Ф.К. Авелан и З.П. Рожественский, формально продолжая линию покойного П.П. Тыртова, оказались не в состоянии быстро реагировать на обострение политической обстановки. Они допустили и промедление в совершенствовании структуры центрального управления, особенно в развитии оперативных функций Главного морского штаба. Предпринятое еще в 1900 г. расширение штатов Морского министерства, вызванное количественным ростом флота, усилило, в основном, его хозяйственную часть. Так, в помощь начальнику Главного управления кораблестроения и снабжения (ГУКиС) назначили самостоятельного начальника Отдела сооружений. ⁴⁶ Другие отрасли центрального и портовых управлений получили дополнительные штатные должности офицеров и чиновников. Предложение вице-адмирала И.Ф. Лихачёва о создании Морского Генерального штаба по-прежнему оставалось в забвении.

Идея о необходимости заблаговременной разработки плана войны была вновь высказана посредниками в отчете о военно-морской стратегической игре, проведённой в Морской академии в 1902 г. В ноябре 1902 г. в развитие этой идеи помощник начальника ГМШ контр-адмирал А. А. Вирениус представил управляющему министерством доклад о создании в составе штаба особого Оперативного отделения. Подробное обоснование и программа деятельности отделения, главной задачей которого являлось «выработка плана войны», были выполнены лейтенантом А.Н. Щегловым.

Однако адмирал П.П. Тыртов согласился лишь на временное усиление с 1 января 1903 г. существующего Военно-морского ученого отдела ГМШ двумя штаб-офицерами для реализации предложенной программы. Проекты создания Оперативного отделения ГМШ и соответствующих отделений в портах, о чем, в частности, ходатайствовал главный командир Кронштадского порта вице-адмирал С.О. Макаров, обсуждались в Морском министерстве почти целый год.

Наконец в феврале 1904 г. — после начала войны с Японией — состоялось учреждение Стратегической части Военно-морского ученого отдела ГМШ, заведующим которого был назначен капитан 2-го ранга Л.А. Брусилов. Новая структура так и не смогла занять подобающего места в управлении флотом. Система управления во время войны претерпела существенные изменения, которые отнюдь не всегда отвечали сложившейся обстановке.

Летом 1902 г. в ГМШ под руководством вице-адмирала Ф.К. Авелана были разработаны обоснования и проект будущей 20-летней (1903–1923 гг.) кораблестроительной программы. Заданием предусматривалось сохранение трёх сильных флотов: Балтийского — равносильного германскому флоту, Тихоокеанского и Черноморского — превосходящих флоты Японии и Турции соответственно.

Согласно проекту ГМШ, к 1923 г. флот должен был достигнуть следующего состава:

— 47 эскадренных броненосцев (из них 12 для Чёрного моря);

— 20 броненосных крейсеров (2 для Чёрного моря);

— 6 броненосцев береговой обороны — все для Чёрного моря;

— 48 лёгких крейсеров (12 для Чёрного моря);

— 332 эсминца (42 для Чёрного моря);

— 235 миноносцев (16 для Чёрного моря);

— 104 других корабля (в т. ч. подводные лодки). ⁴⁷

Утверждение этой грандиозной программы требовало постепенного двукратного увеличения морского бюджета, что представлялось нереальным министерству финансов. Обсуждение её с привлечением многих видных адмиралов затянулось до начала войны. В январе 1903 г. для сохранения непрерывности кораблестроения генерал-адмирал и П.П. Тыртов приняли решение о строительстве в счёт будущей программы двух эскадренных броненосцев для Балтики и двух для Чёрного моря. ⁴⁸ В конце года к ним добавили шесть эскадренных миноносцев, а январе 1904 г. — подводную лодку.

Во время русско-японской войны Морское ведомство предприняло меры по срочному пополнению флота путем заказа отечественным и иностранным заводам крейсеров, эскадренных миноносцев, подводных лодок, а также приобрело ряд готовых судов за границей. Восемнадцать минных крейсеров и подводная лодка строились на средства Комитета по усилению флота на добровольные пожертвования, действовавшего практически независимо от министерства. Почти все эти корабли, созданные без какой-либо обоснованной программы, вступили в строй после 1905 г. и не смогли оказать влияния на соотношение сил и ход военных действий на море.

Основная часть российских кораблестроительных программ 1895 и 1898 годов была выполнена казёнными заводами и верфями, которые в связи с небывалым объёмом кораблестроительных работ на рубеже XIX–XX вв. получили значительное развитие. При этом на первое место выдвинулся Балтийский судостроительный и механический завод, построивший, не считая прочих кораблей, пять эскадренных броненосцев из одиннадцати. Начальнику завода корабельному инженеру генерал-майору К.К. Ратнику в условиях хозяйственной самостоятельности удалось поддерживать хорошую организацию работ и своевременно обновлять оборудование мастерских. Число мастеровых, для подготовки которых имелась ремесленная школа, превысило 6000 человек. Завод мог одновременно строить два больших броненосных корабля на стапелях и два достраивать на плаву. Изготовлял он и главные механизмы любой мощности. Машины и котлы Балтийского завода поставлялись также на корабли, строившиеся на других верфях. Валовая производительность в 1904 г. составила 12,8 млн. рублей, чистая прибыль — 2,1 млн. рублей. ⁴⁹ Сроки постройки броненосца — 39–40 месяцев — достигнутые балтийцами, находились на уровне показателей лучших иностранных заводов. Не уступало последним и качество работ. Наличие опытных корабельных инженеров, таких как В.Х. Оффенберг, К.Я. Аверин, Н.Н. Кутейников, позволяло Балтийскому заводу вести самостоятельное проектирование.

В отличие от Балтийского завода, другие казённые верфи имели недостаточное оборудование и страдали от архаичной организации производства, определявшейся сложным взаимодействием портовых управлений с центральными учреждениями Морского ведомства. Апологетом сложившегося порядка в 1896–1902 гг. являлся начальник ГУКиС вице-адмирал В.П. Верховской, сторонник мелочной экономии и строгой централизации — своеобразной командно-административной системы того времени. Верфи Санкт-Петербургского порта — Новое адмиралтейство и Галерный островок (до 3500 мастеровых на обеих) располагали четырьмя стапелями для больших кораблей. Два таких стапеля были в Севастопольском (1000 мастеровых) и один в Николаевском (1500 мастеровых) адмиралтействах. Квалификация рабочих была недостаточной из-за сезонной их занятости и небольшой заработной платы. Производительность и оборудование корпусных цехов отставали от потребностей, а крупное литьё получали с других заводов. Загруженность немногочисленных — из экономии — инженеров ограничивала возможности по составлению проектов кораблей.

Введение в 1900 г. «Положения о новом судостроении в Санкт-Петербургском порту», предоставившее корабельным инженерам большую самостоятельность, в условиях сохранявшейся слабой технической оснащённости не смогло привести к коренному увеличению скорости и. улучшению качества работ. ГУКиС по-прежнему сохраняло монополию на производство заказов, недостаточно увязывая их с требованиями МТК и проявляя мелочную экономию в оборудовании верфей. В этих условиях знания и энергия главного корабельного инженера Санкт-Петербургского порта Д.В. Скворцова расходовались на решение организационных вопросов и бесконечные требования ускорения поставок. Достройка кораблей на воде неоправданно затягивалась, многие же из них превращались в настоящие «долгострои». Так, броненосец «Ослябя» строился Новым адмиралтейством 93 месяца, в результате чего опоздал на Дальний Восток к началу войны. Не лучшие результаты показывали и адмиралтейства Черноморского флота, удаленные от центров производства орудий и брони. Для постройки броненосца «Князь Потёмкин Таврический» Николаевскому адмиралтейству потребовалось более 88 месяцев. ⁵⁰