Отправляя Никона на Новгородскую митрополию, царь поручил ему наблюдать не только за духовным, но и за мирским управлением, доносить ему обо всем и давать советы. Результат не замедлил себя ждать: 1 марта 1650 года в Пскове и Новгороде начались народные волнения, переросшие к 15 марта в открытое восстание. Никон предал проклятию всех восставших и укрыл у себя воеводу князя Ф. А. Хилкова, за что был восставшими нещадно избит.

События в Великом Новгороде еще более расположили царя к Никону. Получив взаимные жалобы митрополита и новгородцев, Алексей Михайлович принял сторону Никона, которого называл в своих письмах не иначе как «великим Солнцем сияющим», «избранным крепкостоятельным пастырем», «возлюбленником своим и содружебником». При этом, прекрасно понимая, что строгостью нельзя добиться прекращения мятежа, Никон сам советовал царю простить виновных.

15 апреля 1652 года, после внезапной непродолжительной болезни, умер патриарх Иосиф. Никон, находившийся тогда на Соловках, куда он отправился за мощами митрополита Филиппа, поспешил вернуться в Москву Преемник Иосифу был уже давно предопределен царем и его духовником Стефаном Внифантьевым. Уже 23 июля 1652 года Никон был наречен патриархом, а 25 июля состоялось его торжественное возведение на патриаршество. Рукоположение было совершено на Соборе русских архиереев во главе с митрополитом Казанским и Свияжским Корнилием в присутствии царя и множества народа по специально составленному «Чину избрания, наречения, благовествования, посвящения Никона…». Никон был одет в саккос святого митрополита Петра. В своей речи он ясно дал понять, что его интересы ограничиваются не только Русской Церковью, но распространяются на весь православный мир. Он обещал молиться, чтобы «благочестивое царство прославилось от моря и до моря и от рек до конца вселенной».

По случаю рукоположения нового патриарха царем был устроен в Грановитой палате богатый стол. «И из стола святейший Никон патриарх Московский и всеа Руси встав, ездил кругом города Кремля на осляти. А осля водили под патриархом бояре и околничие те ж, которые были у стола». Среди знатнейших бояр и окольничих, сопровождавших нового патриарха, присутствовал и отец боярыни Морозовой Прокопий Федорович: «И как патриярх ходил около города, и за ним ходили по государеву указу бояря князь Алексей Никитич Трубецкой, да князь Федор Семенович Куракин, да князь Юрья Алексеевич Долгорукой, да Прокофей Федорович Соковнин»[109]. Русские архиереи, участвовавшие в поставлении Никона, дали ему настольную грамоту за своими подписями и печатями. В грамоте говорилось: «С великою нуждею умолиша его на превысочайший святительский престол». В этот день патриарху были поднесены богатые подарки, а через некоторое время царь пришлет ему золотую митру-корону — по образцу тех, что носили греческие патриархи, — вместо обычной до того времени русской патриаршей шапки, опушенной горностаем…

Пройдет совсем немного времени, и при поддержке царя новый патриарх приступит к реформированию Русской Церкви по новогреческому образцу.

Всё началось с того, что в 1653 году, в начале Великого поста, патриарх Никон разослал по храмам указ — «память», в которой всем православным с этого дня предписывалось: «…не подобает в церкви метания (то есть поклоны) творити на колену, но в пояс бы вам творити поклоны, еще же и трема персты бы крестились». Эта пресловутая «память», изданная патриархом единолично, без предварительного соборного обсуждения, была как гром среди ясного неба. Особенно тяжелое впечатление произвела она на ревнителей церковного благочестия — боголюбцев. Протопоп Иоанн Неронов на неделю затворился в келье московского Чудова монастыря, непрестанно молясь. И был ему глас от иконы Спасителя: «Время приспе страдания, подобает вам неослабно страдати!» Протопопы Аввакум и Даниил Костромской, собрав выписки из богослужебных книг о сложении перстов и о поклонах, подали их царю, который отдал челобитную протопопов непосредственно патриарху…

С лета 1653 года начался разгром боголюбцев. Было отправлено в ссылки более десяти протопопов — вождей этого движения. С Иоанна Неронова Никон снял скуфью и заточил в Спасо-Каменный монастырь, на Кубенском озере; Логина Муромского он лишил священнического сана и сослал в муромские пределы; Даниила Костромского лично мучил в Чудовом монастыре, а после сослал в Астрахань, где его уморили в земляной тюрьме; Аввакума сослали в Сибирь, и лишь заступничество царя спасло его от извержения из священного сана… По стране было сослано множество священников и мирян, сторонников боголюбцев, а некоторые из сосланных даже казнены.

Устранив наиболее активных своих противников, Никон решил созвать собор для узаконения своих беззаконий. Собор состоялся в Москве в следующем, 1654 году. Председательствовали на соборе царь и патриарх. Среди участников было пять митрополитов, четыре архиепископа, один епископ, И архимандритов и игуменов, 13 протопопов, несколько приближенных царя. Кандидатуры участников собора были самым тщательным образом подобраны патриархом и царем, что дало повод отцу Иоанну Неронову назвать собор «соньмищем иудейским». Постановления собора предрешались уже самим способом принятия решения: первым голос подавал царь Алексей Михайлович.

Однако, несмотря на тщательный подбор «кадров», проводившийся царем и патриархом перед началом собора, всё же нашлись недовольные, а один из епископов открыто выступил в защиту старых книг. Это был епископ Павел Коломенский, который и стал первой жертвой гордого и властолюбивого патриарха. «Мы новой веры не примем», — прямо заявил Никону епископ Павел. (Суть этой «новой веры» впоследствии очень точно выразит новообрядческий патриарх Иоаким, принимавший активное участие в допросах боярыни Морозовой: «Я не знаю ни старой, ни новой веры, но что велят начальницы, то я готов творить и слушать их во всем».)

Пытаясь «вразумить» непокорного епископа и обосновать необходимость книжной «справы», Никон заявил, что речь-де идет совсем не о новой вере, а лишь о некоторых «исправлениях» и что «ко исправлению требуется грамматическое художество», на что епископ Павел резонно отвечал: «Не по правилам грамматики новшества вносятся; какая грамматика повелевает вам трисоставный крест с просфор отметати? Но не по правилам грамматики седмицу просфор на службе отмещете, символ приложеньми и отложеньми умножаете». Перечислил епископ и прочие новшества, вводимые отнюдь не по грамматическим правилам: и троение «аллилуйи», и сложение перстов, а вместо подписи своей под соборными постановлениями написал: «Если кто от преданных обычаев святой соборной церкви отъимет, или приложит к ним, или каким-либо образом развратит, анафема да будет».

Это привело Никона в ярость. Он собственноручно избил епископа Павла на соборе, сорвал с него мантию, без соборного суда лишил епископской кафедры и велел немедленно отправить в ссылку в далекий северный монастырь, где тот вскоре и погиб при не выясненных до сих пор обстоятельствах. Последовать примеру епископа Павла и открыто протестовать против новшеств никто из епископов не решился, хотя многие были с Никоном и несогласны. Через два месяца после завершения собора, в июле того же года, Москву постигла тягчайшая эпидемия моровой язвы. Многими православными это было воспринято как наказание Божие за отступничество церковной иерархии от веры предков. В народе прекрасно чувствовали пролатинскую сущность церковной реформы Никона. В 1654 году в Москве произошел бунт, среди требований которого, в частности, было и прекращение церковной реформы. Один из лозунгов восставших прямо называл вещи своими именами: «Патриарх ненадежен в вере и действует не лучше еретиков и иконоборцев».