагов». «Рутинные» расстрелы начинались сразу по занятии соответствующих городов, но массовая кампания, подобная осенней 1918 г., началась летом 1919 г., когда белые войска перешли в наступление и начали очищать Украину от большевиков: последние торопились истребить в ещё удерживаемых ими местностях все потенциально враждебные им элементы (действительно, украинские города дали белым массу добровольцев, перешло и множество офицеров, служивших в красных частях на Украине). Перед взятием Киева добровольцами (31 августа 1919 г.) в течение двух недель было расстреляно несколько тысяч человек, а всего за 1919 г. по разным данным, 12–14 тыс. чел., во всяком случае, только опознать удалось 4 800 чел.

В Екатеринославе до занятия его белыми погибло более 5 тыс. чел., в Кременчуге — до 2500. В Харькове перед приходом белых ежедневно расстреливалось 40–50 чел., всего свыше 1000. Ряд сообщений об этих расстрелах появлялся в «Известиях Харьковского Совета». В Чернигове перед занятием его белыми было расстреляно свыше 1 500 чел., в Волчанске — 64. В Одессе за три месяца с апреля 1919 г. было расстреляно 2 200 чел. (по официальному подсчету Деникинской комиссии — 1 300 с 1 апреля по 1 августа), ежедневно публиковались списки в несколько десятков расстрелянных; летом каждую ночь расстреливали до 70 человек. Всего на Юге в то время число жертв определяется в 13–14 тысяч.

Особенно массовый характер носили расстрелы, проводившиеся после окончания военных действий, особенно в конце 1920 — начале 1921 гг. в Крыму, где было уничтожено около 50 тыс. чел., и в Архангельской губернии, куда, помимо пленных чинов Северной армии генерала Миллера, вывозились арестованные в ходе массовой кампании летом 1920 г. на Кубани, сдавшиеся в начале 1920 г. чины Уральской армии и другие «контрреволюционеры».