Наряду с писаниями филиппинских националистов Бонифацио с жадностью изучал историю Великой Французской буржуазной революции. Среди его книг были найдены сборник речей и произведения деятелей французской революции. Для Бонифацио борьба за освобождение своего народа от национального угнетения переплетается с более широкой борьбой против угнетения бедноты богатыми, против социального неравенства. В этом — сила плебея Бонифацио, в этом его превосходство над буржуазным интеллигентом Ризалем.

Для Бонифацио Ризаль был непререкаемым авторитетом; в Ризале он хотел видеть борца за те же идеалы социальной справедливости, за которые сам готов был отдать свою жизнь. Но своим классовым чутьем Бонифацио уже чувствует, что лишь опираясь на широкие народные массы, лишь организуя рабочих, крестьян, городскую бедноту, можно на деле добиться тех демократических целей, которые ставила себе «Лига Филиппина» и которых Ризаль надеялся достигнуть при помощи небольшого слоя образованных и богатых филиппинцев.

«Лига Филиппина» была основана 2 июня 1892 года, а уже через несколько дней Андрее Бонифацио создает свою славную организацию, сыгравшую громадную роль в объединении филиппинских народных масс. «Катаастаасан кагаланггаланг на Катипунан нанг мга Анак нанг Байан» — «Высокое и достоуважаемое общество сыновей народа» — вошло в сознание и память филиппинского народа под кратким именем «Катипунан».

Цели «Катипунана» вначале мало отличались от «Лиги». Более конспиративная, воспринявшая сильнее, чем «Лига Филиппина» масонские черты таинственности и ритуальности, организация «Катипунан» развивалась в глубоких недрах народных низов. В первое время Бонифацио рассматривал «Катипунан» как подсобную организацию «Лиги», через нее он пытался вовлечь в «Лигу» новых членов, создать для нее массовую базу. Первые годы он уделяет большее внимание упорной и самоотверженной пропаганде ризалева детища, чем укреплению «Катипунана».

Охваченный небывалым подъемом, окрыленный первыми успехами объединения филиппинцев, Ризаль едет из Манилы в провинциальные центры. Он вступает повсюду в общение с наиболее прогрессивными представителями филиппинской буржуазии и помещиков, использует существующие масонские организации, стремится завербовать новых членов в «Лигу Филиппина».

Генерал-губернатор Деспухол удостоил вернувшегося на родину Ризаля несколькими аудиенциями. Он принимал его любезно, в разговорах с ним снисходительно обсуждал необходимые Филиппинам реформы. Своим показным либерализмом Деспухол оживил в Ризале надежды на возможность добиться от Испании реформ. Ризаль видел в этих беседах подтверждение своих мыслей, что борьбу за реорганизацию колониального режима, борьбу за реформы надо вести не в Мадриде, а в Маниле. Это вливало в Ризаля новую бодрость и вдохновляло его на энергичную пропаганду «Лиги Филиппина».

Но все попытки Ризаля вырвать у губернатора разрешение на выезд своих родителей и родни с Филиппин были бесплодны. Губернатор отклонял просьбы Ризаля под лицемерными предлогами, что он вообще против эмиграции с Филиппин, которые он хочет превратить в счастливую родину филиппинцев. Он давал смутные обещания в будущем освободить и вернуть из ссылки родственников Ризаля, но был далек от выполнения своих слов.

Передышке, которую дали Ризалю колониальные власти, относительной свободе, позволившей ему создать «Лигу» и открыто вербовать сторонников в Маниле и провинциях, очень скоро пришел конец.

Ризаль был вызван к генерал-губернатору. Вместо любезного тона первых аудиенций его ожидали на этот раз грубые окрики. Деспухол обрушился на него с громовыми обвинениями, размахивая брошюрой «Бедные братья», якобы найденной в чемодане его сестры.

Эта созданная в застенках жандармско-монашеской клики провокационная «улика» давно была известна генерал-губернатору, но использовать ее он решил лишь сейчас, когда донесения тайных агентов сообщили о поездках и агитации Ризаля.

Прямо из Малаконьяна, под усиленным конвоем, Ризаль был отправлен в старинный форт Манилы — Сант-Яго и заключен в одиночную камеру.

За камерой Ризаля был установлен неусыпный надзор. Его охраняли, как опасного государственного преступника. День и ночь у дверей камеры сменялся вооруженный караул, никакие сношения с внешним миром не допускались. Колониальным властям мерещились вооруженные нападения на крепость для освобождения Ризаля.

Но пребывание в одиночной камере Сант-Яго длилось недолго. Через несколько дней Ризалю было назначено место ссылки — Дапитан, маленькое поселение на северо-восточном берегу Минданао.

Вероломный Деспухол, обрекая Ризаля без всякого суда и следствия на ссылку, чувствовал себя не особенно уверенно. Он отдавал себе отчет, какое впечатление произведет арест Ризаля не только на Филиппинах, но и в других странах. В своей ограниченности и деспотизме колониальные власти привыкли не принимать во внимание мнения филиппинского народа. Но Деспухол понимал, что арест мирного ученого, известного в столицах и университетах всего мира, рисовал колониальный режим Филиппин в невыгодном свете. В том же номере «Правительственного вестника», где было помещено сообщение о ссылке Ризаля, Деспухол опубликовал пространную статью. В ней он как бы пытался оправдаться. Рисуя мрачными красками «опасную антиправительственную деятельность» Ризаля, он объяснял действия властей как необходимую и вынужденную меру для обуздания государственного преступника.

Опасаясь, что Ризаль из тюрьмы сумеет разоблачить все эти провокационные замыслы, Деспухол конфиденциально просит начальника сант-ягской крепости принять меры, чтобы этот номер «Правительственного вестника» не попался в руки Ризаля.

В полночь, под строгой охраной, Ризаля перевезли из тюрьмы на пароход, который должен был отвезти его к месту ссылки.

В дневнике, который Ризаль вел в это время, нельзя найти ни тени гнева, испуга, даже просто волнения. Ризаль описывает свои злоключения так, будто их переживал не он, а кто-то другой. Он не возмущается, не оправдывается, не протестует, а только констатирует факты. С равным спокойствием излагает он последний разговор с генерал-губернатором, свой арест и отправку в форт, камеру, в которую его поместили, стражу, получившую приказ «стрелять во всякого, кто попытается подавать мне знаки с берега», куда выходило одно из окон.

«Во вторник 14-го, около 5—30 или 6 часов вечера мне сказали, что в 10 часов вечера назначен мой отъезд в Дапитан. Я уложил вещи и был готов к 10 часам, но никто за мной не пришел, и я лег спать».

Ризаль проспал спокойно до полуночи, когда за ним приехали, чтобы отвезти на пароход. На пароходе «Себу» Ризалю была отведена, по его словам, хорошая каюта, рядом с каютой командира отправляемого на Минданао военного отряда из пятидесяти солдат: по десять человек от каждого оружия.

Ризаль был не единственным ссыльным на «Себу».

«Мы везли арестантов, — пишет Ризаль, — закованных в кандалы, в том числе одного сержанта и одного капрала. Сержанта ожидал расстрел за то, что он приказал связать разбушевавшегося и пристававшего к его жене офицера, своего начальника. Офицер за то, что позволил связать себя, был уволен со службы. Солдаты, исполнявшие приказание, приговорены к 20 годам тюрьмы».

«…В воскресенье в 7 ч. вечера мы прибыли в Дапитан… Море сильно волновалось… Берег показался мне очень унылым…»

И снова никаких признаков волнения, хотя Ризалю было отлично известно, что он мог и не доехать до Дапитана, а «случайно» погибнуть в пути.

Дапитан — маленький городок в совершенно нетронутом цивилизацией «языческом» районе, с очень нездоровым климатом. В городке стоял небольшой военный отряд; имелось несколько священников. Ризалю отвели помещение в доме командира военного отряда. Во время своей ссылки он пользовался относительной свободой.

Ссылая Ризаля, колониальные власти запретили ему «заниматься политикой». Ему предложили дать обещание не вмешиваться в политическую жизнь страны и не делать никаких попыток бежать; взамен он получил право свободно передвигаться по Дапитану и его окрестностям.