В 1898 г. были созданы сразу два новых портовых управления — в Порт-Артуре и в Либаве — Порт императора Александра III. Оба их отнесли к портам 2-го разряда. В 1901 г. в Либаве были окончены два больших сухих дока — Императрицы Марии и Императрицы Александры — размерами 183 х 25,9 х 9,14 м каждый. Через год там завершили сооружение аванпорта, бассейна и канала. Рядом на берегу располагались здания администрации, казарм и мастерских. Работы же по углублению аванпорта и благоустройству территории не были окончены и к 1904 г. В мастерских не хватало станков, а главное — хорошей организации и квалифицированных кадров. Тем не менее Порт Александра III стал местом сбора 2-й эскадры Тихого океана, а в декабре 1904 — январе 1905 гг. снарядил для похода отдельный отряд судов контр-адмирала Н.И. Небогатова. Впервые в истории Балтийский флот отправился в море в середине зимы, что было бы невозможно при отсутствии незамерзающего порта.

Для защиты Либавы Военным министерством строилась крепость, приморский фронт которой вооружался береговыми батареями с орудиями калибров И", 10" и 6", а также 9" и И" мортирами. Дальность стрельбы пушечных батарей составляла от 60 (10") до 74 (11") кб. По мнению артиллерийского отделения МТК батареи не могли предотвратить бомбардировку порта германским флотом, новые орудия которого обладали большей дальнобойностью. Для повышения устойчивости приморского фронта генерал-майор А.С. Кротков [главный инспектор артиллерии — начальник артиллерийского отдела МТК. — Ред.] в январе 1903 г. предложил построить позади волнолома 12" башенные батареи. Это радикальное решение позволяло не только уравнять мощь береговой и корабельной артиллерии (по калибру орудий), но и обеспечить береговым батареям определённые преимущества в борьбе с флотом противника. Предложение Кроткова было реализовано далеко не сразу, но оно предвосхищало одно из главных направлений в развитии береговой артиллерии вплоть до второй мировой войны.

Несмотря на сооружение Либавы, Кронштадт продолжал сохранять значение главной базы и самого надёжного опорного пункта флота. Именно в Кронштадском порту в 1904 г. снаряжалась многочисленная 2-я эскадра Тихого океана. Оборудование порта пополнилось «нефтяной станцией» для заправки кораблей мазутом, но в целом оно оставляло желать лучшего, и не позволяло выполнять многие работы. Архаичные сооружения порта, страдавшего хаотичной планировкой, нуждались в реконструкции. Для защиты подступов к Кронштадту на южном берегу Финского залива Инженерное ведомство соорудило новые форты («Красная Горка», «Серая Лошадь») с И", 10" и 6" орудиями.

На Чёрном море Севастополь в 1900 г. был преобразован в главный военный порт, став местопребыванием главного командира Черноморского флота. Таким образом, были окончательно ликвидированы последствия Крымской войны и подтверждено уже сложившееся базирование основных сил флота на Севастополь, географическое положение которого позволяло вести активные действия на всём Черноморском театре. Николаевский порт 2-го разряда сохранил значение тыловой и главной судостроительной базы.

Значительно хуже обстояло дело с системой базирования флота на Дальнем Востоке. ⁹⁴ Оборудование мастерских Владивостокского порта к 1904 г. было окончено не более, чем наполовину. Второй сухой док только строился. На складах имелось 57 тыс. т. кардифского угля, запасы которого могли пополняться только за счёт импорта морским путём. Расположение батарей приморского фронта Владивостокской крепости (восемь рот крепостной артиллерии) не гарантировало порт от обстрела с моря. Береговые орудия были устаревших систем, а укрепления сухопутного фронта были далеки до готовности.

В Порт-Артуре к началу войны успели углубить Восточный и Западный бассейны, которые могли вместить всю эскадру. Однако проход на внешний рейд оставался мелководным и позволял выводить броненосцы только во время полной воды. Ширина ворот большого дока (175,5 х 23,5 х 10,5 м) не допускала ввода эскадренных броненосцев, лишённых, таким образом, возможности исправлять повреждения подводной части. Строился новый сухой док, но он не мог быть окончен в ходе войны. Зато старый китайский док для миноносцев находился в заброшенном состоянии. В порту имелось 125 тыс. т кардифа и более 84 тыс. т мягкого угля, что обеспечивало потребности флота в первые месяцы активных действий. Однако на складах не хватало половины крупнокалиберных 10" — 12" и 60 % 6" снарядов второго боевого комплекта эскадры. Строительство Порт-Артурской крепости было не закончено. Готовность приморского фронта составляла 67 %. на его батареях были установлены 108 орудий, из них только пять 10" пушек (батарея «Электрический утёс» и отчасти 6" орудия Канэ были пригодны для боя с современными броненосцами.

Слабым звеном дальневосточных портов были кадры мастеровых, значительную часть которых по решению Морского министерства составляли местные китайцы. Хотя во Владивостоке имелось 1080, а в Порт-Артуре — даже 1473 портовых рабочих, они оказались не в состоянии проводить ремонт боевых повреждений. Во время войны инженеров и мастеровых пришлось доставлять из европейской России, в том числе с Балтийского завода. Одновременно усиливалось оборудование и пополнялись запасы портов, а также укреплялась их приморская и сухопутная оборона. К лету 1905 г. средства Владивостокского порта достигли большого развития, а его крепостные сооружения защищались многочисленным гарнизоном. Все это оказалось невозможным для главной базы — Порт-Артура, который с мая 1904 г. был отрезан противником и не смог в полной мере обеспечивать потребности флота.

На Дальнем Востоке также не было оборудовано опорных пунктов на побережье, которые могли бы служить для временной стоянки кораблей и отрядов. Порт Дальний совершенно не имел береговой обороны, а после его захвата противником сослужил хорошую службу только японским армии и флоту, став их базой снабжения. Во время войны русские не смогли воспользоваться для морских операций такими выгодными пунктами, как заливы Посьет, Владимир и Ольга в Приморье, Корсаковский пост на Сахалине и острова Эллиот в Жёлтом море. Таким образом, подготовка театра военных действий на Дальнем Востоке явно не отвечала требованиям обстановки.

В развитии организации флота наблюдались тенденция к расширению береговых элементов и углубление их противоречий с реальными потребностями плавающих кораблей и соединений. В 1900 г. в Балтийском флоте добавили два новых флотских экипажа (19-й и 20-й), которые комплектовали экипажи броненосцев «Победа» и «Цесаревич», крейсеров «Богатырь», «Новик» и «Боярин» и других кораблей. Через два года для команд миноносцев Тихоокеанской эскадры в Порт-Артуре был сформирован Квантунский флотский экипаж.

Двадцать флотских экипажей Балтийского флота распределялись между Кронштадтом (основная часть), Санкт-Петербургом и Либавой. Между тем, формально принадлежащие им корабли годами находились в Средиземном море или в Тихом океане. Неудобства такого положения сказывалось на многочисленной эскадре Тихого океана, комплектования которой по-прежнему связывалось с береговыми частями Балтийского моря. Сохранение развитых береговых структур становилось совершенно бессмысленным в условиях, когда экипажи броненосцев и крейсеров круглый год размещались на своих кораблях.

Тем не менее, штатное расписание чинов флота, определяемое потребностями ненужной экипажной структуры флотских дивизий, препятствовало совершенствованию боевой организации флота. Необходимость этого совершенствования вызывалась сложившейся уже дифференциацией корабельного состава. Корабли различных классов, имеющие свою специфику, нуждались в подразделении на отряды с постоянными начальниками, которые в мирное время отвечали за боевую подготовку, а в военное — водили эти отряды в бой.