Так и для группы офицеров, приехавших в Архангельск в 1647 году вместе с В. Брюсом, вопрос об их службе царю не был окончательно решен. После прибытия в Москву мытарства путешественников не закончились. Несмотря на то что 1 ноября был издан указ, в котором говорилось: «…бытии им ныне у Государя на дворе и видеть ево царские очи… маеору и капитаном… порутчиком… прапорщиком да солдатом, да стволовому мастеру… Государь велел спросить о здоровье и пожаловал к руке», условия для несения службы в Москве для многих иностранцев были неприемлемы. Дело в том, что многие из них прибыли в Россию с семьями.

С января по май 1648 года иностранные офицеры обращались к царю с «челобитными», в которых сообщали о невзгодах, приключившихся с ними на русской земле, о том, что они с женами и детьми вынуждены «болтаться меж двор, просить подаяния и нищенствовать». Они просили царя увеличить им содержание. Возможно, ввиду того, что Вилим Брюс прибыл в Россию один без семьи, он одним из первых согласился на те условия содержания, которые предложило новое отечество.

В качестве иллюстрации об отношении к иностранцам в Москве приведем отрывок из «Дневника» Патрика Гордона, прибывшего в Москву в 1661 году: «Здесь… я убедился, что на иноземцев смотрят как на сборище наемников и в лучшем случае (как говорят о женщинах) — necessaria mala (лат, неизбежное зло); что не стоит ожидать никаких почестей или повышений в чине, кроме военных, да и то в ограниченной мере, а в достижении оных более пригодны добрые посредники и посредницы, либо деньги и взятки, нежели личные заслуги и достоинства; что низкая душа под нарядной одеждой или кукушка в пестром оперении здесь так же обыкновенны, как притворная или раскрашенная личина; что с туземцами нет супружества; что вельможи взирают на иностранцев едва ли как на христиан, а плебеи — как на сущих язычников; что нет индигената без отречения от былой веры и принятия здешней; что люди угрюмы, алчны, скаредны, вероломны, лживы, высокомерны и деспотичны — когда имеют власть, под властью же смиренны и даже раболепны, неряшливы и подлы, однако при этом кичливы и мнят себя выше всех прочих народов».

Поводом для такой оценки послужило то, что Патрик Гордон был обескуражен требованием от него взятки только за то, что дьяк должен был выполнить распоряжение боярина о выдаче жалованья ему и его подчиненным, также прибывшим служить в Москву. Вероятно, эти же проблемы оказались неразрешимыми и для группы иностранцев в 1647 году.

В течение семи лет службы в полку барона Ягана Лесли с жалованьем 5 алтын в день В. Брюс выше чина прапорщика не поднялся. Лишь в 1654 году началась военная карьера Вилима Брюса. Во время войны против Речи Посполитой он участвует в походе на Смоленск и быстро продвигается по службе. Об осаде Смоленска он писал: «…под Смоленском на многих выласках и на приступех был…», причем оказался в самой горячей точке сражения. «И за тое Смоленскую службу Великого Государя по имянному указу из капитанов пожалован в маеоры».

В следующем, 1655 году Вилим Брюс пожалован в подполковники и под командованием Иоганна Лесли участвовал в походе под Вильну, где поляки были разбиты и в конце июля 1655 года Вильна была взята.

В 1656 году начались военные действия против Швеции, напавшей с севера на Речь Посполитую. Брюс сообщает, что «во 7164 [1656] году из Москвы послан на службу Великого Государя под Ригу и з дороги из с под Полоцка з боярином Семеном Лукьяновичем Стрешним [Стрешневым] послан… под Динаборк…А из под Динаборка пришли под Куконаус и Куконаус приступом взяли.

И после того был под Ригою». Здесь при осаде Риги Брюс получил ранение: «и на выласке в трех местах ранен: в левую ногу да правый бок». П. Гордон утверждает, что осада Риги осуществлялась самолично царем, который вернулся в Москву с частью войск только после снятия осады, продолжавшейся шесть недель.

Напомню, что речь идет о царе Алексее Михайловиче, которого называли Тишайшим, считая, что он вообще не участвовал в военных действиях и дальше Преображенского из Москвы никуда не выезжал. В 1658 году В. Брюс после двухлетнего пребывания в Смоленске «по имянному указу за тое военную службу и за раны на Москве пожалован он изс подполковников в полковники в салдацкой же строй…».

Так, через четыре года после начала военных действий (а фактически, за сражения 1654–1656 годов) Вилим Брюс дослужился от прапорщика до полковника русской армии. «И послан на службу Великого Государя в Курск с полком. И после того был в Волхове и во Белеве. И по указу Великого Государя тот ево полк в Белеве роздал по разным приказом в стрельцы, а ему по указу Великого Государя и по грамоте велено быть к Москве с начальными людьми. И с Москвы послан в Смоленск с полком».

Полк Брюса принимает участие в военных действиях под Могилевом в 1660 году, где входил в подчинение князя Ю. А. Долгорукого.

В 1664 году полковника Брюса «пулькою ранили тяжелою увечною раною» под селом Сигновичи в Смоленском уезде.

После этого полковник Брюс в военных действиях участия не принимает.

В 1668 году сообщается о прибытии из Астрахани в Москву жены Брюса. Обстоятельства пребывания ее там пока неизвестны. Возможно, это связано с рождением сына Романа.

В русских архивах нет сведений о его жене. Письма Я. В. Брюса и его старшего брата Романа «братцу» Андрею Инглису, написанные в 1705–1706 годах после взятия Нарвы, давали повод российским исследователям, начиная с М. Д. Хмырова (1860-е годы), считать, что мать Якова Брюса первым браком была замужем за Юрием Инглисом. Брюс тогда получил земли в пригороде Нарвы, а Андрей Инглис был назначен комендантом Нарвы. Кстати, в письме указывается, что Брюс подарил сестре Инглиса Елене, бывшей замужем за H.H. Балком, дом.

Упомянутые уже исследования И. А. Блайс показывают, что жена Вилима Брюса приехала из Шотландии.

Впрочем, исследования родословной продолжаются.

До 1672 года Вилим Брюс жил в Смоленске, владея пожалованными ему двором и землями в Смоленском уезде. Однако при переформировании смоленских полков он был переведен в Москву. Все его поместья и вотчины в Смоленском уезде были отписаны на государя в 1673 году.

Живя в Немецкой слободе в Москве Брюс участвует в ежегодных весенних смотрах до 1679 года. Здесь в Москве выросли его дети, получили образование, которое позволило им впоследствии стать крупными военными и государственными деятелями. Этот вопрос освещается в исследованиях В. Ковригиной, которая пишет, что, еще до Петра I в царствование Алексея Михайловича, жители Немецкой слободы создавали школы при культовых учреждениях (кирхах, костелах), были подобные школы и в отдельных кварталах слободы, нанимались домашние учителя, гувернеры. Следовательно, получившее впоследствии распространение в России домашнее образование в Немецкой слободе существовало еще до Петра I. Здесь, пожалуй, важен не сам термин «домашнее образование», который предполагает обучение ребенка на дому нанятым для этого учителем, а само содержание процесса обучения, в ходе которого учитель практически передает не только свои знания, а жизненный опыт, «работая» в непосредственном контакте с учеником. Такой же характер был и у процесса образования в Немецкой слободе в то время. Иностранные специалисты, обучая своих детей, максимально пытались передать им свой жизненный опыт и знания, что не могло не сказаться на качестве образования. Хотя, естественно, определяющими в этом были таланты самих учеников. Кстати, В. А. Ковригина называет Романа и Якова Брюсов жителями Немецкой слободы, родившимися и выросшими здесь. Более того, она утверждает, что оба брата не только учились в Немецкой слободе, они и преподавали здесь.

Немецкая слобода была островком Европы на территории Москвы и отличалась тем, что жившие в ней представители разных стран во всем поддерживали друг друга. Не исключено и то, что после смерти Вилима Брюса в 1680 году его дети оказались на воспитании у кого-то из иностранцев, живших по-соседству.

У Вилима Брюса было трое детей. Его старшая дочь Елизавета впоследствии вышла замуж за полковника Джона Трейдона. Умерла в 1694 году.