Первой задачей царя было не допустить смуты среди москвичей. Тут ему помогло духовенство, особенно патриарх Гермоген, обличавший расстригу. Была использована и написанная протопопом Терентием «Повесть о видении некоему мужу духовну». В повести рассказано о чудесном видении Христа, разгневанного на русский народ за грехи и требующего всеобщего покаяния. Шуйский велел огласить повесть в Успенском соборе и «в миру». Царь с патриархом и «все малии и велиции» ходили по церквам «с плачем и рыданием» и постились». Пост укрепил дух и помог справиться с нехваткой продуктов. Шуйский организовал перезахоронение Бориса Годунова, его жены и сына. Бояре и монахи несли гробы при стечении народа, а сзади шла Ксения, причитая о своем сиротстве и злодее, назвавшемся Дмитрием и даже мёртвым терзающим Русское государство.
Уверенный в лояльности московского купечества, Шуйский предложил послать в лагерь повстанцев посольство для переговоров. Прибывшие к Болотникову москвичи заявили, что готовы повиниться царю Дмитрию, если им его покажут. Слова атамана, что он говорил с «законным государем» в Польше, никого не впечатлили. После этого Шуйский решился на необычный для царей шаг — раздать оружие всем москвичам старше 16 лет. Стало кому оборонять стены. Переговоры с повстанцами имели последствия. 15 ноября, во время боя у Серпуховских ворот, на сторону царя перешли рязанцы во главе с Ляпуновым — сказалась утрата веры в отсутствующего «Дмитрия». А тут и верные Шуйскому войска подтянулись — из Новгорода, Твери, Смоленска, Вязьмы, Дорогобужа, даже из Холмогор.
В обороне Москвы выделялся воевода полка «на выласку» — 20-летний Скопин. 2 декабря 1606 г. он разгромил Болотникова под Коломенским. Исход битвы решил переход полка Пашкова на сторону царских войск. Было захвачено 10 тыс. казаков: одни сдались добровольно, других — взяли в плен. Первых царь Василий принял в своё войско, остальных «повеле посадити в воду». За победу Скопин получил чин боярина. Шуйский разослал грамоты о победе, и многие города ему вновь присягнули. Но с Болотниковым было не кончено — сохранив часть войска, он затворился в Калуге. Началась долгая осада.
Шуйский прилагал все усилия, чтобы укрепить свою власть. Он просил бывшего патриарха Иова приехать в Москву, чтобы простить и разрешить «всех православных крестьян в их преступлении крестного целования». 16 февраля 1607 г. Иов и патриарх Гермоген разрешили народ от клятвы верности Годуновым. Так укреплялась святость присяги царю. Озаботился Василий и интересами дворян, главной военной силы государства. В марте 1607 г. он издал два указа. В первом указе царь ограждал вольных дворянских слуг от попыток перевести их в холопы (чтобы меньше было болотниковых). Во втором указе объявлялось о 15-летнем (а не 5-летнем, как раньше) сыске беглых крестьян, чтобы «быть за теми, за кем писаны». Это был важный шаг в закрепощении крестьян.
Всю зиму 1606/1607 г. царские войска осаждали Калугу. Пытались зажечь городские стены: подвезли к ним гору дров. Но болотниковцы, сделав подкоп, взорвали дровяную гору и, воспользовавшись паникой, выскочили и посекли бегущих. Шуйский подсылал к Болотникову немца отравителя, но немец во всём атаману открылся. В мае 1607 г. князь Андрей Телятевский разбил царскую армию на реке Пчельне. Узнав о его победе, болотниковцы сделали вылазку и разгромили осаждавших. Поражение под Калугой чуть не стоило Шуйскому трона. Как писал из Москвы монах-миссионер Николай де-Мелло: «...пришли к нему 10 лучших бояр. Они тогда изобразили перед ним несчастья, происшедшее в его царствование, и великое, в столь короткое время, пролитие крови людской... затем стали уговаривать его, чтобы он лучше постригся в монахи, а государство отдал тому, кому оно будет принадлежать по справедливости».
Царь уходить не согласился. Гермоген предал анафеме гроба Болотникова и всех, кто «помогали второму ложному Дмитрию». 21 мая 1607 г. царь Василий лично выступил в поход против Болотникова. Удача сопутствовала ему: Болотников был дважды разбит и заперся в Туле. С ним были «царевич» Пётр, князья Шаховской и Телятевский и 20 тыс. войска. Началась четырехмесячная осада каменной крепости, поначалу грозившая превратиться в поражение. Помог умелец — сын боярский из Мурома. Он предложил царю затопить Тулу и ручался в успехе своей жизнью. Стали строить плотину на реке Упе ниже города. Постепенно вода поднялась и затопила улицы Тулы, так что жители ездили из дома в дом на лодках. Начался голод, и осажденные сотнями стали перебегать в царский лагерь. Шуйский принимал их милостиво.
Наконец, тульские сидельцы известили Шуйского, что сдадутся, если даст царское слово сохранить им жизнь и позволит уйти «куда похотят», в противном случае обещали сражаться до конца и скорее съесть друг друга от голода, чем сдаться. Шуйский, зная о появлении второго «Дмитрия», занявшего Брянск и Козельск, свое царское слово дал. 10 октября 1607 г. Тула сдалась. Из вождей восстания в цепи заковали лишь «царевича» Петра. Болотников подъехал к царскому шатру в полном вооружении, сошел с коня, положил обнаженную саблю себе на шею. Рослый дюжий молодец и маленький тучный старик глянули друг на друга. Злодей пал ниц и сказал: «Я был верен своей присяге, которую дал в Польше тому, кто называл себя Дмитрием. Дмитрий это или нет, я не могу знать, ибо никогда прежде его не видел. Я ему служил верою, а он меня покинул, и теперь я здесь в твоей воле и власти. Захочешь меня убить — вот моя собственная сабля для этого готова; захочешь, напротив, помиловать по своему обещанию и крестоцелованию — я буду верно тебе служить».
Слово свое царь открыто нарушить не решился. Расправился лишь с «вором Петрушкой», на допросе назвавшимся Илейкой Коровиным из Мурома. Илейку повесили в Москве, близ Данилова монастыря. Болотникова в феврале отвезли в Каргополь, через полгода ослепили, а потом утопили. Князя Шаховского сослали в скит на Кубенское озеро, а князя Телятевского — самого знатного, вообще не лишили ни свободы, ни боярства. Василий имел основания торжествовать. Ему удалось победить опаснейшего врага, мятежные города один за другим изъявляли покорность; второй Дмитрий отступил к литовской границе. Спало страшное напряжение, в котором два с половиной года пребывал Шуйский. Настало время пожинать плоды, к чему Василий и приступил. 17 января 1608 г. 56-летний царь впервые в жизни женился. Избранницей была юная княжна Екатерина Буйносова-Ростовская. После венчания она получила имя Мария. Царь был влюблен, счастлив и предавался радостям медового месяца. По словам летописца, радости эти имели последствия бедственные: «Василий, алчный к наслаждениям любви, столь долго ему неизвестным... начал слабеть в государственной и ратной деятельности, среди опасностей засыпать духом и своим небрежением охладил ревность лучших советников Думы, воинов и воевод».
Обвинения вряд ли заслуженные — Шуйский отнюдь не размягчился. Как отмечает Масса, свадьба царя сопровождалась «водяными казнями» пленных повстанцев: «Свадьба... была ознаменована... скорбями людей, которых... каждый день топили в Москве. Эта водяная казнь... совершалась в Москве уже два года кряду, и все ещё не было конца». Царство Василия шло под откос не из-за старческих утех, а от слабости армии, уступавшей войску самозванца. Дворянская конница не выдерживала ударов крылатых гусар с шестиметровыми копьями и уступала в проворстве казакам самозванца. Немцы наёмники уехали, а те, кто остались, были ненадежны. Главное же, Василий доверял войско только бездарным и трусливым братьям — Дмитрию и Ивану. Всё же ему пришлось, после разгрома Дмитрия под Волховом, послать Скопина в Новгород за шведской подмогой. В июле 1608 г. самозванец заложил лагерь в Тушине. Началась осада Москвы, длившаяся полтора года.
Положение Шуйского было незавидное. В 12 верстах от Кремля, в Тушине, сидел Вор. Города и земли одни за другими признавали самозванца. Многие бояре и дворяне подались в «перелеты» — ездили из Москвы в Тушино и обратно, присягали то Вору, то Шуйскому и получали от них пожалованья. Картшгу запечатлел Палицын: «Царем же играху, яко детищем, и всяк вышше меры своея жалованья хотяше». Целуют царю крест, потом бегут в Тушино и «тамо крест же Господень целовавше и жалование у врага Божиа вземше», возвращаются в Москву и снова «у царя Василиа болши прежняго почесть, и имениа, и дары восприимаху». Перелетали по «пять крат и десять». В народе крепло мнение, что «земля» успокоится лишь со сменой царя. После позорного разгрома армии Ивана Шуйского в сентябре 1608 г. Дума поставила Василию условие — добиться вывода литовских людей из России до 1 октября. Если царь ничего сделать не сможет, он должен «оставить государство».