Ризаль направляется в Мадрид и в том же 1882 году поступает на медицинский факультет университета. Следующие годы — период упорной и напряженной работы. Страстно и целеустремленно Ризаль отдается углубленному изучению медицины. Не довольствуясь этим, он одновременно посещает философский факультет, а вне университета занимается живописью и лепкой, изучает языки.

Языками Ризаль овладевал с поразительной легкостью. С детства он, кроме родного тагальского языка, знал испанский; в школе усвоил греческий и латинский; в Мадриде овладел французским, английским и итальянским языками. Позже к ним прибавилось знание немецкого, арабского, санскритского и древнееврейского языков и каталонского наречия. Английским языком он пользовался для записи путевых впечатлений, немецким — для научных работ, французским — для переписки с друзьями, испанским — для политических памфлетов и беллетристики, тагальским — для популярной литературы.

В мадридском университете Ризаль быстро обратил на себя всеобщее внимание. Не прошло и нескольких недель, как весь университет говорил о талантливом филиппинце, его блестящих успехах во всех науках и о его монашеской жизни. Он почти не показывался в кафе, клубах и кабачках, где любили проводить время студенты.

Кружок друзей Ризаля состоял из десятка-другого филиппинцев, одного англичанина и одного немца. Друзья собирались в скромном маленьком кафе почитать лондонские газеты, поиграть в шахматы или домино. Показываясь здесь довольно редко, Ризаль неизменно являлся душой и центром всего кружка. Он непрочь был поиграть в шахматы, и играл очень хорошо, но предпочитал горячие споры. Часто, слушая речи товарищей, он делал наброски карандашом, карикатуры, к сожалению, не сохранившиеся. В последнее свое посещение этого кафе перед отъездом из Мадрида он набросал на мраморе непокрытого стола карикатурные портреты всех присутствовавших. Их стерла тряпка лакея, но через несколько лет хозяин кафе дорого дал бы, чтобы они уцелели. Их стоимость превысила бы, пожалуй, стоимость всего кафе. В Мадриде Ризаль вел ту же трудовую жизнь, к какой привык еще в «Атенеуме». Усиленные занятия медициной не мешали ему поглощать массу книг исторического и политического содержания, изучать французских, немецких и английских классиков. Особенно увлекался он историей Соединенных Штатов, видя в ней урок национально-освободительной борьбы колоний. Единственное развлечение, которое он себе позволял, было посещение театра, когда это допускал его тощий кошелек. Присылаемых из дому денег не всегда хватало даже на его скромную жизнь, и он вынужден был давать уроки.

В Мадриде, как и в Барселоне, Ризаль еще далек от активной политической жизни. В среде филиппинских эмигрантов, с которыми он был более или менее тесно связан, пробуждение национально-освободительных идей находилось в этот период в самом зачаточном состоянии.

Бежавшие от угрозы арестов и преследований зажиточные филиппинские семьи, европейски образованная филиппинская молодежь пока осмеливались мечтать лишь о скромных реформах, даруемых самой Испанией. Поддержку своим надеждам либеральная филиппинская интеллигенция искала у прогрессивной части испанской буржуазии.

Нарождавшаяся испанская промышленная буржуазия видела необходимость реформ существовавшей системы колониального управления, мешавшей более современной эксплуатации колоний. Антиклерикальные круги испанской интеллигенции стремились ограничить политическое и экономическое засилье монашеских орденов в колонии.

В 1882 году, в год поступления Ризаля в университет, в Мадриде возникает испано-филиппинский кружок. Он пытается издавать свой орган «Журнал испано-филиппинского кружка». Однако организационная и идейная слабость либеральных основателей кружка сказывается и на журнале. Его направление — колеблющееся, неопределенное. Журнал быстро прекращает свое существование, сыграв все же известную роль в объединении умеренных либеральных сторонников реформ в Испании и на Филиппинах.

Как бы перекликаясь с ним, в том же году в Маниле возникает журнал «Диорионг Тагалог», основанный Марсело дель Пиларом. Несмотря на все репрессии колониальной цензуры, этот журнал достаточно сильно отражает протест филиппинского народа против угнетения и произвола испанских монахов.

Таким образом, Мадрид не явился для молодого Ризаля той школой, в которой его искренние, но смутные стремления помочь своей родине и своему народу могли бы получить действенное устремление.

Первые литературные шаги Ризаля в Европе — статьи, стихи, очерки, напечатанные в «Ревиста» и других органах, еще далеки от тех социальных мотивов, которые впоследствии развернулись в широкое полотно обличительного романа.

Помимо специальных научных статей, он печатает ряд лирических стихов, очерки Мадрида, путевые наблюдения; некоторые его статьи, например «Любовь к родине», находят путь на Филиппины. Дель Пилар помещает их в «Диорионг Тагалог» под псевдонимом «Лаонг Лоан». Напечатанные на родном языке, они проникают в народные массы, будят национальное самосознание филиппинцев.

Изыскивая лучший способ борьбы с невежеством и забитостью своего народа, в чем он видит главное зло Филиппин, молодой студент решает написать большое беллетристическое произведение. В увлекательной романтической форме оно должно пробудить сознание народа, стремление к знанию и единению, показать пути к освобождению от рабской зависимости при помощи просвещения и объединения.

Говорят, что на эту идею Ризаля натолкнуло чтение «Хижины дяди Тома» Бичер Стоу. Другие биографы считают, что Ризаля вдохновил «Агасфер» Эжена Сю.

В «Хижине дяди Тома» картина бесправия и жестокого угнетения негров в Америке невольно напоминала Ризалю хорошо знакомую филиппинскую действительность. В «Агасфере» описания интриг и преступлений иезуитов воскрешали в его памяти произвол и издевательства монахов на далекой родине.

Ризаль предлагал своим филиппинским друзьям из «испано-филиппинского кружка» написать сообща такую книгу и иллюстрировать ее силами филиппинских художников. Но его предложение не встретило отклика. Ризаль принялся за работу один и написал в Мадриде несколько глав. Усиленная подготовка к окончанию университета заставила его прекратить работу над романом, но и после этого Ризаль не переставал его обдумывать.

Не по летам серьезный и образованный, человек разнообразных блестящих способностей, Ризаль был на несколько голов выше своих товарищей. Но он опередил своих сверстников и в другом: он понимал всю необходимость объединения для совместного служения родине. Буржуазная филиппинская молодежь, среди которой приходилось вращаться Ризалю в Мадриде, признавая его авторитет и превосходство, гордилась им. Но Ризалю не удавалось еще объединить своих сородичей в какой-нибудь организации.

В июне 1884 года, в возрасте двадцати двух лет, Ризаль уже окончил университет со степенью кандидата медицины и оценкой «прекрасно». Через год, 19 июня 1885 года, он сдал выпускные экзамены по философии и литературе и получил ученую степень с оценкой «превосходно». Ученая степень доктора медицины была получена им, лишь три года спустя, потому что у него не хватало средств для внесения необходимой платы.

Теперь Ризаль намеревался заняться практикой в лучших глазных клиниках Европы, а попутно изучить политический и общественный строй европейских стран, выяснить основы их прогресса, чтобы перенести все пригодное на родную почву архипелага.

Покинув Мадрид, Ризаль кочует по Европе. Он стремится довести до совершенства свое медицинское искусство, но деятельная мысль толкает его на углубленное изучение все новых проблем.

В 1885 году мы застаем его в Париже неутомимым клиницистом, ассистентом известного окулиста, доктора Веккерта. Через год он уже в Германии — посещает гейдельбергский, затем лейпцигский университеты. Из Лейпцига направляется в Берлин, чтобы работать под руководством знаменитого этнолога Вирхова. Ризаль не прекращает своих упорных медицинских занятий, но в кругу его интересов медицина занимает, быть может, наиболее скромное место.