В 1901 г. учреждаются два переходящих императорских приза для кораблей эскадры Тихого океана и Черноморского флота за лучшую стрельбу из орудий. 21 приз был установлен для поощрения командиров и инструкторов Учебно-артиллерийского отряда.
Вместе с тем, на боевой подготовке всё больше сказывались последствия длительного мирного времени и применение цензовой системы прохождения службы офицерами. Частые перемещения командиров и судовых офицеров, приоритет очередности назначений и последовательности производства в чины над личными качествами и способностями порождали боязнь ответственности за возможные происшествия и условности в отработке боевых упражнений. Большинство флагманов также следовало сложившимся обычаям, а «творчество» отдельных из них противоречило тенденциям развития военно-морского дела. Случалось, что «цензовые» командиры, не уверенные ни в себе, ни в подчинённых, обозначая положенные выстрелы минами Уайтхеда, просто выбрасывали за борт их боевые винты. 97
В боевой подготовке преобладали рейдовые учения, на которых сложные боевые упражнения отрабатывались по многочисленным отдельным элементам. После войны капитан 2-го ранга В.И. Семёнов писал, что пресловутая «ведомость 286 учений» имела «огромное значение в превращении осмысленных занятий в механическое отбывание номеров». 98
Чередование флагманов и командиров — следствие «цензовой» системы — при отсутствии единства тактических взглядов и недостатков организации не позволяло создать морской и тактической школы, подобной школам М.П. Лазарева или Г.Н. Бутакова. Балтийский флот постепенно превратился в депо для снабжения кораблей на Дальний Восток и в собрание учебных отрядов. Новые броненосцы и крейсера плавали на Балтике почти исключительно в отдельных отрядах судов, назначенных для испытаний. Несмотря на слабое противодействие адмирала П.П. Тыртова, с каждым годом всё больше боевых единиц зачислялось в учебные отряды — артиллерийский, минный, морского корпуса, которые вскоре стали доминировать над Практической эскадрой. Кампания 1898 г. стала для неё последней: в следующем году эскадру переименовали в Учебную, а в 1900 г. — преобразовали в Учебно-практический отряд, реальную боевую силу которого представляли миноносцы. 99 В кампании 1903 г., с пополнением флота эскадренными миноносцами типа «Сокол» это соединение получило наименование Практический отряд обороны побережья Балтийского моря. Соединённые оборонительные отряды уже во время войны — летом 1904 г. — непродолжительное время плавали под флагом главного командира Балтийского флота.
В кампании 1898 г. Практической эскадрой (четыре броненосца, минный крейсер, восемь миноносцев) командовал вице-адмирал С.О. Макаров. Единственный из флагманов российского флота, он стремился направить боевую подготовку на решение тактических задам, приближённых к реальной обстановке морского сражения. При этом С.О. Макаров опирался на «Рассуждения по вопросам морской тактики», распространённые им на кораблях. В ходе эскадренных учений отрабатывались дневные и ночные атаки миноносцев с их отражением, артиллерийские стрельбы по пирамидальным щитам, по парусным лайбам (дистанция 7-11 кб, по два боевых выстрела из крупных орудий), по береговым укреплениям. Используя специальные учебные зарядные отделения, броненосцы стреляли минами Уайтхеда друг в друга. Проверка организации борьбы за живучесть сопровождалась фактическим наливом воды водонепроницаемые отделения. 100
Каждое учебно-боевое упражнение командующий предварял приказом с постановкой задач и личным инструктажем командиров, а заканчивал критическим разбором. Интенсивные учения в сложной обстановке неизбежно приводили к повреждениям кораблей и их техники. С.О. Макаров не делал из этого проблемы и лично руководил исправлением миноносца № 116, пробитого миной, и миноносца № 110, который во время ночной атаки протаранил броненосец «Адмирал Ушаков». Оба корабля остались с эскадрой. Не получил взыскания и командир миноносца № 110 лейтенант К. К. Юрасовский, стремившийся выпустить мину с кратчайшей дистанции.
В кампании 1899 г. Учебной эскадрой (три броненосца, шесть миноносцев) командовал вице-адмирал В.П. Мессер, который не увлекался разработкой тактических правил, но весьма обстоятельно подошёл к порученной ему проверке нового двухфлажного Свода морских эволюции. Однако командующий не имел полноценных отрядов крейсеров и эскадренных миноносцев и так и не смог испытать Свод в полном объеме. «Результаты более чем ничтожны» — честно докладывал В.П. Мессер управляющему министерством. 101
С 1900 г. самым многочисленным соединением в летнем плавании на Балтике стал Учебно-артиллерийский отряд. Например, в кампании 1902 г. он насчитывал семь броненосцев, два броненосных крейсера, минный крейсер, четыре миноносца и 4700 офицеров и матросов. Главным содержанием боевой подготовки отряда оставалась ежедневная однообразная отработка уроков стрельбы для комендоров. С 1902 г. для стволиковых стрельб вместо 37мм начали применять стволы 47мм пушек, что позволило увеличить дистанцию до 10–12 кб. Но эти стрельбы, так же как и стрельбы боевыми зарядами и снарядами, проводились в обстановке, далёкой от возможных боевых условий. Так, командующие отрядом контр-адмиралы З.П. Рожественский (1900–1902 гг.) и Д.Г. Фелькерзам (1903 г.) предпочитали стрелять из крупных орудий по земляным сооружениям на острове Карлос. Хотя эти стрельбы проводились с дистанций 25–32 кб — сравнительно больших для иностранных флотов — они не давали реальной картины управления огнём, так как корректура велась по хорошо заметным столбам дыма и пыли, а не по всплескам, типичным при стрельбе по морским целям. Тактические учения на Учебно-артиллерийском отряде были редкостью. В 1901 г. он участвовал в «соединённых маневрах сухопутных войск и флота», а в следующем году — в маневрах на Ревельском рейде в присутствии Николая II и его гостя — германского императора Вильгельма II. Первые маневры свелись к перевозке и высадке войск 23-й пехотной дивизии, усиленной судовым десантом (766 чел.). Вторые явно носили показной характер и вызвали не совсем оправданные восторги отечественной и иностранной прессы по поводу точности стрельбы.
Чисто учебные задачи решались и в ежегодных плаваниях в Атлантику старых крейсеров «Генерал-Адмирал» и «Герцог Эдинбургский». Они служили хорошей школой морской выучки для офицеров, матросов и будущих строевых квартирмейстеров.
Единственный на Балтике быстроходный крейсер «Светлана» использовался в качестве яхты генерал-адмирала. Летом 1899 г. «Светлана» под командованием капитана 1-го ранга К. Д. Нилова с великим князем Владимиром Александровичем на борту совершила поход в Архангельск и обратно. По пути крейсер посетил Екатерининскую гавань в Кольском заливе, где был основан порт Александровск (ныне — Полярный).
В августе-сентябре 1899 г. официальный визит в Данию совершил броненосец береговой охраны «Генерал-адмирал Апраксин» под командованием капитана 1 — го ранга В.В. Линдестрема. 13 ноября 1899 г. на переходе из Кронштадта в Либаву этот броненосец в ненастную погоду выскочил на каменистую отмель у о. Гогланд в Финском заливе. Тяжёлая авария, которая едва не привела к гибели корабля, явилась следствием не только ошибочных расчётов командира и штурмана (лейтенант П.П. Дурново), но и несовершенства средств кораблевождения того времени, а также слабого навигационного и оперативного оборудования театра. Последним возмутился даже Николай II, обративший внимание П.П. Тыртова на отсутствие телеграфа в «главнейших пунктах» Финского залива. Слабость аварийно-спасательных средств флота привела к тому, что работы по снятию броненосца затянулись до апреля 1900 г. Зато в достижении конечного успеха важную роль сыграли ледокол «Ермак» и радиосвязь, которые помогли спасти броненосец и отчасти подмоченную репутацию Морского ведомства. Ремонт «Апраксина» завершился в 1901 г.