Речь патриарха взбесила Салтыкова: он начал его ругать и, «вынув на него нож, хотел его резать». Гермоген против ножа не устрашился и сказал громким голосом, осеняя изменника крестным знамением: «Сие крестное знамение против твоего окаянного ножа, да будешь ты проклят в сем веке и в будущем». А князю Фёдору Мстиславскому сказал тихо: «Твоё есть начало, тебе за то хорошо пострадать за православную христианскую веру; а если прельстишься на такую дьявольскую прелесть, пресечёт Бог твой корень от земли живых, да и сам какою смертью умрёшь». Пророчество его сбылось. На другой день Гермоген повелел народу собраться в соборной церкви, но поляки окружили церковь стражей. Все же некоторые русские успели прийти заранее и слушали проповедь патриарха. Гермоген призывал их стоять за православную веру и о том сообщить в другие города. После такой проповеди поляки приставили к патриарху стражу.

Тем временем бояре послали грамоты в королевский лагерь. Когда послы получили грамоту, они стали скорбеть и друг друга укреплять, поняв, что им придется пострадать за православную веру. Вскоре их собрал король и стал читать грамоту, где бояре писали, что надо положиться на королевскую волю. От послов говорил митрополит Филарет: «Видим сии грамоты за подписями боярскими, а отца нашего патриарха Гермогена руки нет... и ныне мы на королевскую волю полагаемся: если даст на Московское государство сына своего и крестится в православную христианскую веру... а на ту королевскую волю полагаться, что королю крест целовать и литовским людям быть в Москве, того у нас и в уме нет; рады пострадать и помереть за православную христианскую веру». Узнали о грамоте и в Смоленске и ещё больше укрепились не сдаваться Сигизмунду.

Слово Гермогена разошлось по Русской земле и породило грамоты, призывавшие стать за православную веру. В среде русских, живших при королевском лагере под Смоленском, была составлена грамота, отправленная в Москву. В ней пишется о разорении Смоленщины, гибели и пленении семей, о поругании литвой православной веры. Грамота ссылается на патриарха и призывает всею землею восстать за православную христианскую веру. В Москве грамоту смолян переписали во многих списках и разослали по городам вместе с московской грамотой. В ней писали о наступлении латинства, но что у православных в Москве, помимо Божьей милости, есть «святейший Ермоген патриарх прям яко сам пастырь, душу свою за веру крестьянскую полагает несумненно». Обе грамоты дошли и до Прокопия Ляпунова, собиравшего ополчение. Ляпунов приложил обе грамоты к собственному письму и разослал по городам. Он призывал стоять всей землею за Московское государство и биться насмерть с поляками и литовцами.

Обстановка в Москве накалялась. Госевский разослал московских стрельцов по городам и запретил москвичам носить оружие. У Гермогена увели дьяков и подьячих и отняли бумагу, чтобы не мог писать грамоты, отняли и дворовых, чтобы не с кем было их посылать. Одно не учли — рот не запечатали, и патриарх говорил с русскими людьми. Пришли к нему нижегородцы — сын боярский Роман Пахомов да посадский человек Родион Мосеев. Гермоген сказал им: «Писать мне нельзя, все побрали поляки, и двор у меня пограбили, а вы, памятуя Бога и Пресвятую Богородицу и московских чудотворцев, стойте все заодно против наших врагов». Слова патриарха посланцы принесли в Нижний Новгород, там нижегородцы присягнули на кресте идти ополчением против поляков. Многие тогда думали, что патриарх рассылал грамоты с призывом вооружаться и идти на Москву; верили этому и поляки. Но он грамот не писал — просто не подчинялся полякам и изменникам и стоял непоколебимо.

В январе—феврале 1611 г. по Москве ходила по рукам в списках «Новая повесть о преславном Российском царстве и великом государстве Московском». Автор, скрывший свое имя, ненавидит изменников-бояр и призывает людей «всяких чинов» «за православную свою веру стояти до крове», выступить против Сигизмунда — «лютого врага сопостата нашего». Прославляется патриарх Гермоген: «Яко столп, непобедимо стоит посреди нашея великия земли... и всех тех душенагубных наших волков и губителей увещевает, и стоит един противу всех их». Автор восхищен мужеством защитников Смоленска, осажденного поляками, и призывает следовать их примеру: «Мужайтеся и вооружайтеся и совет межу собою чините, како бы нам от тех врагов своих избыти! Время, время пришло, во время дело подвиг показати». В Москве назревало восстание.

Бояре-изменники занервничали: они боялись прихода ополчения Ляпунова. Снова Салтыков пошел к патриарху и сказал: «Что... ты писал к ним, чтобы они шли под Москву, а ныне ты же к ним пиши, чтобы они воротились вспять». Гермоген ответил: «Я... к ним не писал, а ныне стану писать; если ты, изменник Михаил Салтыков, с литовскими людьми из Москвы выйдешь вон, я им не велю ходить к Москве, а если будете вы сидеть в Москве, я их всех благословлю помереть за православную веру». После таких слов Салтыков позорил и ругал его, приставил стражу и не велел никого к нему пускать. В ставке короля тоже забеспокоились. Там не могли понять, что дело уже не в Гермогене — против поляков поднялся народ. Паны решили договориться с патриархом. В марте 1611 г. канцлер Лев Сапега отправил к нему посольство во главе с Адамом Жолкевским, племянником гетмана, говорить «о делах всего государства Московского». Но говорить было поздно: 19 марта в Москве началось восстание, и поляки подожгли город.

Москва горела три дня. Уцелел лишь Китай-город с Кремлем. Поляки столько награбили, что ходили в золоте, а жемчугом заряжали ружья и стреляли в горожан. К тому времени к Москве подошло ополчение Ляпунова и осадило город. Поляки затворились в Китай-городе, перебив уцелевших там москвичей; пощадили только детей и красивых женщин: на них играли в карты. Гермогена свели с патриаршества и незаконно возвели Игнатия, патриарха у Лжедмитрия I. Гермогена заключили в темницу Чудова монастыря под охрану 50 стрельцов. «Метали» ему «на неделю сноп овса и мало воды»; а видеть разрешали только тюремщиков. Госевский и Салтыков требовали от Гермогена писать осаждающим, чтобы те ушли от Москвы: «А пришли они к Москве по твоему письму; а если... ты не станешь писать, то мы тебя велим уморить злой смертью». Гермоген отвечал: «Что... вы мне угрожаете, одного Бога я боюсь; если вы пойдете, все литовские люди, из Московского государства, я их благословлю отойти прочь; а если будете стоять в Московском, я их благословлю всех против вас стоять и помереть за православную христианскую веру».

В июне 1611 г. пришли несчастья: пал Смоленск, и казаки убили Прокопия Ляпунова, главу первого ополчения. В августе к Гермогену ещё раз тайно проникли нижегородцы — Родион Мосеев и Ратман Пахомов. С ними патриарх передал грамоту, где заклинал не избирать на царство сына Марины: «Отнюдь Маринкин на царьство не надобен: проклят от святого собору и от нас». Гермоген хотел унять бесчинства казаков и просил церковные власти из Казани, Вологды, Рязани, «чтоб в полки также писали боярам... чтоб уняли грабеж, корчму, блядню, и имели б чистоту душевную и братство». Получив грамоту, нижегородцы и казанцы усомнились, стоит ли присоединяться к первому ополчению. Осенью 1611 г. нижегородец Кузьма Минин призвал горожан к сбору средств на новое ополчение. К февралю 1612 г. Второе земское ополчение было создано. Узнав об этом, Госевский послал изменников требовать от Гермогена написать «в Нижний ратным людям... чтоб не ходили под Московское государство. Он же, новый великий государь исповедник, рече им: "Да будут те благословени, которые идут на очищение Московского государства. А вы, окаянные московские изменники, будьте прокляты!"».

«Оттоле начаша его морити гладом и умориша его гладною смертью, и предаст свою праведную душу в руце Божий в лето 7120 году [1612], месяца Февраля в 17 день». В рукописи Филарета сказано, что Гермоген «от зноя затхошася», а по польскому источнику «удавлен был». Похоронили его в Чудовом монастыре.