Масса связывает неудачу Бориса с бесчестностью чиновников. По его словам, «приказные, назначенные для раздачи милостыни, были воры, каковыми все они по большей части бывают в этой стране; и сверх того они посылали своих племянников, племянниц и других родственников в те дома, где раздавали милостыню, в разодранных платьях, словно они были нищи и наги;... а всех истинно бедствующих, страждущих и нищих давили в толпе или прогоняли дубинами и палками от дверей; ...если же кому-нибудь удавалось получить милостыню, то её крали негодяи стражники, которые были приставлены смотреть за этим. И я сам видел богатых дьяков, приходивших за милостынею в нищенской одежде».
Борис понял свое бессилие и прекратил раздачу милостыни. Попытки Годунова остановить голод делают ему честь, но свидетельствуют о провале как администратора. Впрочем, у Бориса не было опыта: в России никто до него не пытался бороться с массовым голодом. Много жизней спас указ Бориса но временному восстановлению Юрьева дня. Борис разрешил крестьянские выходы в 1601 и 1602 гг. Мера эта позволила крестьянам уйти от помещиков, неспособных им помочь. Эта же мера вызвала возмущение мелких и средних дворян, считавших, что Борис их ограбил в пользу бояр, ведь голодающие крестьяне чаще всего укрывались на землях богатых вотчинников.
Голод 1601—1603 гг. пошатнул власть Годунова. Доведенные до отчаяния крестьяне и холопы объединялись в разбойные шайки, сжигали дворянские усадьбы и грабили купцов. Особенно прославился атаман Хлопко; победа над ним далась в тяжком бою под Москвой, где погиб воевода И.Ф. Басманов (1603). Возврат на два года Юрьева дня разорил мелких и средних дворян и превратил их из силы лояльной Годунову в силу враждебную. За счёт бегства боевых холопов, крестьян и даже дворян чрезвычайно усилилось не любившее Бориса казачество. Была утрачена и поддержка горожан: они стали свидетелями провала попыток милосердия Бориса и не верили в его искренность. Наконец, лояльность бояр к Годунову, всегда сомнительная, явно не укрепилась.
Беда не приходит одна — на Годунова обрушились личные несчастья. В 1602 г. в Москве занемог и умер жених царевны Ксении, датский принц Иоганн. Для Ксении это было горе, потеря любимого жениха. Для Бориса — крушение планов породниться с королевским домом и тревога за здоровье дочери. В сентябре 1603 г. умерла царица-инокиня Александра (в миру Ирина). Порвалась ниточка, связывающая с Рюриковым домом. Судя по огромным вкладам за упокой души умершей, Борис любил сестру. Теперь вся его любовь обратилась к детям — Ксении и, особенно, Фёдору. Борис настолько оберегал 15-летнсго сына, что боялся отпускать от себя. Он приучал его к рутине государственных дел, но не дал развиться самостоятельности, что губительно сказалось после смерти отца.
Борис против самозванца. В начале 1601 г. Борису донесли, что в замке Адама Вишневецкого, на польской украине, появился юноша, объявивший себя Дмитрием, сыном царя Ивана. Расследование показало, что самозванцем является монах Чудова монастыря Григорий, в миру — сын боярский Юшка[33] Отрепьев. Возмущённый Борис сказал боярам, что это их рук дело. Москва потребовала у князя Адама выдать самозванца, но получила отказ. Тогда в Литву послали «в гонцех на обличенье тому вору ростриге» его дядю, Никиту Смирного Отрепьева. Но полномочий Смирному не дали, и ему отказали во встрече с племянником[34]. Вскоре Посольский приказ направил польскому двору письмо с упреками в поддержке самозванца. От имени короля посланцу было объявлено, что «Дмитрий» не получает помощи от Речи Посполитой. Недовольный ответом Борис отправил послания австрийскому императору и римскому папе. Он жаловался на поддержку Сигизмундом III беглого монаха Гришки. В самой России за разговоры о самозванце отправляли на дыбу.
В середине октября 1604 г. самозваный царевич и его небольшое войско перешли русскую границу. Борис объявил по всему государству сбор армии. Призывали дворян, стрельцов, служилых городов, иноземцев, татар, мордву и бортников. Центром сбора огромной армии был назначен Брянск. В декабре произошла битва под Новгород-Северским. Царю доложили, что самозванец разбит, но ранен командующий, князь Ф.И. Мстиславский. Борис радовался победе, щедро раздавал награды. На самом деле царские войска проиграли битву слабейшему противнику, и лишь бунт недовольных поляков помешал «царевичу» развить успех. В январе 1605 г., произошла битва при Добрыничах. «Дмитрий» потерпел сокрушительное поражение и едва ушёл от погони.
Снова Борис радовался, снова щедро раздавал награды. В Москве показывали пленных поляков (русских повесили после сражения). А в Комарицкой волости началась страшная расправа над присягнувшими Дмитрию крестьянами. Комарицкую волость населяли «дворцовые» крестьяне, приписанные к царскому двору. Годунов воспринял их отступничество как личную измену[35]. На мужиков напустили татар «царёва двора Исситова полка». Расправа превзошла в жестокости новгородские казни Грозного. Буссов пишет: «Они повесили на деревьях за одну ногу несколько тысяч крестьян с женами и детьми и стреляли в них из луков и из пищалей». Автор «Иного сказания» утверждает, что убивали «не токмо мужей, но и жён и безлобивых младенцев». Страшные подробности казней описывает Масса и добавляет: «Чем больше мучали людей, тем более они склонялись признать Димитрия своим законным государем».
Разбитый под Добрыничами «царевич» укрепился в Путивле и с каждым днем становился сильнее: к нему подходили новые отряды, ему присягали новые города. Московские войска вели себя пассивно: осадили Рыльск, но взять не смогли и ушли, затем обложили маленький город Кромы и там застряли окончательно. 500 казаков атамана Корелы, засев в «норах земных», вырытых под сгоревшими стенами крепости, сковали огромную московскую армию. В лагере осаждающих начались болезни и дезертирство. Царь Борис уже не хвалил воевод, а перешел к обвинениям. Он писал им: «Что здесь зделася вашим нерадением, столко рати побито, а тово Гришки не умели поймать». Как пишет летописец, угрозы царя заставили многих подумать, не перейти ли к «Дмитрию».
Борис подослал в Путивль трех монахов подготовить заговор против самозванца, но их схватили и казнили. Царь уже не надеялся на старых полководцев. Теперь Борис возлагал надежды на молодого Петра Басманова, отстоявшего Новгород-Северский от самозванца. Но он не учел местнического самолюбия, значившего для Басманова больше присяги. Ошибка отца дорого стоила сыну Фёдору. Больной и никому не верящий царь утратил уверенность в себе. Он велел привести в Москву мать Дмитрия и выпытывал: вправду ли царевич погиб в Угличе. Всё больше он склонялся к суевериям и обращался к ведуньям и прорицателям. Чувствуя, как уходят силы, Борис беспокоился за будущее своей души и советовался с духовниками, врачами-немцами и юродивой — старицей Оленой.
Многое говорит о раннем одряхлении Бориса. У него появилась старческая скаредность: начал проверять замки и печати на дверях дворцовых погребов, где хранились припасы. Часто он впадал в уныние и апатию. Дошли до него и слова самозванца: «А яз де буду к Москве как станет на дереве лист разметыватца». 13 апреля 1605 г., после обеда, Борис умер. Перед смертью его постригли. В Новом летописце об этом сказано кратко: «Царю Борису, вставши из-за стола после кушанья и внезапу прииде на нево болезнь люта, и едва успе поновитись и постричи, и два часа в той же болезни и скончась». Дежуривший во дворце Маржерет сообщает, что Борис умер от апоплексичсского удара. Слухи о самоубийстве Годунова являются лишь одной из многих враждебных ему легенд.
Годунов в народной памяти. Несчастный царь Борис сохранил о себе в народе недобрую память. В старинных песнях его обвиняют в убийстве царевича Дмитрия и захвате престола: