С критикой пушкинского Годунова выступил издатель журнала «Московский телеграф» Н.А. Полевой. В статьях от 1831 и 1833 гг. он сожалеет, что Пушкин излишне положился на Карамзина: «... карамзинизм повредил даже совершеннейшему из его созданий — Борису Годунову». Основу неуверенности Бориса перед Самозванцем Полевой видит не в убийстве Дмитрия, весьма сомнительном, а в угрозе царю со стороны боярства. Огорченный за Пушкина, Полевой восклицает: «Как мог Пушкин не понять поэзии той идеи, что история не смеет утвердительно назвать Бориса цареубийцею!»
Появляются и произведения, где Годунов представлен злодеем. В драме Е.Ф. Розена «Россия и Баторий» (1833) молодой Годунов плетет заговор с целью настроить Ивана Грозного против сына, царевича Ивана. Драма понравилась Николаю I, и он велел переделать её для сцены, убрав, как маловажную, интригу Годунова. Под названием «Осада Пскова» пьеса была поставлена в 1834 г. В 1835 г. появляется драма М.Е. Лобанова «Борис Годунов». Пьеса написана в защиту преемственности царской власти. Убив царевича Рюрикова рода, Годунов нарушил легитимный принцип: «царей и царств святыня, наследственность им попрана безбожно».
В 1836 г. А.А. Краевский публикует биографию Годунова, написанную с явной к нему симпатией. У Красвского Борис — правитель, заботы которого направлены на благо России. Он желает насадить в России просвещение, но не понят современниками. У Красвского нет сомнений, что Борис не причастен к убийству царевича Дмитрия. Краевский уверен, что избранный царь может превосходить царя, получившего престол по наследству. О Годунове он пишет: «При том же он был первый избранный царь».
Белинский о Годунове. В 1845 г. В.Г. Белинский публикует статью «Борис Годунов», где упрекает Пушкина в том, что тот «рабски во всем последовал Карамзину, — и из его драмы вышло что-то похожее на мелодраму, а Годунов его вышел мелодраматическим злодеем, которого мучит совесть». По Белинскому, Годунов — человек, несомненно, умный, но, достигнув высшей власти, он не внес в русскую жизнь нового элемента — «без Годунова все пошло бы точно так же, как и с Годуновым». Сводить бесплодность Бориса к нечистой совести есть мелодрама. Да и обстоятельства смерти Дмитрия — дело тёмное. Больше оснований считать, что Борис не виновен в убийстве царевича.
Белинский задается вопросом, почему Годунов, который делал для народа всё, что мог, не был любим? И отвечает: Годунов не имел освященного веками права законного наследия. Чтобы заставить видеть в себе не похитителя власти, а властелина по праву, ему оставалось опереться на право гения. А гением Годунов не был. Здесь разгадка его судьбы: «...он хотел играть роль гения, не будучи гением, — и зато пал трагически и увлек за собою падение своего рода». Годунов был не больше, чем умный министр, способный вести страну по наезженной колее, но не переустроить государство. Не было у него и великого сердца: «...и потому он не мог не мучиться подозрениями, не бояться крамолы, не увлекаться личным мщением и, наконец, не сделаться тираном». Трудно сказать, пишет Белинский, который из Годуновых более трагическое лицо — цареубийца, наказанный за злодеяние, или достойный человек, павший из-за недостатка гениальности.
Отрицая гений Годунова, Белинский ошибся и в оценке гениальности трагедии Пушкина. Главной его ошибкой было отрицание её сценических достоинств. Время рассудило в пользу Пушкина. После длительного запрета пьеса была поставлена в 1870 г. и затем неоднократно ставилась в театрах. Особое место занимает опера М.П. Мусоргского «Борис Годунов» (1869), с либретто, созданным композитором по мотивам трагедии Пушкина. Онера была поставлена в 1874 г. на сцене Мариинского театра и имела громкий успех, но позже была снята. В 1896 г. Н.А. Римский-Корсаков создал новую редакцию оперы, получившую наибольшее признание. Опера «Борис Годунов» с участием Ф.И. Шаляпина в роли Бориса Годунова (1908) стала триумфом русского оперного искусства и вошла в число шедевров мировой оперы.
Годунов в драмах Алексея Толстого. Образ Годунова в драматургии получил развитие в трилогии А.К. Толстого «Смерть Ивана Грозного» (1866), «Царь Фёдор Иоаннович» (1868) и «Царь Борис» (1870). В трактовке Годунова Толстой следует Карамзину и Пушкину. Борис у него талантливый человек, радеющий о России, но рвущийся к власти и готовый ради нее на любое преступление. В «Смерти Ивана Грозного» Толстой идет дальше Карамзина и делает из Годунова цареубийцу. Он показывает, как Борис ускоряет смерть больного царя, намеренно вызвав у него психологический шок.
В «Царе Фёдоре Иоанновиче» показано, как Борис, пользуясь доверием царя Фёдора, творит злодеяния: отправляет в тюрьму на смерть Ивана Шуйского и подсылает убийцу-мамку к царевичу Дмитрию. Хитрый Борис стремится не оставлять следов. Он приставляет в тюрьму к Шуйскому его смертельного врага Туренина, но не говорит прямо «убей его». Отправляя в Углич мамку Волохову, Годунов в беседе с Клешниным, исполнителем тайных дел Бориса, упомянув, как ему мешает Дмитрий, трижды со значением повторяет: «Скажи ей, чтобы она царевича блюла!» В третьей драме, «Царь Борис», показана расплата Годунова за преступления. Народ им недоволен. Заболевает и умирает жених дочери Ксении. Меж тем в Северской земле появился с войском самозванец. Борис обращается к пыткам и казням, посылает против него войска. Но самозванец, многажды разбитый, вновь собирает войско. Борис умирает от скорби, призывая бояр служить Фёдору и помнить, что от «зла лишь зло родится».
Годунов у историков второй половины XIX в. В «Истории России с древнейших времен» (тома 7 и 8, 1857 и 1858 гг.) С.М. Соловьёв дает оценку Годунову. По его словам, Годунов не смог «явиться царем и упрочить себя и потомство... по неуменью нравственно возвыситься в уровень своему высокому положению». Неуверенность в своих правах развила в нем болезненную подозрительность, заставившую осквернить царство неслыханными доносами. Этим он раздражил родовитых людей и уничтожил уважение к себе. В результате он пал «вследствие негодования чиноначальников Русской земли». Немалую роль сыграло убийство царевича Дмитрия. Соловьёв пришел к заключению, что в записях современников об убийстве царевича людьми Годунова нет противоречий, тогда как следственное дело об убийстве, царевича выглядит подозрительно.
Н.И. Костомаров оставил исторический портрет Годунова в «Русской истории в жизнеописании ее важнейших деятелей» (1873—1888). Костомаров ценит ум и целеустремленность Бориса, но, вслед за Белинским, отмечает его ограниченность как правителя: «Ничего творческого в его природе не было. Он неспособен был сделаться ни проводником какой бы то ни было идеи, ни вожаком общества по новым путям... Всему хорошему, на что был бы способен его ум, мешали его узкое себялюбие и чрезвычайная лживость, проникавшая всё его существо, отражавшаяся во всех его поступках». Историк уверен, что Годунов убил царевича Дмитрия и издал закон, отменяющий Юрьев день.
Историки начала XX в. о Годунове. В трудах историков начала XX в. — В.К. Клейна, В.О. Ключевского и С.Ф. Платонова — наметилась переоценка личности Годунова. Клейн по расположению пятен от воды на листах Угличского следственного дела восстановил их порядок и установил, что рукопись ни в какой части не фальсифицирована. Ключевский в лекции о Годунове в «Курсе русской истории» назвал один из разделов «Толки и слухи про Бориса». Он пишет о зыбкости доказательств сторонников и противников убийства царевича Дмитрия. В летописных сказаниях вроде нет противоречий, каких полно в следственном деле, но и тут сомнение: уж больно неосторожно ведет себя Борис. Неудачные попытки отравления царевича сменяются неуклюжим убийством. Мало похоже на умного Годунова и мастера своего дела Клешнина. Как бы то ни было, заключает Ключевский, Рюрикова династия «вымерла нечисто, не своею смертью».