В 1903 г., также в «Морском сборнике», было опубликовано исследование лейтенанта Н.Н. Хлодовского «Опыт тактики эскадренного боя», характерное стремлением автора выработать практические рекомендации по построению боевого порядка, маневрированию и взаимодействию сил в бою. При некоторой переоценке преимуществ строев простого и сложного фронта Н.Н. Хлодовский впервые обосновал необходимость глубокого боевого порядка — из главных сил (эскадренных броненосцев) и так называемого «резерва» — отрядов броненосцев 2-й линии, крейсеров и миноносцев, которые своим огнём и маневром в эскадренном сражении действовали в интересах решения общей задачи — уничтожения противника. Основной формой маневра в бою он считал охват главных сил противника.

Тактические взгляды Н.Н. Хлодовского находились на уровне высших мировых достижений, однако они, как и взгляды его предшественников в теории тактики, не получили официального признания. Высшее морское командование, будучи носителем общего достаточно пренебрежительного отношения к тактическим вопросам, не озаботилось формированием единства тактических взглядов. Даже после начала войны адмиралы Ф.К. Авелан и З.П. Рожественский далеко не сразу изыскали 500 рублей для повторного издания «Рассуждений по вопросам морской тактики» С.О. Макарова, который хотел распространить свой труд среди офицеров Тихоокеанского флота.

Для ликвидации столь важного пробела многое сделал сам вице-адмирал С.О. Макаров, вернувшийся к тактическим вопросам в бытность командующим флотом. 4 марта 1904 г. своим приказом он ввёл «Инструкцию для подхода и боя» — первое боевое наставление в истории российского броненосного флота. 54 статьи инструкции ставили конкретные задачи отрядам крейсеров и миноносцев, определяли способы маневрирования отряда броненосцев, управление которым командующий оставлял за собой. Замысел сражения, разработанный С.О. Макаровым, включал маневрирование главных сил в строю сомкнутой кильватерной колонны, сосредоточение сил на части сил противника с постановкой его в два огня с помощью крейсеров и дневные атаки миноносцев. «Побеждает тот, — писал Макаров, — кто хорошо дерётся, не обращая внимания на свои потери и памятуя, что у неприятеля этих потерь ещё больше». ⁸⁷ С.О. Макаров следовал традициям наступательной тактики, характерной для эпохи расцвета отечественного парусного флота конца XVIII — начала XIX вв. К «Инструкции» прилагались схемы, однофлажные сигналы для управления при важнейших эволюциях и «Инструкция для управления огнём в бою», составленная флагманским артиллеристом флота капитаном II ранга А. К. Мякишевым. В последней впервые были заложены основы эскадренной стрельбы на больших дистанциях при корректуре данных по наблюдениям падений залпов каждого корабля. ⁸⁸

К сожалению, «Инструкция для похода и боя» не была использована ни приемниками С.О. Макарова, ни на 2-й эскадре Тихого океана, где господствовали примитивные тактические взгляды, извращавшие сущность боевого предназначения кораблей различных классов. В течение года подготовки и похода 2-й эскадры вице-адмирал З.П. Рожественский и его штаб оказались не в состоянии не только составить боевое наставление, но пренебрегли даже обсуждением тактического замысла на собраниях флагманов и капитанов. Отдельные указания по способам действий, разбросанные в нескольких приказах, ориентировали главные силы на линейный боевой порядок — длинную кильватерную колонну, крейсера — на защиту транспортов, а миноносцы — на спасение адмиралов с флагманских кораблей. Маневрирование предусматривалось только для отдельных отрядов на различные варианты появления противника (спереди, сзади и т. п.). Ни простейших эволюционных сигналов, ни обоснованных способов эскадренной стрельбы в приказах не предусматривалось.

К этому следует добавить, что опыт войны практически не обобщался в ГМШ, и 2-я эскадра прибыла на театр военных действий с довоенным уровнем теории тактики слегка «подновленным» отрывочными сведениями с Владивостокского крейсерского отряда и недостоверной информацией о действиях главных сил флота у Порт-Артура.

В развитии теории стратегии большое значение имели ежегодные военно-морские игры в Морской академии, где чередовались темы «Война России с Японией» и «Война России с Германией». Отчёты об этих играх, составленные такими способными офицерами, как Н.Л. Кладо и Л.Ф. Кербер и обобщавшие взгляды совета посредников и «воюющих» сторон, представляли собой ценный материал для теоретических выводов. Одновременно они использовались для постановки курса морской стратегии в академии.

В выработке принципов введения морской войны офицеры российского флота обоснованно обращались к опыту сухопутной стратегии, получившей в XIX в. большое развитие. Примером удачного применения этого опыта явилась записка офицера ГМШ лейтенанта А.Н. Щеглова (ноябрь 1902 г.), в которой он обосновал понятия плана войны, оперативного плана, плана сосредоточения, мобилизационных плана и расписания.

Передовые стратегические взгляды были характерны для вице-адмирала С.О. Макаров, который в записке по проекту программы судостроения на 1903–1923 гг. сделал подробный анализ значения отдельных морских театров для России. Он также обосновал необходимость определения состава и развёртывания флота в зависимости от задач, которые ему предстоит решать в будущей войне.

Если записка С.О. Макарова имела характер частного мнения, то работа А.Н. Щеглова использовалась в работе ГМШ и впоследствии послужила отправной точкой для создания Морского генерального штаба. Несмотря на это, даже её теоретические положения не были восприняты большинством адмиралов, отвечавших за военное планирование. В среде флагманов и старших командиров преобладали извращенные стратегические понятия с явно оборонительными тенденциями. Суть их сводилась к защите флотом определённых ключевых позиций (по аналогии с Севастополем, Кронштадтом и Свеаборгом в Крымской войне). Взаимодействие с армией понималось примитивно — как помощь ей орудиями и личным составом. При этом игнорировался главный объект воздействия флота — флот противника, который предполагалось отражать у своих берегов.

Во время войны с Японией стратегические просчеты имели тяжелые последствия и побудили капитана 2-го ранга Н.Л. Кладо в ноябре 1904 г. выступить в открытой печати («Новое время») с серией очерков под общим названием «После ухода Второй эскадры Тихого океана». Целью публикации было обратить внимание общественности на необходимость максимального усиления 2-й Тихоокеанской эскадры подкреплениями с Балтики, а, возможно, и из Чёрного моря. Для обоснования такого усиления Кладо сделал стратегический обзор на море, показав пренебрежение высшего флотского руководства принципом сосредоточения сил на главном направлении. Он показал, что флот в войне играл главную роль, но не смог обеспечить владения морем, потому что вместо активных действий против японского флота с целью разгромить или ослабить его в генеральном сражении использовался для обороны Порт-Артура. «Наше непонимание значения флота часто вело к противоестественной роли флота — отдавать все свои силы на защиту приморской крепости», — писал Н. Л. Кладо. ⁸⁹

Работа Кладо быстро достигла практической цели, что нечасто бывает с теоретическими трудами. Вслед 2-й Тихоокеанской эскадре был послан отдельный отряд контр-адмирала Н.И. Небогатова. Однако, время для исправления положения было упущено. Автору критические выступления в печати стоили исключения из службы, а через 12 дней после соответствующего приказа произошла Цусимская катастрофа, которая осветила подлинную картину стратегического и тактического руководства флотом.

В развитии специальных отраслей военно-морской науки рубеж XIX–XX вв. был отмечен целым рядом важных достижений. В 1897–1903 гг. Гидрографической экспедицией Байкальского озера под руководством полковника Ф.К. Дриженко была выполнена съёмка берегов и впервые составлены достаточно точные карты. Гидрографическую экспедицию Северного Ледовитого океана в 1898–1901 гг. возглавлял полковник А.И. Вилькицкий, под руководством которого были исследованы берега Баренцева и Карского морей, Печорский залив, пролив Маточкин Шар. Участниками экспедиций — морскими офицерами был написан ряд оригинальных научных трудов по гидрографии, географии и краеведению. На основе многолетнего опыта плаваний и исследований Главное гидрографическое управление в 1903 г. издало подробное «Руководство для плавания из Кронштадта во Владивосток и обратно».