Кох сначала поступил на естественный факультет, но, прослушав там лекции два года, решил перейти на «хлебный» медицинский факультет: родители, да и сам он, с нетерпением ждали, когда он станет доктором и будет хорошо зарабатывать. На учителей в университете Коху повезло. Одним из блестящих учителей его в то время был способный молодой профессор Лоце, благодаря выдающимся способностям получивший профессорское звание в 27 лет. Лоце был механический материалист, горячо и увлекательно боролся против витализма. Учителями Коха в то время были известный патолог Вильгельм Краузе, знаменитый физиолог Георг Мейснер и др. На естественном факультете у него были такие учителя, как ботаник Гризебах, знаменитый физик Вебер.

То обстоятельство, что Кох два года проучился на естественном факультете, несомненно оказало влияние на его дальнейшую научную работу. Естественный факультет глубже ввел его в курс естественных наук, а главное — приучил к точности в методике исследования: химические, физические опыты требуют точной методологии и большой выдержки.

История медицины и биологии знает немало примеров того, насколько естествознание помогает более глубокому и точному изучению медицинских проблем. Академик Павлов кончил и естественный и медицинский факультеты. Нет сомнения, что естественный факультет углубил его познания по физиологии, медицинский же факультет дал ему возможность ознакомиться с физиологическими явлениями в патологическом разрезе; сочетание это несомненно содействовало тому, что Павлов стал мировым физиологом. Пастер не был медиком, он был химиком, и, тем не менее, он сделал величайшее открытие в области медицины: точная методология химических анализов помогла ему эти методы применить к изучению бактерий и мер борьбы с ними. Естественно-научная закалка несомненно содействовала вооружению Коха той высокой бактериологической техникой, которая прославила его имя и дала ему возможность сделать замечательные открытия. Переходу на медицинский факультет с естественного содействовало и то обстоятельство, что Кох мечтал по окончании сделаться морским врачом и, таким образом, осуществить свои давнишние желания попутешествовать.

Учителем Коха на медицинском факультете был знаменитый в то время анатом Хенле, о котором с величайшим уважением и благодарностью вспоминал Кох всю свою жизнь. Хенле был одним из тех гениальных предсказателей, который уже тогда учил, что заразные болезни вызываются существом животного происхождения и передаются от больного человека здоровому («contagium animatum»).

В феврале 1865 года Кох написал по поручению Хенле работу «О нервах матки» и в награду получил — о радость! — 80 талеров. Работа эта, сразу обнаружившая точность и ясность методов исследования Коха, была посвящена его «любимому отцу в знак выражения уважения и благодарности». А в письме к отцу Кох писал следующее: «Хотя ты, повидимому, держишься невысокого мнения о моих медицинских познаниях, но и слепой голубь находит зернышко: при недавнем распределении премий моя работа была признана заслуживающей первой премии». Распределение премий за работы происходило в весьма торжественной обстановке, и профессор Визелер, официальный оратор от университета, не скупился на красноречие, чтобы описать заслуги награждаемых: «Ни одна победа Аякса не оставалась без награды, и он всегда получал если не первую, то вторую награду и ни в коем случае не третью».

Кох продолжал чрезвычайно усидчиво работать. Только его железное здоровье, приобретенное на свежем воздухе полудеревенского детства, давало ему возможность так заниматься, несмотря на полуголодное существование. Мать его писала родным: «Роберт на третий день Рождества уже уехал обратно в университет. При своих горячих занятиях, он не знает никакого покоя».

В университете Коху в одном случае повезло: его зачислил к себе ассистентом директор Патологического института проф. Краузе. Это был совершенно необычайный случай: студента шестого семестра, то-есть третьего курса, зачисляют на почетную должность ассистента. Он занял эту должность в начале февраля 1865 года. Нечего и говорить, какую радость это доставило Коху. Бережливый отец, однако, расценивал все это не только с точки зрения почета и научной карьеры, но и с точки зрения скромного жалования, которое Кох стал получать как ассистент. «Мы имеем от Роберта, — писал Герман Кох своему старшему сыну Адольфу, — радостную весть: он назначен ассистентом в Патологический институт. Это — доказательство того, что Роберт особенно отличился, так как такие места даются только ученым людям, а Роберт всего на шестом семестре. Конечно, эта честь будет стоить много денег, ибо он обязан еще три года оставаться в Геттингене и получать 40 талеров в год».

Приезжая к себе на родину, Кох уже выступает там домашним врачом. Его мать с гордостью пишет 16 сентября 1864 года, как Кох «успешно лечил ногу Марии и лапу у собаки Аякса», «как он залечил рану у Ганзеля, которого искусал злой пони», и оказывал другие подобные лечебные услуги.

Уже тогда, в университете, Кох начинает заниматься чисто научными проблемами: он работает над образованием соли в человеческом организме, над выделением ее мочей. Он начинает посещать клиники и там проявляет любознательность исследователя.

Наконец приблизился докторский экзамен. Кох готовится к нему со всем рвением и в январе 1866 года получает звание доктора с похвальным аттестатом «cum eximia laudae»). Он мечтает осуществить свое давнишнее желание — сделаться морским врачом и путешествовать. Во время своей прогулки с невестой в Гамбурге по набережной он рисует ей заманчивые перспективы своих путешествий; он с жаром рассказывает, как он будет изучать природу, болезни людей; какие прекрасные коллекции он соберет; какое это будет чудесное путешествие вместе с ней. Но его невеста, дочь одного чиновника, весьма холодно его обрывает: она не желает путешествовать; она желает, чтобы он занялся частной практикой, заработал побольше денег; чтобы они жили побогаче и растили послушных детей. «Кухня, дети, церковь» — идеал этой мещанки, не раз отравлявшей жизнь Коха.

Так кончились мечты Коха о заграничных путешествиях, и с высот радужных мечтаний он должен был опуститься на грешную землю и думать о том, как бы ему побольше денег заработать практикой; и эти думы, как мы увидим дальше, в течение многих лет не оставляли его: погоня за практикой коверкала жизнь молодого ученого.

Диплом врача, хотя и «с отличием», не принес радости Коху. Наоборот, он оторвал его от насиженной студенческой скамьи и бросил в водоворот жизни. По наивности Кох вначале хотел подучиться, чтобы иметь больше практики (а в душе он несомненно лелеял мысль заняться и научной работой); с этой целью он смело пускается в поездку в Берлин. Столица произвела на Коха ошеломляющее впечатление: захлебываясь от восторга, он пишет родителям, как он посещает галлереи, музеи, библиотеки, цирки, театры и как он полной грудью вдыхает в себя столичную жизнь. Однако скоро Берлин показал себя и с отрицательной стороны. Бедность давала себя знать. Кох устроился в маленькой комнатке на четвертом этаже. Стал питаться еще хуже, чем в студенческие годы. Но самое главное разочарование его заключалось в том, что он увидел, как трудно получить ему здесь усовершенствование в медицинских науках: «Мои ожидания относительно пользы, которую я надеялся найти здесь в научном отношении, не оправдались», — пишет он своим родным. Он пишет о тяжелом положении больниц в Берлине: так, например, в больнице Шарите лежало около 4 тыс. больных и их осматривали всего 1–2 раза в неделю, притом осматривали бегло; «при нашем обучении самое главное состоит в том, чтобы практикант мог заняться исследованием, между тем 200 практикантов стоят или сидят вдали и почти не видят больного». Кох обращался всюду за местом, был даже в русском посольстве, но ему всюду отвечали, что «теперь мирное время и чрезвычайно трудно найти место».

Промучившись так в Берлине короткое время, Кох отправился в Гамбург, хотел там поступить ассистентом в хирургическое отделение; усидчиво приготовившись к экзамену, он выдержал его и, однако, опять не получил места — по той же причине: «место получить очень трудно». В это время в Гамбурге разралилась эпидемия холеры. Кох пытался принять участие в противоэпидемической борьбе, начал изучать больных холерой и трупы умерших от холеры. И замечательное дело: уже тогда он обнаружил те холерные бациллы, которые описал впоследствии как возбудителей болезни. Однако и тут более или менее устойчивого места найти не удалось. «Роберту, видимо, не везет», — писала его мать. Наконец, измученный поисками места, он подает заявление на должность врача в убежище для идиотов в местечке Лангенгаген, недалеко от Ганновера. Филантропическое общество, которое ведало тогда этим убежищем, решило учредить там должность заведующего-врача. Однако и это место далось ему не без трудностей. Много недель прошло, пока пришло утверждение его в этой должности. Ему было назначено жалование в 200 талеров и предоставлена квартира в убежище. Так великий ученый, уже тогда проявлявший не только интерес к бактериологии, но и успехи в этой науке, вынужден был сделаться врачом для идиотов. Не нашлось во всей тогдашней Германии ни одного человека, который поддержал бы молодого ученого.